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万見
- PDB-4ab5: Regulatory domain structure of NMB2055 (MetR) a LysR family regul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ab5
タイトルRegulatory domain structure of NMB2055 (MetR) a LysR family regulator from N. meningitidis
要素TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LYSR FAMILY
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTORS
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine biosynthetic process / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional regulator MetR, PBP2 domain / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...HTH-type transcriptional regulator MetR, PBP2 domain / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator MetR
類似検索 - 構成要素
生物種NEISSERIA MENINGITIDIS SEROGROUP B (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Sainsbury, S. / Ren, J. / Saunders, N.J. / Stuart, D.I. / Owens, R.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Structure of the Regulatory Domain of the Lysr Family Regulator Nmb2055 (Metr-Like Protein) from Neisseria Meningitidis
著者: Sainsbury, S. / Ren, J. / Saunders, N.J. / Stuart, D.I. / Owens, R.J.
履歴
登録2011年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LYSR FAMILY
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LYSR FAMILY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3282
ポリマ－50,3282
非ポリマー00
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-10.4 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.140, 52.570, 65.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9969, -0.03232, 0.07188), (-0.03865, -0.5944, -0.8032), (0.06869, -0.8035, 0.5913)
ベクター: -28.23, 12.53, 7.642)

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LYSR FAMILY / NMB2055 / LYSR FAMILY


分子量: 25163.973 Da / 分子数: 2 / 断片: REGULATORY DOMAIN, RESIDUES 90-309 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS SEROGROUP B (髄膜炎菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JXG8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 13879 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 50.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.51→21.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8827 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.312
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2377 700 5.05 %RANDOM
Rwork0.1861 ---
obs0.1887 13850 89.88 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9694 Å20 Å2-1.848 Å2
2--1.5752 Å20 Å2
3----2.5447 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.353 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→21.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3446 0 0 182 3628
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093536HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.124817HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1202SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes89HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes504HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3536HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.55
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.39
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion465SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4058SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.71 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 111 5.68 %
Rwork0.2081 1844 -
all0.2122 1955 -
obs--89.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6391-0.0099-0.1174.43621.07591.03690.0589-0.0326-0.02170.6071-0.0432-0.10880.07380.0681-0.01570.0294-0.0204-0.0653-0.02270.0342-0.2065-0.0548-0.995416.4798
20.9281-0.0689-0.35862.11510.76310.48890.02870.0410.05360.33380.00090.7355-0.01730.0106-0.02960.07470.00010.1881-0.0253-0.0050.1879-26.95490.576918.2389
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 92:307
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESSEQ 89:308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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