+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4acy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Selenomethionine derivative of the GH99 endo-alpha-mannosidase from Bacteroides thetaiotaomicron | ||||||
要素 | ENDO-ALPHA-MANNOSIDASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ENDOMANNOSIDASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / CAZY / ENZYME-CARBOHYDRATE INTERACTION / MANNOSE / GLYCOSIDASE INHIBITION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.69 Å | ||||||
データ登録者 | Thompson, A.J. / Williams, R.J. / Hakki, Z. / Alonzi, D.S. / Wennekes, T. / Gloster, T.M. / Songsrirote, K. / Thomas-Oates, J.E. / Wrodnigg, T.M. / Spreitz, J. ...Thompson, A.J. / Williams, R.J. / Hakki, Z. / Alonzi, D.S. / Wennekes, T. / Gloster, T.M. / Songsrirote, K. / Thomas-Oates, J.E. / Wrodnigg, T.M. / Spreitz, J. / Stuetz, A.E. / Butters, T.D. / Williams, S.J. / Davies, G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: Structural and Mechanistic Insight Into N-Glycan Processing by Endo-Alpha-Mannosidase. 著者: Thompson, A.J. / Williams, R.J. / Hakki, Z. / Alonzi, D.S. / Wennekes, T. / Gloster, T.M. / Songsrirote, K. / Thomas-Oates, J.E. / Wrodnigg, T.M. / Spreitz, J. / Stutz, A.E. / Butters, T.D. / ...著者: Thompson, A.J. / Williams, R.J. / Hakki, Z. / Alonzi, D.S. / Wennekes, T. / Gloster, T.M. / Songsrirote, K. / Thomas-Oates, J.E. / Wrodnigg, T.M. / Spreitz, J. / Stutz, A.E. / Butters, T.D. / Williams, S.J. / Davies, G.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4acy.cif.gz | 159.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4acy.ent.gz | 132.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4acy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4acy_validation.pdf.gz | 457 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4acy_full_validation.pdf.gz | 461.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4acy_validation.xml.gz | 32.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4acy_validation.cif.gz | 48.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/4acy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/4acy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43638.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア) 株: VPI-5482 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q8A109, glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 5.5 詳細: 0.25 M NH4CL, 20% W/V PEG 3350, 0.1 M MES PH 6.5, 5 MM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月17日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9778 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 81218 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 91.8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.69→73.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.83 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.241 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.69→73.82 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|