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- PDB-4aed: Crystal structure of Human enterovirus 71 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aed
タイトルCrystal structure of Human enterovirus 71
要素
  • VP1
  • VP2
  • VP3
  • VP4
キーワードVIRUS / PICORNAVIRUS / CAPSID / PATHOGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Rhinovirus 14, subunit 4 - #370 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A ...Rhinovirus 14, subunit 4 - #370 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN ENTEROVIRUS 71 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Plevka, P. / Perera, R. / Kuhn, R.J. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Human Enterovirus 71.
著者: Plevka, P. / Perera, R. / Cardosa, J. / Kuhn, R.J. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2012年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,00210
ポリマ－94,6014
非ポリマー4016
水00
1
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,700,130600
ポリマ－5,676,088240
非ポリマー24,042360
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 475 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)475,01150
ポリマ－473,00720
非ポリマー2,00430
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 570 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)570,01360
ポリマ－567,60924
非ポリマー2,40436
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 60
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 11.4 MDa, 480 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,400,2601200
ポリマ－11,352,175480
非ポリマー48,085720
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z3
point symmetry operation118
transform to crystal frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)600.200, 610.600, 851.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.858329, 0.11723, 0.499471), (0.407904, 0.434525, -0.802964), (-0.311178, 0.892996, 0.325146)-102.33566, 195.72549, 51.26903
3generate(0.3091, -0.530936, 0.78901), (0.542665, 0.779767, 0.31215), (-0.780998, 0.331685, 0.529133)19.0947, -113.35406, 165.42949
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20generate(0.91768, 0.051903, -0.393802), (-0.3209, -0.487253, -0.81215), (-0.234001, 0.871657, -0.430527)87.50822, 449.47372, 202.57991
21generate(0.028981, -0.996791, 0.074807), (-0.10286, 0.071487, 0.992154), (-0.994331, -0.036499, -0.100468)283.95502, -50.64825, 387.30707
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24generate(-0.451558, -0.678018, -0.579988), (0.887325, -0.273528, -0.371269), (0.09309, -0.682265, 0.725187)445.12604, 141.98477, 149.4776
25generate(-0.237212, -0.954844, -0.179138), (0.126689, 0.152376, -0.980147), (0.963186, -0.255196, 0.084936)371.06277, 318.9491, 88.11511
26generate(0.029002, -0.102902, -0.994212), (-0.996792, 0.071332, -0.036493), (0.074685, 0.992169, -0.100535)371.62274, 300.80487, 67.93256
27generate(0.91775, -0.320932, -0.234136), (0.052074, -0.487185, 0.871723), (-0.393863, -0.812142, -0.430465)111.37934, 37.84602, 486.70905
28generate(-0.483809, 0.765515, -0.424164), (-0.865433, -0.346369, 0.362015), (0.130211, 0.542231, 0.830078)194.03108, 261.45782, -67.43202
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30generate(0.269316, 0.17461, -0.947091), (0.962577, -0.079681, 0.259029), (-0.030236, -0.981408, -0.189535)282.724, -32.37909, 407.39581
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33generate(-0.196773, 0.686868, -0.699595), (0.510051, 0.681144, 0.525209), (0.837264, -0.253509, -0.484371)221.26904, -138.21942, 226.99303
34generate(0.629282, 0.597565, 0.496972), (0.777234, -0.480499, -0.406304), (-0.004065, 0.64184, -0.766783)-141.63962, 197.88554, 274.59042
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107generate(0.011823, 0.997094, 0.074801), (0.952476, -0.034027, 0.302633), (0.304362, 0.067703, -0.950179)129.67618, 101.67447, 570.53302
108generate(-0.877343, 0.291991, 0.380964), (0.472093, 0.668253, 0.574985), (-0.086751, 0.684221, -0.724086)307.41702, 7.75702, 486.23608
109generate(-0.940001, -0.17032, 0.295778), (0.241675, -0.944032, 0.224617), (0.24096, 0.282527, 0.9285)406.24036, 365.43839, 150.08218
110generate(-0.176665, 0.056715, 0.982691), (-0.269821, -0.962911, 0.00708), (0.9466, -0.263902, 0.185347)111.51067, 491.07458, 285.54285
111generate(0.875564, 0.326447, -0.356039), (0.464681, -0.770551, 0.436242), (-0.131929, -0.54743, -0.826361)194.63712, 260.46713, 704.90784
112generate(-0.562936, -0.814656, 0.139306), (-0.312725, 0.365905, 0.87649), (-0.765082, 0.449925, -0.46078)482.23959, 108.59311, 568.64209
113generate(-0.509235, -0.695438, -0.506962), (0.212377, -0.672377, 0.709063), (-0.834003, 0.253416, 0.490078)592.25159, 225.55043, 408.52649
114generate(0.725839, -0.328417, 0.60436), (-0.615233, -0.702858, 0.356963), (0.307552, -0.630937, -0.712264)115.45096, 428.84753, 627.74628
115generate(-0.183629, 0.618575, -0.763943), (0.896957, -0.212512, -0.387648), (-0.402161, -0.756404, -0.515826)394.6377, 283.37097, 712.17139
116generate(-0.858896, -0.295623, 0.418158), (-0.391845, 0.905088, -0.164976), (-0.329694, -0.305567, -0.893264)387.57898, 257.12271, 711.35449
117generate(-0.771844, -0.102842, -0.627395), (0.457625, -0.774925, -0.435954), (-0.441343, -0.623627, 0.645184)565.54858, 446.40991, 452.33316
118generate(-0.42589, -0.441026, 0.790002), (-0.850379, -0.103044, -0.515937), (0.308942, -0.891536, -0.331152)266.51636, 555.828, 587.30927
119generate(0.52021, -0.793346, -0.316201), (-0.317273, -0.523269, 0.790903), (-0.792918, -0.311113, -0.523917)412.57013, 264.72906, 703.73535
120generate(-0.987992, 0.144175, -0.055554), (0.084076, 0.200003, -0.976182), (-0.129629, -0.96913, -0.209723)439.05566, 465.94922, 639.48138
詳細THE ASSEMBLY REPRESENTED IN THIS ENTRY HAS REGULAR ICOSAHEDRAL POINT SYMMETRY (SCHOENFLIES SYMBOL = I). THERE ARE 120 OPERATORS (BIOMT + MTRIX) TO GENERATE 2 PARTICLES THAT FORM THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. AUTHOR PROVIDED MATRIX TO BRING THE MODEL TO STANDARD ORIENTATION 0.838212 -0.379679 -0.391463 15.52176 0.530128 0.735679 0.421593 -282.27505 0.127921 -0.560910 0.817934 -105.28804

