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- PDB-4aay: Crystal Structure of the arsenite oxidase protein complex from Rh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aay
タイトルCrystal Structure of the arsenite oxidase protein complex from Rhizobium species strain NT-26
要素
  • AROA
  • AROB
キーワードOXIDOREDUCTASE / RIESKE / IRON SULFUR / MOLYBDOPTERIN
機能・相同性
機能・相同性情報


arsenate reductase (azurin) / oxidoreductase complex / molybdopterin cofactor binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / NADH dehydrogenase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 - #200 / Arsenite oxidase subunit AioB/Iodate reductase subunit IdrB, small subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, large subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, 3Fe-4S cluster / Rieske 3Fe-4S / Rossmann fold - #740 / Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2 / Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2 / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain ...Phosphorylase Kinase; domain 1 - #200 / Arsenite oxidase subunit AioB/Iodate reductase subunit IdrB, small subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, large subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, 3Fe-4S cluster / Rieske 3Fe-4S / Rossmann fold - #740 / Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2 / Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2 / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / Rieske [2Fe-2S] domain / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / : / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Beta Barrel / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MOLYBDENUM(IV) ION / FE3-S4 CLUSTER / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-MGD / OXYGEN ATOM / AroA / AroB
類似検索 - 構成要素
生物種ARSENITE-OXIDISING BACTERIUM NT-26 (unknown)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Oke, M. / Santini, J.M. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: The Respiratory Arsenite Oxidase: Structure and the Role of Residues Surrounding the Rieske Cluster.
著者: Warelow, T.P. / Oke, M. / Schoepp-Cothenet, B. / Dahl, J.U. / Bruselat, N. / Sivalingam, G.N. / Leimkuhler, S. / Thalassinos, K. / Kappler, U. / Naismith, J.H. / Santini, J.M.
履歴
登録2011年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22013年11月20日Group: Derived calculations / Refinement description
改定 1.32014年3月12日Group: Source and taxonomy
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AI" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AI" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CI" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EI" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GI" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AROA
B: AROB
C: AROA
D: AROB
E: AROA
F: AROB
G: AROA
H: AROB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)455,26332
ポリマ－447,0058
非ポリマー8,25924
水27015
1
C: AROA
D: AROB
E: AROA
F: AROB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,63216
ポリマ－223,5024
非ポリマー4,12912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22350 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area57500 Å2
手法PISA
2
A: AROA
B: AROB
ヘテロ分子

G: AROA
H: AROB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,63216
ポリマ－223,5024
非ポリマー4,12912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_546x+1/2,-y-1/2,-z+11
Buried area22140 Å2
ΔGint-175.7 kcal/mol
Surface area57480 Å2
手法PISA
3
G: AROA
H: AROB
ヘテロ分子

A: AROA
B: AROB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,63216
ポリマ－223,5024
非ポリマー4,12912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_446x-1/2,-y-1/2,-z+11
Buried area22140 Å2
ΔGint-175.7 kcal/mol
Surface area57480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.130, 232.960, 141.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14B
24D
15B
25F
16B
26H
17C
27E
18C
28G
19D
29F
110D
210H
111E
211G
112F
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA2 - 8442 - 844
21SERSERCC2 - 8442 - 844
12SERSERAA2 - 8442 - 844
22SERSEREE2 - 8442 - 844
13SERSERAA2 - 8442 - 844
23SERSERGG2 - 8442 - 844
14LEULEUBB44 - 17544 - 175
24LEULEUDD44 - 17544 - 175
15LEULEUBB44 - 17544 - 175
25LEULEUFF44 - 17544 - 175
16LEULEUBB44 - 17544 - 175
26LEULEUHH44 - 17544 - 175
17SERSERCC2 - 8442 - 844
27SERSEREE2 - 8442 - 844
18SERSERCC2 - 8442 - 844
28SERSERGG2 - 8442 - 844
19LEULEUDD44 - 17544 - 175
29LEULEUFF44 - 17544 - 175
110LEULEUDD44 - 17544 - 175
210LEULEUHH44 - 17544 - 175
111SERSEREE2 - 8442 - 844
211SERSERGG2 - 8442 - 844
112LEULEUFF44 - 17544 - 175
212LEULEUHH44 - 17544 - 175

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
AROA / ARSENITE OXIDASE SUBUNIT A


分子量: 93381.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARSENITE-OXIDISING BACTERIUM NT-26 (unknown)
プラスミド: PPROEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6VAL8
#2: タンパク質
AROB / ARSENITE OXIDASE SUBUNIT B


