PDB-4abx: Crystal structure of Deinococcus radiodurans RecN coiled-coil domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4abx

タイトル

Crystal structure of Deinococcus radiodurans RecN coiled-coil domain

要素

DNA REPAIR PROTEIN RECN

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / ATP BINDING PROTEIN / DNA REPAIR / DOUBLE STRAND BREAK REPAIR / COILED-COIL

機能・相同性

機能・相同性情報

SOS response / response to radiation / DNA recombination / DNA repair / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.041 Å

データ登録者

Pellegrino, S. / Radzimanowski, J. / de Sanctis, D. / McSweeney, S. / Timmins, J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structural and Functional Characterization of an Smc-Like Protein Recn: New Insights Into Double-Strand Break Repair.
著者: Pellegrino, S. / Radzimanowski, J. / De Sanctis, D. / Erba, E.B. / Mcsweeney, S. / Timmins, J.

履歴

登録	2011年12月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月26日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4abx.cif.gz	261.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4abx.ent.gz	215.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4abx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4abx_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4abx_full_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示
XML形式データ	4abx_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	4abx_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/4abx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/4abx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4abyC 4ad8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yrn-1 5gnc-d 3v6i-2 3v6i-1 3edv-3 5ope-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA REPAIR PROTEIN RECN

B: DNA REPAIR PROTEIN RECN

C: DNA REPAIR PROTEIN RECN

D: DNA REPAIR PROTEIN RECN

74.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: DNA REPAIR PROTEIN RECN

D: DNA REPAIR PROTEIN RECN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: DNA REPAIR PROTEIN RECN

C: DNA REPAIR PROTEIN RECN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.210, 43.970, 133.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DNA REPAIR PROTEIN RECN / RECOMBINATION PROTEIN N / RECN 分子量: 18556.266 Da / 分子数: 4 / 断片: COILED-COIL DOMAIN, RESIDUES 196-364 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) 株: R1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR / 参照: UniProt: Q9WXF2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M HEPES PH 7, 30% PEG 6000, 1 M LICL 3% 1,2,3-HEPTANETRIOL.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→52.5 Å / Num. obs: 52532 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 26.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.04→2.15 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.7.1_743)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.041→45.933 Å / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2502	2669	5.1 %
R_work	0.2008	-	-
obs	0.2033	52510	96.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.937 Å² / k_sol: 0.388 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.1381 Å²	0 Å²	-3.6243 Å²
2-	-	6.3015 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1634 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.041→45.933 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4945	0	0	449	5394

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5060
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.73	6859
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.194	1905
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	790
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	958

