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万見
- PDB-4ad9: Crystal structure of human LACTB2. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ad9
タイトルCrystal structure of human LACTB2.
要素BETA-LACTAMASE-LIKE PROTEIN 2
キーワードHYDROLASE / METALLO-BETA LACTAMASE / MITOCHONDRIA
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / single-stranded RNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
LACTB2, winged helix domain / : / Beta-lactamase associated winged helix domain / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like ...LACTB2, winged helix domain / : / Beta-lactamase associated winged helix domain / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / 4-Layer Sandwich / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease LACTB2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Allerston, C.K. / Krojer, T. / Shrestha, B. / Burgess Brown, N. / Chalk, R. / Elkins, J.M. / Filippakopoulos, P. / Pike, A.C.W. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. ...Allerston, C.K. / Krojer, T. / Shrestha, B. / Burgess Brown, N. / Chalk, R. / Elkins, J.M. / Filippakopoulos, P. / Pike, A.C.W. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Gileadi, O.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Identification of Lactb2, a Metallo-Beta-Lactamase Protein, as a Human Mitochondrial Endoribonuclease
著者: Allerston, C.K. / Gileadi, O. / Levy, S. / Liveanu, V. / Rohana, M. / Schuster, G.
履歴
登録2011年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Atomic model / Database references / Other
改定 1.22016年3月16日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE-LIKE PROTEIN 2
B: BETA-LACTAMASE-LIKE PROTEIN 2
C: BETA-LACTAMASE-LIKE PROTEIN 2
D: BETA-LACTAMASE-LIKE PROTEIN 2
E: BETA-LACTAMASE-LIKE PROTEIN 2
F: BETA-LACTAMASE-LIKE PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,66622
ポリマ－197,6326
非ポリマー1,03316
水19,0061055
1
A: BETA-LACTAMASE-LIKE PROTEIN 2
B: BETA-LACTAMASE-LIKE PROTEIN 2
C: BETA-LACTAMASE-LIKE PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,27110
ポリマ－98,8163
非ポリマー4557
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-250.6 kcal/mol
Surface area36430 Å2
手法PISA
2
D: BETA-LACTAMASE-LIKE PROTEIN 2
E: BETA-LACTAMASE-LIKE PROTEIN 2
F: BETA-LACTAMASE-LIKE PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,39512
ポリマ－98,8163
非ポリマー5799
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-251.3 kcal/mol
Surface area36540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.470, 95.690, 135.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
BETA-LACTAMASE-LIKE PROTEIN 2 / LACTB2


分子量: 32938.727 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q53H82, 加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1055 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
解説: SUBSTRUCTURE SOLVED FROM THIOMERSAL SOAK, THEN USED FOR RIGID-BODY REFINEMENT USING REFMAC.
結晶化pH: 7
詳細: 0.20M NABR, 0.1 M BTPROP PH 6.5, 20.0% PEG 3350, 10.0% ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→46.2 Å / Num. obs: 77582 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 52.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.58→2.72 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→46.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9312 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU R Cruickshank DPI: 0.383 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.404 / SU Rfree Blow DPI: 0.249 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.249
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ZN. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=14221. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ZN. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=14221. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=12.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2237 1957 2.52 %RANDOM
Rwork0.1775 ---
obs0.1787 77581 99.18 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5139 Å20 Å23.4054 Å2
2---2.6426 Å20 Å2
3---4.1566 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.303 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13126 0 28 1055 14209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0113415HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1418226HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6181SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes324HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1962HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13415HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1852SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15523SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2653 147 2.71 %
Rwork0.2096 5277 -
all0.2111 5424 -
obs--99.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5176-0.3799-0.30661.02030.47742.6143-0.06980.10650.1099-0.0867-0.05070.029-0.18570.13590.12050.0194-0.0707-0.1064-0.18870.026-0.128717.321874.471934.6853
21.2534-0.16590.65372.5701-1.88852.85910.00390.60280.12490.0216-0.3448-0.38840.02590.88850.3409-0.2976-0.04120.0360.23210.1381-0.289254.09666.577934.262
31.9465-0.0771.17241.0859-0.17621.86150.0256-0.0684-0.06990.0951-0.020.01060.0191-0.0356-0.00570.0889-0.0096-0.0381-0.19440.0075-0.176532.939953.198960.7694
41.95180.54890.40161.02890.23581.59730.08070.0502-0.08020.24470.0045-0.10310.32360.2589-0.08520.11610.1165-0.0831-0.1922-0.0529-0.199813.553921.788326.2859
50.9226-0.38440.15822.6462-0.44223.1513-0.0015-0.0270.0266-0.11040.1171-0.30030.32421.1697-0.1156-0.33350.2007-0.02940.2938-0.1594-0.257838.527529.457-0.459
60.7538-0.0322-0.25561.08690.20333.070200.0310.0304-0.02570.04110.0779-0.0789-0.0365-0.0411-0.02030.0106-0.0796-0.15190.0008-0.09014.914243.0196-2.898
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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