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- PDB-4af0: Crystal structure of cryptococcal inosine monophosphate dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4af0
タイトルCrystal structure of cryptococcal inosine monophosphate dehydrogenase
要素(INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / GTP BIOSYNTHESIS / DRUG RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSINIC ACID / MYCOPHENOLIC ACID / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Valkov, E. / Stamp, A. / Morrow, C.A. / Kobe, B. / Fraser, J.A.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: De Novo GTP Biosynthesis is Critical for Virulence of the Fungal Pathogen Cryptococcus Neoformans
著者: Morrow, C.A. / Valkov, E. / Stamp, A. / Chow, E.W.L. / Lee, I.R. / Wronski, A. / Williams, S.J. / Hill, J.M. / Djordjevic, J.T. / Kappler, U. / Kobe, B. / Fraser, J.A.
履歴
登録2012年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE
B: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,2708
ポリマ－118,7412
非ポリマー1,5296
水9,278515
1
A: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,18412
ポリマ－237,5094
非ポリマー2,6748
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area24350 Å2
ΔGint-78.1 kcal/mol
Surface area54900 Å2
手法PISA
2
B: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

B: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

B: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

B: INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,89620
ポリマ－237,4534
非ポリマー3,44316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area26050 Å2
ΔGint-200.9 kcal/mol
Surface area55020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.630, 149.630, 122.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

-
要素

-
INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE


分子量: 59377.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (菌類) / Variant: GRUBII H99 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: E3P6S0, IMP dehydrogenase
#2: タンパク質 INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE


分子量: 59363.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (菌類) / Variant: GRUBII H99 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: E3P6S0, IMP dehydrogenase

-
非ポリマー , 4種, 521分子

#3: 化合物 ChemComp-MOA / MYCOPHENOLIC ACID / 6-(1,3-DIHYDRO-7-HYDROXY-5-METHOXY-4-METHYL-1-OXOISOBENZOFURAN-6-YL)-4-METHYL-4-HEXANOIC ACID / 4-メチル-6-[3-オキソ-7-メチル-4-ヒドロキシ-6-メトキシ-1,3-ジヒドロイソベンゾフラン-5-イル]-(以下略)


分子量: 320.337 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20O6 / コメント: 薬剤, 免疫抑制剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 1.9 M LITHIUM SULFATE, 0.09 M IMIDAZOLE/HCL PH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.4 Å / Num. obs: 67847 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 33.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JCN

1jcn


解像度: 2.2→47.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9422 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9186 / SU R Cruickshank DPI: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.153 / SU Rfree Blow DPI: 0.142 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.142
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2079 3429 5.05 %RANDOM
Rwork0.1733 ---
obs0.1751 67847 99.12 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.4888 Å20 Å20 Å2
2--3.4888 Å20 Å2
3----6.9776 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.244 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5909 0 102 515 6526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016119HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.128286HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2120SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes140HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes898HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6119HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.25
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion795SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7604SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2382 257 5.12 %
Rwork0.2212 4763 -
all0.2221 5020 -
obs--99.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.30370.3682-0.16780.7999-0.05820.3251-0.03690.07780.0892-0.02750.0342-0.0666-0.06110.01410.0027-0.1427-0.0113-0.0162-0.1501-0.00860.138810.999424.794238.5287
20.68010.3195-0.06671.4426-0.26280.41120.0353-0.0358-0.05830.0874-0.04380.0846-0.0044-0.07130.0085-0.1651-0.0141-0.0129-0.1426-0.01610.150150.022763.822246.1175
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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