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万見
- PDB-4a8y: Non-Catalytic Ions Direct the RNA-Dependent RNA Polymerase of Bac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a8y
タイトルNon-Catalytic Ions Direct the RNA-Dependent RNA Polymerase of Bacterial dsRNA virus phi6 from De Novo Initiation to Elongation
要素
  • 5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*GP)-3'
  • RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX / VIRAL POLYMERASE / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA uridylyltransferase activity / virion component / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phage p2 RNA dependent RNA polymerase domain / Alpha-Beta Plaits - #1600 / Dihydrolipoamide Transferase / Dihydrolipoamide Transferase - #10 / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain / RdRp of RNA-containing bacteriophages catalytic domain profile. / Other non-globular / Globin-like ...Phage p2 RNA dependent RNA polymerase domain / Alpha-Beta Plaits - #1600 / Dihydrolipoamide Transferase / Dihydrolipoamide Transferase - #10 / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain / RdRp of RNA-containing bacteriophages catalytic domain profile. / Other non-globular / Globin-like / Special / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PHAGE PHI6 (ファージ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Wright, S. / Poranen, M.M. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Noncatalytic Ions Direct the RNA-Dependent RNA Polymerase of Bacterial Double-Stranded RNA Virus Phi6 from De Novo Initiation to Elongation.
著者: Wright, S. / Poranen, M.M. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M.
履歴
登録2011年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
C: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
F: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*GP)-3'
G: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*GP)-3'
H: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,53111
ポリマ－237,9616
非ポリマー1,5705
水00
1
A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
F: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8524
ポリマ－79,3202
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
G: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8524
ポリマ－79,3202
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-10.4 kcal/mol
Surface area26280 Å2
手法PISA
3
C: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
H: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8273
ポリマ－79,3202
非ポリマー5071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-13.2 kcal/mol
Surface area26400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.760, 89.290, 140.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / PROTEIN P2 / P2 POLYMERASE


分子量: 75033.406 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PHAGE PHI6 (ファージ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P11124, RNA-directed RNA polymerase
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*GP)-3'


分子量: 4286.789 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 635 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 635 TO GLN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 635 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 635 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 635 TO GLN
配列の詳細SYNTHETIC SEQUENCE FOR CHAIN F, G, AND H TO FORM A HAIRPIN WITH 4 BASE OVERHANG. THE MET 465 (ILE ...SYNTHETIC SEQUENCE FOR CHAIN F, G, AND H TO FORM A HAIRPIN WITH 4 BASE OVERHANG. THE MET 465 (ILE 457) CONFLICT IS OWING TO A SEQUENCE DIFFERENCE (CONFIRMED EXPERIMENTALLY) FROM THAT IN THE UNIPROT ENTRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.978
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→68 Å / Num. obs: 30875 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 67.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 10

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.9.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HHS

1hhs


解像度: 3.41→67.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8511 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: NUMBER OF RESTRAINT LIBRARIES USED: 8 REFINEMENT NOTE 1: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG ATP. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM ...詳細: NUMBER OF RESTRAINT LIBRARIES USED: 8 REFINEMENT NOTE 1: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG ATP. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=15826. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=39. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=2. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2554 1545 5 %RANDOM
Rwork0.2177 ---
obs0.2196 30773 87 %-
原子変位パラメータBiso mean: 119.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.1189 Å20 Å25.078 Å2
2---68.0784 Å20 Å2
3---45.9595 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.027 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.41→67.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15610 216 41 0 15867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00816271HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0522054HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5714SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes379HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2351HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16271HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.78
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.42
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2012SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18513SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.41→3.53 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 100 4.63 %
Rwork0.2465 2060 -
all0.2478 2160 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0630.73240.19680.52730.14231.84980.04920.27880.0721-0.08830.098-0.0184-0.0213-0.3607-0.1471-0.24740.0478-0.12850.3040.0496-0.36058.87251.614828.486
20.85250.37230.52980.69350.48531.5414-0.02410.3415-0.1610.09420.1893-0.08030.14940.4206-0.1652-0.16460.0774-0.12270.304-0.1179-0.361758.335821.037756.0906
31.7667-0.1753-1.92180.47090.74513.61690.32190.2897-0.0250.1063-0.21310.1121-0.4788-0.4003-0.1088-0.00020.1085-0.095-0.0161-0.0551-0.323-42.80193.5531-3.7602
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESIDUES 1-664)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B AND RESIDUES 1-664)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN C AND RESIDUES 1-664)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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