PDB-4a75: The Lin28b Cold shock domain in complex with hexathymidine.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a75

タイトル

The Lin28b Cold shock domain in complex with hexathymidine.

要素

5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'
LIN28 COLD SHOCK DOMAIN

キーワード

CHAPERONE/DNA / CHAPERONE-DNA COMPLEX / CHAPERONE / DNA/RNA-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

regulatory ncRNA-mediated gene silencing / nucleic acid binding / nucleolus / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

XENOPUS TROPICALIS
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Mayr, F. / Schuetz, A. / Doege, N. / Heinemann, U.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: The Lin28 Cold-Shock Domain Remodels Pre-Let-7 Microrna.
著者: Mayr, F. / Schutz, A. / Doge, N. / Heinemann, U.

履歴

登録	2011年11月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月4日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.2	2019年10月9日	Group: Data collection / Experimental preparation ...Data collection / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / reflns / reflns_shell Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4a75_validation.pdf.gz	467.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a75_full_validation.pdf.gz	469.9 KB	表示
XML形式データ	4a75_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	4a75_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/4a75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/4a75	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3uljC 4a4iC 4a76C 4alpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m6m-d 1jer-d 3ahs-2 2uwq-d 2la8-d 3imd-1 2kg0-d 6r0q-1 2mp1-d 4xjj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LIN28 COLD SHOCK DOMAIN

B: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'

C: LIN28 COLD SHOCK DOMAIN

D: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'

E: LIN28 COLD SHOCK DOMAIN

F: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'

G: LIN28 COLD SHOCK DOMAIN

H: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'

ヘテロ分子

47 kDa, 8 ポリマー
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1

A: LIN28 COLD SHOCK DOMAIN

B: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: LIN28 COLD SHOCK DOMAIN

D: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: LIN28 COLD SHOCK DOMAIN

F: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.8 kDa, 2 ポリマー
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4

G: LIN28 COLD SHOCK DOMAIN

H: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.799, 81.822, 99.819
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	LIN28 COLD SHOCK DOMAIN 分子量: 9942.231 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) XENOPUS (SILURANA) TROPICALIS (ネッタイツメガエル) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: B4F6I0
#2: DNA鎖	5'-D(TPTPTPTPTPTP)-3' / HEXATHYMIDINE 分子量: 1780.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.47 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.75 mM protein-DNA complex (in 20 mM Tris/HCl, pH 7.5, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2 and 1 mM DTT) and 0.1 mM Bis-Tris, pH 5.5, 15% (w/v) PEG 3350 and 0.1 ...詳細: 0.75 mM protein-DNA complex (in 20 mM Tris/HCl, pH 7.5, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2 and 1 mM DTT) and 0.1 mM Bis-Tris, pH 5.5, 15% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M sodium thiocyanate as reservoir buffer