分子量: 18369.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARSENITE-OXIDISING BACTERIUM NT-26 (unknown)
プラスミド: PPROEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6VAL9

-
非ポリマー , 6種, 39分子

#3: 化合物
ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#4: 化合物
ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#5: 化合物
ChemComp-4MO / MOLYBDENUM(IV) ION


分子量: 95.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#6: 化合物
ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#7: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES SODIUM PH 7.5, 2% PEG 400, 2.0 M AMMONIUM SULPHATE, 10% GLYCEROL

-
データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月11日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 135790 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0119精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASERFOR MR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G8J

1g8j


解像度: 2.7→141.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 19.286 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.156 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21128 6818 5 %RANDOM
Rwork0.19343 ---
obs0.19433 128907 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.985 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→141.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30160 0 428 15 30603
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01931367
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0220945
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3931.96842563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.6433.00150786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.21753894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.40824.391533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.16154934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.75715208
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.24477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02135671
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.026501
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A328370.04
12C328370.04
21A328230.04
22E328230.04
31A328200.04
32G328200.04
41B44930.08
42D44930.08
51B45340.07
52F45340.07
61B45160.07
62H45160.07
71C328710.04
72E328710.04
81C329760.04
82G329760.04
91D45090.08
92F45090.08
101D44950.08
102H44950.08
111E328630.04
112G328630.04
121F45320.05
122H45320.05
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 480 -
Rwork0.263 8982 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50090.22130.15490.8695-0.44571.9456-0.16160.1471-0.0393-0.23930.07730.06790.09120.03120.08420.6525-0.08080.02320.5539-0.05310.54223.422-48.45535.199
20.61630.0816-0.0390.3096-0.05170.2674-0.038-0.0128-0.0559-0.06660.0010.04580.03630.00520.0370.5326-0.00950.00750.5043-0.00180.5749-3.669-46.94164.164
30.46560.58770.14350.78310.18480.047-0.61380.70260.1502-0.3320.77130.1922-0.10310.2338-0.15751.5739-0.2627-0.23321.21640.12110.2726-1.645-29.62317.098
41.7678-0.8157-1.46191.4826-0.31932.9885-0.19060.41240.0774-0.27090.03580.1536-0.1171-0.30710.15490.6823-0.1087-0.20890.64130.0940.4963-13.653-26.03728.053
54.07690.27550.46181.889-1.48041.28080.0451-0.03540.2469-0.28170.0020.15630.17280.0116-0.04710.7095-0.019-0.20930.5728-0.02980.5264-14.194-30.51940.075
60.44210.42640.13231.40230.72860.4113-0.22530.22140.1208-0.32660.14040.2664-0.0916-0.00710.08490.7169-0.1124-0.11730.64950.07220.5829-6.699-25.12425.475
72.08760.5576-0.17625.42090.26210.0364-0.2935-0.04270.1628-0.53160.3011-0.03640.0025-0.0232-0.00760.7101-0.1937-0.08280.649-0.06630.5422-3.122-36.68625.488
80.90610.43570.66850.83880.24351.528-0.03150.2316-0.0618-0.07380.00020.00180.00050.13050.03140.49630.07150.04310.67430.04090.5405-27.341-107.63419.424
90.3695-0.09070.08440.3728-0.0110.34610.01270.0002-0.05190.00230.0141-0.02580.05540.0791-0.02680.49860.0411-0.00310.59870.02990.5572-26.605-113.92848.488