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 VP1


分子量: 32775.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) HUMAN ENTEROVIRUS 71 (エンテロウイルス)
株: MY104-9-SAR-97 / 参照: UniProt: A9X4C2
#2: タンパク質 VP2


分子量: 27800.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) HUMAN ENTEROVIRUS 71 (エンテロウイルス)
株: MY104-9-SAR-97 / 参照: UniProt: A9X4C2
#3: タンパク質 VP3


分子量: 26524.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GENBANK DQ341368.1
由来: (天然) HUMAN ENTEROVIRUS 71 (エンテロウイルス)
株: MY104-9-SAR-97 / 参照: UniProt: A9X4C2
#4: タンパク質 VP4


分子量: 7501.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GENBANK DQ341368.1
由来: (天然) HUMAN ENTEROVIRUS 71 (エンテロウイルス)
株: MY104-9-SAR-97 / 参照: UniProt: A9X4C2

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非ポリマー , 2種, 6分子

#5: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

配列の詳細GENBANK: DQ341368.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 2.5% W/W PEG800, 2.5% W/W GLYCEROL, 600MM NACL, 150MM CACL2, 100MM TRIS PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1.033
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 459113 / % possible obs: 31.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 2.41
反射 シェル解像度: 3.8→3.97 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / % possible all: 11.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
PHASER位相決定
GLRF位相決定
CCP4位相決定
USF位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X5I

2x5i


解像度: 3.8→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: ONE B-FACTOR PER RESIDUE / 交差検証法: NONE / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: CRYSTALLOGRAPHIC RESIDUAL
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2792 --
obs0.2792 451044 31.7 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.8494 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 82.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--34.14 Å20 Å20 Å2
2--45.15 Å20 Å2
3----11.01 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.63 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6452 0 19 0 6471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINTS - MATRICES ARE LISTED IN ATTACHED FILE MTRIX.PDB
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.97 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3672 21982 -
obs--11.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4DAO_XPLOR_PAR.TXTDAO_XPLOR_TOP.TXT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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