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: BL14-1 / タイプ: BESSY / 波長: 0.98141
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98141 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→32.91 Å / Num. obs: 39188 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.06 / R_rim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.75→1.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / R_rim(I) all: 0.39 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.75→32.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 3.836 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19801	2110	5 %	RANDOM
R_work	0.17105	-	-	-
obs	0.17239	40088	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→32.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2734	400	6	506	3646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3302
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.476	2.114	4515
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.983	3	5539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.292	5	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.172	23.125	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.963	15	495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.295	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	458
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3435
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	669
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.731	5	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.476	5	740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.71	7	2842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.59	9	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.778	11	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.748→1.793 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	145	-
R_work	0.222	2761	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1393	0.5199	-1.0469	7.1952	1.4839	4.1132	0.0412	-0.4585	-0.0241	0.438	-0.028	-0.3969	0.1101	0.2832	-0.0132	0.1049	-0.0022	0.0124	0.0924	0.0072	0.0791	16.7233	-3.8768	-0.2401
2	0.8987	0.79	-1.799	1.8451	-0.5789	6.1538	-0.026	0.0704	-0.0058	-0.0229	-0.0062	-0.1026	0.0287	0.0672	0.0322	0.0146	0.0017	-0.0058	0.058	0.0038	0.0666	5.6102	-8.94	-19.7828
3	2.0727	-0.2172	-1.0449	1.1064	-0.0849	2.1411	0.0129	-0.1168	-0.0438	0.1382	-0.002	0.0832	-0.016	-0.0324	-0.0109	0.0474	-0.0111	-0.0167	0.0317	-0.0105	0.0534	5.6526	-8.4854	-10.9256
4	9.6337	1.4031	-4.6777	2.1968	-0.206	6.2417	-0.0257	0.259	-0.2099	-0.1271	0.0146	0.0486	0.165	-0.0314	0.0111	0.1053	-0.0051	-0.0182	0.0358	-0.0123	0.0729	9.286	-16.2911	-21.3619
5	1.9057	-0.8243	-0.0192	3.8437	1.0208	1.2453	0.0058	0.0319	0.1184	-0.0243	-0.0082	-0.0744	-0.0716	0.0115	0.0023	0.0567	-0.0034	0.0002	0.0784	0.0033	0.045	10.8871	-6.2152	-9.745
6	2.3059	1.0957	-1.195	2.5409	0.3802	7.9529	0.1123	0.0811	-0.1261	-0.1984	0.03	0.1286	0.4072	-0.047	-0.1423	0.1123	0.0001	-0.0074	0.0761	-0.01	0.1217	9.9179	-20.7951	-16.2057
7	7.2758	6.2831	1.1891	7.2562	1.6748	3.0753	0.2324	-0.3158	0.0147	0.3533	-0.2473	0.2957	0.1531	-0.2854	0.0149	0.1052	0.0387	-0.0087	0.0869	0.0162	0.0899	28.5784	-13.3005	-4.4528
8	1.5666	-0.4522	0.3196	1.1968	-0.1181	2.7884	0.0253	-0.0599	-0.0919	0.022	-0.0173	-0.0157	0.1237	0.0631	-0.0079	0.0611	-0.0157	-0.0016	0.0521	-0.0171	0.093	32.86	-10.0333	-9.7578
9	2.8751	-0.1431	2.8289	3.7756	-2.2519	8.0213	-0.0697	0.1137	0.1815	0.0132	0.037	0.0126	-0.2428	-0.0132	0.0327	0.0665	0.0028	0.0163	0.0309	-0.0246	0.0745	30.9859	-0.5925	-11.0497
10	2.9143	0.0138	-0.1885	3.9828	0.1463	2.7273	-0.0189	0.1707	-0.2344	-0.169	0.0247	-0.1239	0.2051	0.1106	-0.0057	0.0416	-0.0007	-0.0107	0.107	0.0152	0.0433	27.1579	-9.8148	-8.7538
11	3.0292	-3.0317	-2.7834	3.3547	2.1174	4.3535	0.2188	0.0974	0.1954	-0.2442	-0.0718	-0.1963	-0.2413	0.0382	-0.147	0.0602	-0.029	-0.0272	0.0868	-0.0059	0.0898	33.9683	6.9693	4.5287
12	1.9773	-1.9047	2.5113	3.1444	-6.2253	16.2738	-0.0009	-0.1755	-0.1976	0.1166	0.0326	0.1764	0.0035	-0.2577	-0.0317	0.1099	-0.057	0.0138	0.1314	-0.0209	0.0958	33.2196	7.118	23.5151
13	2.2633	0.1507	0.9266	1.0763	-0.1223	1.6026	0.0222	0.1399	0.0269	-0.1767	-0.0094	0.1171	0.0529	-0.089	-0.0127	0.0662	0.0075	0.0145	0.0459	-0.0101	0.072	30.9274	6.9306	6.9155
14	4.097	-0.3955	0.6614	3.4129	-0.6772	7.1423	0.0828	-0.2801	0.4357	0.1212	-0.0703	-0.0009	-0.2666	0.1916	-0.0125	0.1107	0.0091	0.0022	0.0432	-0.0206	0.0859	37.7835	15.7012	17.4714
15	1.9584	-0.3811	-0.7615	2.9304	1.1467	1.6924	-0.0117	-0.0346	-0.106	0.0155	0.0217	-0.1245	0.0938	0.0505	-0.0101	0.0509	-0.0044	-0.0171	0.0846	0.0041	0.0452	34.6818	5.1135	6.336
16	1.1474	-0.0894	0.2572	2.5478	-0.339	2.0863	0.0241	-0.0885	0.1524	0.076	-0.02	0.1035	-0.2045	-0.1042	-0.0041	0.0559	-0.0066	-0.0064	0.0787	0.001	0.0774	37.6151	16.1862	10.102
17	2.7844	-0.4882	-0.5114	3.2813	0.8675	3.4359	0.0896	0.0171	-0.0663	-0.1539	0.0049	0.1472	0.0205	-0.1233	-0.0945	0.0645	-0.0557	0.0304	0.0652	-0.0154	0.0948	5.5195	9.8119	5.9178
18	1.5918	0.2325	-0.456	1.4446	-0.7397	3.8883	-0.0187	0.0445	-0.0095	-0.0817	0.0143	0.0009	0.0069	-0.0122	0.0045	0.027	0.0177	-0.006	0.0298	-0.0187	0.0651	5.4084	7.3521	5.5844
19	5.5662	-4.2983	-0.036	10.5084	-0.2027	1.8708	-0.0655	-0.0867	-0.0766	0.0406	0.0451	0.2624	-0.0519	-0.0607	0.0204	0.0608	-0.0248	0.014	0.0891	0.0104	0.0147	3.9563	8.1596	2.5463
20	1.83	-0.2291	-0.3248	3.9435	-0.2538	1.1819	-0.0135	-0.1406	0.0767	0.2876	0.0319	-0.1208	-0.0349	0.0951	-0.0184	0.0536	0.0033	0.0032	0.0974	0.0123	0.042	1.6438	6.5637	5.4769

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	32 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	46 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	74 - 85
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	86 - 103
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	104 - 113
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	28 - 38
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	39 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	75 - 87
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	88 - 113
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	27 - 39
12	X-RAY DIFFRACTION	12	E	40 - 44
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	45 - 72
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	73 - 82
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	83 - 98
16	X-RAY DIFFRACTION	16	E	99 - 113
17	X-RAY DIFFRACTION	17	G	27 - 43
18	X-RAY DIFFRACTION	18	G	44 - 81
19	X-RAY DIFFRACTION	19	G	82 - 92
20	X-RAY DIFFRACTION	20	G	93 - 113

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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