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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ade | ||||||
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タイトル | Structural and functional study of succinyl-ornithine transaminase from E. coli | ||||||
![]() | SUCCINYLORNITHINE TRANSAMINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PLP ENZYMES / AMINOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() succinylornithine transaminase / succinylornithine transaminase activity / ornithine catabolic process / arginine catabolic process to succinate / N2-acetyl-L-ornithine:2-oxoglutarate 5-aminotransferase activity / arginine catabolic process to glutamate / arginine biosynthetic process via ornithine / arginine catabolic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Newman, J. / Peat, T.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Determination of the Structure of the Catabolic N-Succinylornithine Transaminase (Astc) from Escherichia Coli. 著者: Newman, J. / Seabrook, S. / Surjadi, R. / Williams, C.C. / Lucent, D. / Wilding, M. / Scott, C. / Peat, T.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43712.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P77581, succinyldiaminopimelate transaminase, succinylornithine transaminase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.3 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 5 詳細: 1.4 M SODIUM MALONATE PH 7, 10% (V/V) MMT (MALATE-MES-TRIS) BUFFER AT PH 5.0, AT 293K WITH A PROTEIN TO CRYSTALLANT RATIO OF 3:1 IN THE PRESENCE OF SILVER BULLET SCREEN NUMBER 62. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95369 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→19.9 Å / Num. obs: 29220 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 22.1 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 22.4 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2PB2 解像度: 2.75→115.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 8.937 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.482 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.326 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→115.73 Å
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拘束条件 |
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