1073.0256.07-5.66047.51891.11670.8323-0.37613.29213.8932-0.03850.33121.81220.3622-0.12050.0453.35240.81020.04942.03620.46180.8109-46.698-118.9132.038
116.42963.9565-2.42993.5622-2.75142.3842-0.06470.2537-0.6388-0.75-0.0783-0.26870.66810.12970.1430.82340.066-0.09440.6211-0.21450.5497-46.328-130.4088.949
120.83150.28461.39261.63080.36322.96590.033-0.0699-0.0698-0.21520.01070.06420.1633-0.0369-0.04370.57430.0678-0.01080.5911-0.05190.5692-44.668-126.0619.976
1325.10217.707225.175718.636812.457526.64025.0996-2.2963.1287-2.8155-6.8099-2.69234.1284-3.94541.71032.81880.92891.46332.50950.9161.5432-52.022-121.6785.641
145.4369-8.05582.335725.51339.324613.05130.34540.49970.15580.0615-0.68930.01670.59220.16540.3440.40470.07520.10010.8423-0.01630.3914-34.646-116.7869.758
151.4319-0.3217-0.720.8410.14081.2108-0.06230.197-0.0602-0.0881-0.0297-0.0331-0.0338-0.01690.0920.57720.0566-0.01750.64870.0350.4798-53.41-95.39110.371
160.3514-0.04930.11040.4153-0.10530.3977-0.01760.04490.0506-0.0476-0.02020.0144-0.0874-0.09470.03770.54760.0515-0.02220.60520.03170.5334-66.106-78.33331.283
176.96729.5193-2.778814.8011-2.01663.15420.09380.2868-0.4826-0.3409-0.1651-0.9601-0.2148-0.33150.07130.6550.16830.15491.10720.22110.384-26.3-87.5830.675
185.55951.60712.03034.09120.41940.7706-0.12950.39220.3419-0.81480.06990.0261-0.09130.06110.05960.8383-0.00820.13610.75110.26010.4647-30.859-77.1161.069
197.43340.5193-0.76642.54012.20952.1294-0.0359-0.0122-0.1004-0.3480.2167-0.1892-0.32110.2357-0.18080.62870.03760.05330.62130.13910.4514-33.499-75.5819.864
201.0581-1.0314-0.97841.46130.38191.63020.1148-0.05460.0843-0.1677-0.0747-0.0939-0.10150.2051-0.04010.6483-0.03170.03410.68140.08760.4804-36.431-78.15711.168
217.24884.2584-2.30112.6486-1.37950.75120.18490.2649-0.18680.0721-0.1929-0.2344-0.07610.01340.0080.60540.0113-0.02260.87440.14950.4409-37.091-89.4333.86
220.9493-1.04510.05891.66250.62831.039-0.2322-0.04910.0060.36150.133-0.0133-0.0328-0.0450.09920.69170.1209-0.01690.60630.04150.4657-54.233-91.326115.882
230.4516-0.1320.14370.3874-0.07250.3566-0.0743-0.03170.01640.12820.0163-0.05160.07220.08420.0580.5790.0616-0.03190.57630.03780.5277-35.932-101.76794.735
240.1291.5441-1.334719.8596-16.975914.539-0.3330.05260.2051-1.1612.08751.72661.1099-1.6935-1.75451.07970.8921-0.74612.0525-0.80550.72-52.57-64.495124.701
254.2405-0.517-2.87052.1775-0.59053.3806-0.6575-0.3830.5740.20230.4747-0.5266-0.0324-0.12120.18270.79220.0747-0.35330.5474-0.22090.5552-39.978-62.857118.405
263.1222-1.518-0.47633.20110.19991.2057-0.4336-0.39630.09930.1960.2736-0.2629-0.07780.03240.160.67390.091-0.18260.6366-0.03650.4819-37.766-75.54114.15
270.00270.04250.28091.990213.035185.5078-0.1641-0.00950.04940.29860.38780.00621.7333.418-0.22370.95190.4482-0.67960.3731-0.58311.6234-48.531-56.358122.124
284.56295.94333.98917.74635.19463.488-0.05820.2904-0.3490.00330.3788-0.4438-0.05380.2387-0.32060.93420.253-0.22320.6746-0.03290.3493-50.696-77.474121.541
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2A124 - 842
3X-RAY DIFFRACTION3B45 - 53
4X-RAY DIFFRACTION4B54 - 113
5X-RAY DIFFRACTION5B114 - 139
6X-RAY DIFFRACTION6B140 - 160
7X-RAY DIFFRACTION7B161 - 175
8X-RAY DIFFRACTION8C5 - 124
9X-RAY DIFFRACTION9C125 - 842
10X-RAY DIFFRACTION10D45 - 56
11X-RAY DIFFRACTION11D57 - 80
12X-RAY DIFFRACTION12D81 - 152
13X-RAY DIFFRACTION13D153 - 165
14X-RAY DIFFRACTION14D166 - 175
15X-RAY DIFFRACTION15E5 - 123
16X-RAY DIFFRACTION16E124 - 842
17X-RAY DIFFRACTION17F45 - 58
18X-RAY DIFFRACTION18F59 - 80
19X-RAY DIFFRACTION19F81 - 116
20X-RAY DIFFRACTION20F117 - 158
21X-RAY DIFFRACTION21F159 - 175
22X-RAY DIFFRACTION22G5 - 123
23X-RAY DIFFRACTION23G124 - 842
24X-RAY DIFFRACTION24H45 - 56
25X-RAY DIFFRACTION25H57 - 101
26X-RAY DIFFRACTION26H102 - 152
27X-RAY DIFFRACTION27H153 - 162
28X-RAY DIFFRACTION28H163 - 175

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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