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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4a75 | ||||||
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タイトル | The Lin28b Cold shock domain in complex with hexathymidine. | ||||||
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![]() | CHAPERONE/DNA / CHAPERONE-DNA COMPLEX / CHAPERONE / DNA/RNA-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulatory ncRNA-mediated gene silencing / nucleic acid binding / nucleolus / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | XENOPUS TROPICALIS synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mayr, F. / Schuetz, A. / Doege, N. / Heinemann, U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Lin28 Cold-Shock Domain Remodels Pre-Let-7 Microrna. 著者: Mayr, F. / Schutz, A. / Doge, N. / Heinemann, U. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 169 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 135.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 467.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 469.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9942.231 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 1780.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.75 mM protein-DNA complex (in 20 mM Tris/HCl, pH 7.5, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2 and 1 mM DTT) and 0.1 mM Bis-Tris, pH 5.5, 15% (w/v) PEG 3350 and 0.1 ...詳細: 0.75 mM protein-DNA complex (in 20 mM Tris/HCl, pH 7.5, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2 and 1 mM DTT) and 0.1 mM Bis-Tris, pH 5.5, 15% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M sodium thiocyanate as reservoir buffer |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98141 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→32.91 Å / Num. obs: 39188 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rrim(I) all: 0.39 / % possible all: 87.8 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 1.75→32.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.836 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→32.91 Å
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拘束条件 |
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