PDB-4acr: Crystal structure of N-glycosylated, C-terminally truncated human...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4acr

タイトル

Crystal structure of N-glycosylated, C-terminally truncated human glypican-1

要素

GLYPICAN-1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PROTEOGLYCAN / GLYCOSAMINOGLYCANS / HEPARAN SULFATE / HELICAL BUNDLE / GLYCOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein localization to membrane / positive regulation of skeletal muscle cell differentiation / myelin assembly / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / Schwann cell differentiation / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Svensson, G. / Awad, W. / Mani, K. / Logan, D.T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of N-Glycosylated Human Glypican-1 Core Protein: Structure of Two Loops Evolutionarily Conserved in Vertebrate Glypican-1.
著者: Svensson, G. / Awad, W. / Hakansson, M. / Mani, K. / Logan, D.T.

履歴

登録	2011年12月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月2日	Group: Other
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4acr.cif.gz	638.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4acr.ent.gz	531.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4acr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4acr_validation.pdf.gz	501.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4acr_full_validation.pdf.gz	527.8 KB	表示
XML形式データ	4acr_validation.xml.gz	65.6 KB	表示
CIF形式データ	4acr_validation.cif.gz	83.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/4acr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/4acr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ad7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ad7-1 4b7l-1 3f42-1 6r0q-d 4m6b-d 5346 4fs7-d 3fbt-2 5le9-d 4rco-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GLYPICAN-1

B: GLYPICAN-1

C: GLYPICAN-1

D: GLYPICAN-1

ヘテロ分子

216 kDa, 4 ポリマー
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1

A: GLYPICAN-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: GLYPICAN-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: GLYPICAN-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: GLYPICAN-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.170, 168.630, 147.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.59, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.9998, -0.007582, -0.01765), (-0.002682, -0.9649, 0.2626), (-0.01902, -0.2625, -0.9648)	15.71, -23.5, 304.1
2	given	(0.9997, 0.02267, 0.01004), (-0.02286, 0.9996, 0.01898), (-0.009609, -0.0192, 0.9998)	13.56, 11.75, -71.23
3	given	(0.9978, -0.06051, -0.02649), (-0.05092, -0.9601, 0.2751), (-0.04208, -0.2731, -0.9611)	33.19, -10.92, 232.4

#1: タンパク質

GLYPICAN-1 / SECRETED GLYPICAN-1

分子量: 53714.855 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 24-479 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-GLYCOSYLATED AT RESIDUES 79 AND 116 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PCEP4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P35052

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

非ポリマーの詳細

N-ACETYLGLUCOSAMINE (NAG): N-GLYCOSYLATION OF RESIDUES A116, B79, B116, C116, D79 AND D116

配列の詳細

N-TERMINAL HIS-TAG, C-TERMINAL HEPARAN SULFATE ATTACHMENT AND GPI-ANCHOR REGIONS REMOVED

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 詳細: 12-14% PEG 6000, 0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M CACL2, PH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0397
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月14日 / 詳細: HORIZONTALLY FOCUSING MIRROR
放射	モノクロメーター: BENT SI(111) CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0397 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→30 Å / Num. obs: 79825 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 45.95 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.49→2.64 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.55→29.714 Å / SU ML: 0.76 / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	3753	5 %
R_work	0.2509	-	-
obs	0.253	74535	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.519 Å² / k_sol: 0.31 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.306 Å²	0 Å²	-2.7859 Å²
2-	-	-10.4554 Å²	0 Å²
3-	-	-	18.7615 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→29.714 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12486	0	84	242	12812

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	12826
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.717	17309
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.643	4819
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1921
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2272

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5499-2.5822	0.3765	148	0.3397	2565	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5822-2.6161	0.378	140	0.3244	2676	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6161-2.6519	0.3907	117	0.3278	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6519-2.6898	0.415	113	0.3386	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6898-2.7299	0.3843	140	0.3136	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7299-2.7725	0.3871	149	0.3136	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7725-2.818	0.3116	139	0.2958	2561	X-RAY DIFFRACTION	99
2.818-2.8665	0.3455	135	0.2853	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8665-2.9186	0.2843	135	0.2564	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9186-2.9747	0.3316	149	0.2648	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9747-3.0353	0.369	130	0.2707	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0353-3.1013	0.2967	120	0.2767	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1013-3.1733	0.2872	153	0.2703	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1733-3.2526	0.3129	131	0.2702	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2526-3.3404	0.3198	142	0.2715	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3404-3.4386	0.3347	153	0.2574	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4386-3.5494	0.2586	134	0.2561	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5494-3.676	0.2944	138	0.2525	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.676-3.8229	0.28	142	0.2565	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8229-3.9965	0.3231	131	0.2402	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9965-4.2067	0.2716	143	0.2308	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2067-4.4694	0.2654	166	0.2216	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4694-4.8132	0.2797	152	0.2015	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8132-5.2951	0.2546	154	0.2174	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2951-6.0557	0.3019	140	0.2506	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0557-7.6083	0.3181	124	0.256	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6083-29.7161	0.1948	135	0.2146	2639	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7487	1.807	-0.043	2.5324	-0.0896	1.2744	0.1656	-0.2789	-0.0209	0.1993	-0.1813	-0.0834	0.0193	0.0629	0.0144	0.1281	-0.0643	-0.0413	0.3112	0.0033	0.531	23.7654	3.4599	169.6083
2	1.3878	-0.554	0.3045	2.0482	-0.5381	0.7949	0.0881	-0.0347	-0.1775	-0.0672	-0.0959	-0.1346	0.1084	0.0486	0.0407	-0.2143	0.0875	0.029	-0.0485	-0.0054	0.226	15.6859	2.3202	138.6024
3	2.7411	1.6134	0.4591	1.856	0.4586	0.7405	0.0221	-0.2079	0.0656	0.0251	-0.0906	0.0148	0.0326	-0.0568	0.0105	-0.1889	-0.0943	0.0288	0.0612	-0.0882	0.4124	10.2888	4.0902	96.5238
4	2.1409	-1.4844	0.0505	2.5523	-0.3343	0.4135	0.2249	0.1499	0.004	-0.2689	-0.1673	-0.1321	0.059	0.0037	0.0309	-0.0677	0.1578	0.0584	-0.0741	0.0932	0.4141	-1.7222	-0.7332	65.7536

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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