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.041-2.0781	0.2985	116	0.2503	2625	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0781-2.1181	0.2729	144	0.2347	2612	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1181-2.1613	0.3364	132	0.2235	2681	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1613-2.2083	0.2519	124	0.1988	2660	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2083-2.2597	0.2492	131	0.19	2608	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2597-2.3162	0.2459	158	0.1869	2707	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3162-2.3788	0.2518	135	0.1938	2598	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3788-2.4488	0.2523	150	0.1897	2620	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4488-2.5278	0.257	145	0.1933	2620	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5278-2.6182	0.2195	118	0.2038	2654	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6182-2.723	0.2878	169	0.2099	2626	X-RAY DIFFRACTION	98
2.723-2.8469	0.3027	134	0.2272	2618	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8469-2.997	0.3239	144	0.2327	2578	X-RAY DIFFRACTION	96
2.997-3.1847	0.2677	154	0.2252	2654	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1847-3.4305	0.2682	132	0.2157	2604	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4305-3.7756	0.2247	159	0.1906	2587	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7756-4.3216	0.197	145	0.1707	2605	X-RAY DIFFRACTION	95
4.3216-5.4434	0.221	138	0.1742	2582	X-RAY DIFFRACTION	94
5.4434-45.9449	0.2372	141	0.1991	2602	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5128	-1.0085	-1.6263	0.5557	0.5596	1.39	0.1212	-0.069	0.3	-0.039	-0.0116	-0.1697	-0.0456	0.0993	-0.1041	0.1834	-0.0184	0.0109	0.1863	0.0051	0.1799	33.2624	-4.5667	47.3662
2	5.3516	-2.0556	-0.6334	1.2267	0.5557	0.5167	0.0522	-0.0985	0.7317	-0.092	0.0618	-0.2764	0.0231	0.0533	-0.0991	0.1736	0.0079	0.0043	0.1084	-0.0031	0.1749	-4.8035	12.9729	59.7475
3	2.7072	0.4757	-2.1329	0.9618	0.2851	2.7952	-0.0923	-0.3845	-0.1269	0.0011	0.0334	-0.1101	0.1738	0.4134	0.0794	0.2047	0.0108	-0.0193	0.2354	0.0232	0.1517	47.61	-13.2703	44.5913
4	2.6763	0.7983	1.6643	0.57	0.4407	1.211	0.0851	0.0265	-0.2035	0.0749	-0.0059	-0.0984	0.0694	0.0937	-0.0664	0.1475	0.0466	-0.0267	0.1006	-0.0103	0.1378	69.7176	28.11	18.2207
5	4.5133	1.7936	0.2805	1.3501	0.3024	0.6826	-0.1596	0.144	-0.5809	0.0657	0.1651	-0.2817	0.0318	0.0275	-0.0037	0.1722	0.0045	-0.0076	0.0753	-0.0029	0.1658	31.6983	10.6779	6.0689
6	2.1782	0.177	1.8493	1.6001	0.57	2.5356	-0.0564	0.2972	0.0212	-0	0.055	-0.1688	-0.1307	0.4402	0.0111	0.1358	0.0009	0.0095	0.2259	0.0166	0.1614	84.3121	36.8203	21.0119
7	2.6597	1.3583	-1.2202	0.853	-0.5794	0.9502	0.0854	-0.1558	0.1503	0.0256	-0.0675	0.0899	-0.0233	0.0125	-0.0323	0.1561	0.0062	0.0181	0.1185	-0.0046	0.1319	-7.5357	0.1895	19.8472
8	4.8909	1.8638	-0.2447	1.8112	-0.049	0.4612	0.0755	0.0505	0.4871	0.0339	-0.0048	0.1989	0.0832	0.021	-0.0671	0.1577	-0.007	-0.0193	0.0669	0.0026	0.1539	34.1736	22.2945	6.3746
9	2.3561	0.9326	-1.4862	1.6575	-1.2274	1.5326	0.1425	-0.0516	0.0372	0.1245	-0.0774	0.0222	0.0538	-0.039	-0.0584	0.1745	-0.0083	0.0036	0.2314	-0.0283	0.139	-18.518	-5.7227	20.1829
10	2.1959	-1.1554	1.3851	0.7604	-0.5847	1.4192	0.0715	-0.0657	-0.1322	0.0441	-0.0133	0.077	0.068	-0.0873	-0.0617	0.1829	-0.0252	-0.0402	0.1071	-0.0116	0.1121	-43.9974	23.4906	45.6609
11	4.0468	-1.095	1.245	1.4964	-0.2747	1.2333	0.0953	0.1553	-0.5295	-0.1596	0.0435	0.2226	-0.061	0.1652	-0.1438	0.2067	0.031	-0.0123	0.1217	-0.0254	0.1762	-2.1497	1.2063	59.36
12	2.8657	-0.4146	1.4213	1.2284	-0.5964	1.1151	-0.1541	-0.2512	0.1122	0.1094	0.1081	-0.014	-0.0839	-0.2052	0.0612	0.1831	0.0005	-0.0139	0.2795	-0.0306	0.0945	-54.8413	29.1848	45.5555

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 0:257)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 258:312)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 313:358)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 0:257)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 258:312)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 313:358)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN C AND RESID 0:257)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN C AND RESID 258:303)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND RESID 304:358)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN D AND RESID 0:257)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN D AND RESID 258:303)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN D AND RESID 304:357)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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