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- PDB-4acv: Listeria monocytogenes Antigen B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4acv
タイトルListeria monocytogenes Antigen B
要素(PROPHAGE LAMBDALM01, ANTIGEN B) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / SURFACE / PHAGE-RELATED
機能・相同性Domain of unknown function (DUF5072) / STM4215-like - #30 / STM4215-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Prophage LambdaLm01, antigen B / Prophage LambdaLm01, antigen B
機能・相同性情報
生物種LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Huyet, J. / Naylor, C.E. / Geddes, S. / Basak, A.K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Listeria Monocytogenes Antigen B Reveals its Relationship to Phage Tail Proteins
著者: Huyet, J. / Naylor, C.E. / Geddes, S. / Basak, A.K.
履歴
登録2011年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROPHAGE LAMBDALM01, ANTIGEN B
B: PROPHAGE LAMBDALM01, ANTIGEN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9382
ポリマ－29,9382
非ポリマー00
水1,78399
1
A: PROPHAGE LAMBDALM01, ANTIGEN B
B: PROPHAGE LAMBDALM01, ANTIGEN B

A: PROPHAGE LAMBDALM01, ANTIGEN B
B: PROPHAGE LAMBDALM01, ANTIGEN B

A: PROPHAGE LAMBDALM01, ANTIGEN B
B: PROPHAGE LAMBDALM01, ANTIGEN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8146
ポリマ－89,8146
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
Buried area10270 Å2
ΔGint-74.2 kcal/mol
Surface area31070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.456, 122.456, 122.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 48:48 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 48:53 )

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.65004, 0.68173, -0.33569), (-0.36854, 0.66916, 0.64529), (0.66455, -0.29575, 0.68623)
ベクター: -0.1522, 2.16274, -2.06562)

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要素

#1: タンパク質 PROPHAGE LAMBDALM01, ANTIGEN B / ANTIGEN B


分子量: 14968.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)
株: 10403S / Variant: SEROVAR 1/2A / プラスミド: PET151 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: G2K1X0, UniProt: A0A0H3G917*PLUS
#2: タンパク質 PROPHAGE LAMBDALM01, ANTIGEN B / ANTIGEN B


分子量: 14969.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)
株: 10403S / Variant: SEROVAR 1/2A / プラスミド: PET151 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: G2K1X0, UniProt: A0A0H3G917*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細EXPRESSED PROTEIN HAD HIS-TAG WHICH WAS REMOVED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 4M NA FORMATE, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0332, 0.9792
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
20.97921
反射解像度: 2.4→86.59 Å / Num. obs: 12093 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.7 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 30.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 22.2 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.401→38.724 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 22.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2352 577 4.8 %
Rwork0.1855 --
obs0.1878 12085 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.622 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.401→38.724 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1849 0 0 99 1948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071874
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9962530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.335667
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003318
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A5X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B5X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4006-2.64220.2761610.19352811X-RAY DIFFRACTION100
2.6422-3.02440.28181270.19072866X-RAY DIFFRACTION100
3.0244-3.80990.25011530.17812874X-RAY DIFFRACTION100
3.8099-38.72910.18921360.17432957X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4479-0.8474-0.3830.22330.1331.20730.28180.37710.4036-0.298-0.1402-0.3274-0.14720.0382-0.13920.23350.01580.08960.16910.04650.22948.235250.654418.659
20.7286-0.3387-0.79541.3039-0.65922.1236-0.0706-0.1388-0.0262-0.1024-0.132-0.34510.17560.23140.17910.1721-0.02790.05060.1920.00650.228458.772929.799827.7692
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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