[日本語] English
万見
- PDB-4adm: Crystal structure of Rv1098c in complex with meso-tartrate -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4adm
タイトルCrystal structure of Rv1098c in complex with meso-tartrate
要素FUMARATE HYDRATASE CLASS II
キーワードLYASE / TRICARBOXYLIC ACID CYCLE / FUMARASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tricarboxylic acid cycle heteromeric enzyme complex / fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / peptidoglycan-based cell wall / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fumarate hydratase, class II / Fumarase C, C-terminal / Fumarase C C-terminus / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 ...Fumarate hydratase, class II / Fumarase C, C-terminal / Fumarase C C-terminus / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
S,R MESO-TARTARIC ACID / Fumarate hydratase class II / Fumarate hydratase class II
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Mechaly, A.E. / Haouz, A. / Miras, I. / Weber, P. / Shepard, W. / Cole, S. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2012
タイトル: Conformational Changes Upon Ligand Binding in the Essential Class II Fumarase Rv1098C from Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Mechaly, A.E. / Haouz, A. / Miras, I. / Barilone, N. / Weber, P. / Shepard, W. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.
履歴
登録2011年12月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FUMARATE HYDRATASE CLASS II
B: FUMARATE HYDRATASE CLASS II
C: FUMARATE HYDRATASE CLASS II
D: FUMARATE HYDRATASE CLASS II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,3638
ポリマ－210,8784
非ポリマー4844
水30,4271689
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29830 Å2
ΔGint-153.1 kcal/mol
Surface area53650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.940, 96.490, 139.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
FUMARATE HYDRATASE CLASS II / FUMARASE C


分子量: 52719.566 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-473 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PDEST17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: O53446, UniProt: P9WN93*PLUS, fumarate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.05 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→39.64 Å / Num. obs: 277914 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 23.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NO9

