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- PDB-4aff: High resolution structure of a PII mutant (I86N) protein in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aff
タイトルHigh resolution structure of a PII mutant (I86N) protein in complex with ATP, MG and FLC
要素NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nitrogen regulatory protein P-II, urydylation site / P-II protein uridylation site. / Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / P-II protein family profile. / Nitrogen regulatory protein PII / Nitrogen regulatory protein P-II / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta ...Nitrogen regulatory protein P-II, urydylation site / P-II protein uridylation site. / Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / P-II protein family profile. / Nitrogen regulatory protein PII / Nitrogen regulatory protein P-II / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CITRATE ANION / Nitrogen regulatory protein P-II / Nitrogen regulatory protein P-II
類似検索 - 構成要素
生物種SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Zeth, K. / Fokina, O. / Chellamuthu, V.R. / Forchhammer, K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: An Engineered Pii Protein Variant that Senses a Novel Ligand: Atomic Resolution Structure of the Complex with Citrate.
著者: Zeth, K. / Fokina, O. / Forchhammer, K.
履歴
登録2012年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22012年8月15日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5624
ポリマ－12,8421
非ポリマー7213
水2,342130
1
A: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
ヘテロ分子

A: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
ヘテロ分子

A: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,68712
ポリマ－38,5253
非ポリマー2,1629
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
Buried area12300 Å2
ΔGint-68.7 kcal/mol
Surface area14090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.087, 62.087, 51.116
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2106-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II / PII SIGNAL TRANSDUCING PROTEIN


分子量: 12841.734 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
プラスミド: IBA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3F5, UniProt: P0A3F4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 86 TO ASN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.65 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→37 Å / Num. obs: 49584 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 6.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.05→1.07 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.05→137 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.621 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.1 / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14 -7 %RANDOM
Rwork0.12 ---
obs0.13 49582 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.02 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→137 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数843 0 45 130 1018
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0221012
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4282.0241387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.25931739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1695139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.42725.23842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.7115203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.422157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02187
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0050.02187
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8331.5249
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2382995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9133408
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.794.5379
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.05→1.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 --
Rwork0.25 3566 -
obs--98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0142-0.5774-2.65880.59740.70963.24750.04480.01070.04230.00360.0215-0.01140.0131-0.0182-0.06630.02310.0044-0.00550.06-0.00060.03112.4526.77225.533
21.8434-0.3016-1.40480.73990.13641.8388-0.16130.1813-0.16760.00180.05150.06120.2156-0.13950.10980.0544-0.0159-0.00050.0368-0.01330.0489-1.78917.15719.266
31.49640.5035-1.07560.1444-0.35330.94550.03010.08370.0242-0.0020.0441-0.0049-0.0478-0.1086-0.07420.02460.01430.00450.0545-0.00170.03433.7330.41717.104
41.8550.7718-1.41980.9782-0.59041.7241-0.0063-0.09840.0204-0.11210.0531-0.0635-0.08420.0806-0.04680.04540.00320.01770.0492-0.0140.044712.3333.08212.755
51.0153-0.2178-0.77990.23330.16880.7345-0.06220.016-0.03550.03170.02470.00240.1149-0.0140.03750.03430.0040.00370.0431-0.00060.02953.32222.30327.7
60.9062-0.21260.44970.7059-0.02741.6736-0.0199-0.0353-0.02110.01020.02150.03630.0335-0.1069-0.00160.0162-0.01480.00820.04890.010.0338-16.8729.13530.532
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2A10 - 27
3X-RAY DIFFRACTION3A28 - 37
4X-RAY DIFFRACTION4A51 - 60
5X-RAY DIFFRACTION5A61 - 97
6X-RAY DIFFRACTION6A98 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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