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万見
- PDB-4aai: THERMOSTABLE PROTEIN FROM HYPERTHERMOPHILIC VIRUS SSV-RH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aai
タイトルTHERMOSTABLE PROTEIN FROM HYPERTHERMOPHILIC VIRUS SSV-RH
要素ORF E73
キーワードVIRAL PROTEIN / EXTREMOPHILE / ARCHAEA / RIBBON-HELIX-HELIX PROTEINS / DNA-BINDING PROTEINS
機能・相同性Arc Repressor Mutant - #150 / : / RH3 domain / Arc Repressor Mutant / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / ORF E73
機能・相同性情報
生物種SULFOLOBUS VIRUS RAGGED HILLS (ウイルス)
手法溶液NMR / ENERGY MINIMIZATION
データ登録者Schlenker, C. / Goel, A. / Tripet, B.P. / Menon, S. / Lawrence, C.M. / Copie, V.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structural Studies of E73 from a Hyperthermophilic Archaeal Virus Identify the "Rh3" Domain, an Elaborated Ribbon-Helix- Helix Motif Involved in DNA Recognition.
著者: Schlenker, C. / Goel, A. / Tripet, B.P. / Menon, S. / Willi, T. / Dlakic, M. / Young, M.J. / Lawrence, C.M. / Copi, V.
履歴
登録2011年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2012年1月11日ID: 4A1Q
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Other
改定 1.22013年5月1日Group: Atomic model / Other / Refinement description
改定 1.32014年2月5日Group: Atomic model / Other
改定 1.42014年12月17日Group: Other
改定 1.52016年11月30日Group: Atomic model / Other
改定 1.62023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.72024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF E73
B: ORF E73


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2782
ポリマ－17,2782
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 ORF E73


分子量: 8639.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SULFOLOBUS VIRUS RAGGED HILLS (ウイルス)
解説: ORF E73 OBTAINED FROM SULFOLOBUS SPINDLE SHAPED VIRUS (RAGGED HILLS) THAT ATTACKS THE CRENARCHAEA SULFOLOBUS SOLFATARCUS
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6TRU9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HN(CA)CB
2213D CBCA(CO)NH
3313D C(CO)NH
4413D H(CCO)NH
5512D 1H-13C HSQC
6613D HBHA(CO)NH
7713D (H)CCH-TOCSY
8812D 1H-15N HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED E73.

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試料調製

詳細内容: PMSF 1 MM, SODIUM AZIDE 0.01 %, POTASSIUM PHOSPHATE 50 MM, D2O 10 %, EDTA 1 MM
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.0551.0 atm312.0 K
20.0551.0 atm312.0 K
30.0551.0 atm312.0 K
40.0551.0 atm312.0 K
50.0551.0 atm312.0 K
60.0551.0 atm312.0 K
70.0551.0 atm312.0 K
80.0551.0 atm312.0 K
90.0551.0 atm312.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU, READ,RICE,SIMONSON,WARREN精密化
ARIA構造決定
CNS構造決定
精密化手法: ENERGY MINIMIZATION / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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