3no9


解像度: 1.65→24.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9568 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9463 / SU R Cruickshank DPI: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.073 / SU Rfree Blow DPI: 0.073 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.071
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 13967 5.05 %RANDOM
Rwork0.1627 ---
obs0.1639 276381 99.51 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9896 Å20 Å2-0.5485 Å2
2---0.7254 Å20 Å2
3----0.2642 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.186 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→24.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13321 0 32 1689 15042
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0113553HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9718438HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6337SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes345HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2022HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13553HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.39
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1895SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18514SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2259 1008 4.92 %
Rwork0.2081 19491 -
all0.2089 20499 -
obs--99.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2359-0.21970.1880.68170.45721.7499-0.0014-0.10070.1987-0.01220.0307-0.184-0.20710.2628-0.0293-0.0672-0.0526-0.03260.0206-0.025-0.000481.52711.423942.0977
20.9776-0.21260.07580.26910.02250.3643-0.0361-0.15010.13150.05270.0417-0.013-0.08520.0164-0.0056-0.03470.0183-0.0373-0.0089-0.019-0.073555.664111.475948.4834
31.055-0.656-0.57420.91171.30881.2153-0.0034-0.0859-0.10740.02750.0538-0.04890.08230.1656-0.0504-0.0260.037-0.04650.07940.0117-0.067772.21570.934957.4679
40.9489-0.20080.13410.2407-0.01720.4672-0.0084-0.05070.080.00810.00740.0025-0.06480.01090.001-0.01850.0152-0.0335-0.016-0.004-0.047649.819411.49841.0434
51.6661.02830.1091.94750.03791.23-0.0823-0.21530.0638-0.07320.02140.2021-0.0948-0.24060.0609-0.10060.1208-0.01040.10260.00180.027712.55115.777744.1731
62.9529-1.14930.40991.86970.33723.0011-0.0567-0.2296-0.06740.04070.01060.2628-0.1281-0.33240.0461-0.09660.10350.02020.11290.01770.00925.346815.881746.9824
72.1417-1.2715-1.03811.9267-0.45431.20320.00760.1522-0.205-0.09910.0910.56840.2306-0.3914-0.0987-0.11-0.0626-0.06650.02360.00710.102513.2997-9.826232.0103
81.0427-0.11640.16050.6234-0.37691.3659-0.0479-0.2228-0.29540.10390.04390.21730.1446-0.2590.0039-0.0734-0.02290.02110.06220.07610.06317.7114-9.688147.4486
91.1568-0.25650.00570.3506-0.02710.3954-0.0519-0.2703-0.17260.08060.07490.06470.0538-0.0391-0.023-0.04710.0302-0.02140.01190.054-0.061147.3184-10.261652.6119
100.8676-0.24580.0040.41070.01210.4235-0.012-0.0801-0.14470.02660.03050.06330.076-0.0336-0.0185-0.00590.011-0.0311-0.00150.0215-0.009148.2235-11.671940.8389
111.95220.53640.40921.34290.1270.8629-0.0703-0.1463-0.1233-0.06640.063-0.13650.06330.18150.0073-0.07910.1017-0.03640.08290.0046-0.035285.4686-15.800443.9675
123.0207-1.0843-0.49721.8366-0.45922.3276-0.029-0.2189-0.10550.02260.0297-0.23490.22150.299-0.0007-0.0890.0992-0.07650.108-0.0214-0.0193.2209-15.845246.335
130.4248-0.2471-0.55591.90060.70780.20170.0015-0.06470.06520.0819-0.0120.1277-0.1009-0.09760.01050.3334-0.1932-0.1407-0.0917-0.08010.038156.405343.228734.6769
141.2750.5876-1.06252.5572-2.94797.20620.1166-0.05390.13660.2915-0.1678-0.0087-0.70570.50050.0512-0.0202-0.0329-0.06-0.0942-0.0181-0.082157.790330.347931.6615
150.52440.04170.03431.0739-0.32083.1465-0.04660.03710.1461-0.08770.0483-0.0878-0.43520.1858-0.00170.0653-0.0441-0.0337-0.08720.0224-0.010755.947532.884417.289
160.4369-0.21420.03930.7154-0.08470.22070.01910.12820.0062-0.1296-0.0056-0.06780.01460.0608-0.01350.01130.0167-0.0218-0.0083-0.0031-0.057260.8613-1.075915.0239
171.2704-0.3743-0.90531.7747-0.2380.4079-0.09620.07210.2258-0.10620.0763-0.00750.0216-0.06340.01990.07390.0144-0.062-0.0240.0458-0.051848.428423.54666.2155
180.6507-0.16660.05320.4287-0.01850.4155-0.00210.02080.0023-0.04880.0219-0.0523-0.01310.0729-0.0198-0.04710.01-0.0275-0.0438-0.0046-0.07962.8810.57425.3487
191.4207-0.20470.07456.6738-2.72897.89350.0585-0.1608-0.2092-0.38710.1396-0.49811.0507-0.0403-0.19810.11550.0283-0.0577-0.1308-0.05010.057674.0335-40.331519.1834
202.1191-0.15980.16362.31491.50374.9579-0.0032-0.1161-0.28870.23140.03550.20090.8822-0.4543-0.03220.0922-0.0814-0.0417-0.0740.05840.027239.2592-32.926832.245
210.53730.09360.10021.14920.13633.6268-0.02330.0624-0.1716-0.16030.05660.20380.5307-0.1909-0.03330.0637-0.0498-0.0813-0.1243-0.01730.033742.06-32.528117.0001
220.5418-0.37340.03621.07090.2120.27070.01810.0913-0.0671-0.1087-0.00330.16250.0128-0.0433-0.01480.00120.0109-0.0559-0.01960.0024-0.049337.13291.39115.0514
232.4244-1.4721.28572.0907-0.36891.70350.02340.1724-0.145-0.0884-0.0793-0.0560.03950.07490.05590.0620.013-0.044-0.0383-0.0522-0.046649.5536-23.14055.9515
240.6887-0.21220.03680.50830.03010.4491-0.0024-0.0023-0.0357-0.03070.01670.09880.009-0.0781-0.0143-0.04520.0089-0.0443-0.0390.0007-0.04935.1302-0.36425.3594
250.9204-0.6914-0.05087.57022.36936.40080.0415-0.07670.2337-0.35310.0910.4951-0.8743-0.0082-0.13240.10.0393-0.065-0.12110.04520.100223.863440.855619.8015
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 9:99
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESSEQ 100:221
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESSEQ 222:259
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESSEQ 260:393
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESSEQ 394:423
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND RESSEQ 424:467
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND RESSEQ 9:44
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND RESSEQ 45:144
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND RESSEQ 145:259
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND RESSEQ 260:393
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND RESSEQ 394:423
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND RESSEQ 424:466
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND RESSEQ 10:23
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND RESSEQ 24:48
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND RESSEQ 49:137
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND RESSEQ 138:232
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND RESSEQ 233:260
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND RESSEQ 261:399
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN C AND RESSEQ 400:465
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND RESSEQ 10:48
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN D AND RESSEQ 49:137
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN D AND RESSEQ 138:232
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN D AND RESSEQ 233:260
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN D AND RESSEQ 261:399
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN D AND RESSEQ 400:465

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る