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- PDB-4a75: The Lin28b Cold shock domain in complex with hexathymidine. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a75
タイトルThe Lin28b Cold shock domain in complex with hexathymidine.
要素
  • 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'
  • LIN28 COLD SHOCK DOMAIN
キーワードCHAPERONE/DNA / CHAPERONE-DNA COMPLEX / CHAPERONE / DNA/RNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulatory ncRNA-mediated gene silencing / nucleic acid binding / nucleolus / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Lin-28A-like, second zinc knuckle / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / zinc finger ...: / : / Lin-28A-like, second zinc knuckle / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / DNA / Lin-28 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種XENOPUS TROPICALIS
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Mayr, F. / Schuetz, A. / Doege, N. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2012
タイトル: The Lin28 Cold-Shock Domain Remodels Pre-Let-7 Microrna.
著者: Mayr, F. / Schutz, A. / Doge, N. / Heinemann, U.
履歴
登録2011年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Experimental preparation ...Data collection / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / reflns / reflns_shell
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIN28 COLD SHOCK DOMAIN
B: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'
C: LIN28 COLD SHOCK DOMAIN
D: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'
E: LIN28 COLD SHOCK DOMAIN
F: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'
G: LIN28 COLD SHOCK DOMAIN
H: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,00610
ポリマ-46,8908
非ポリマー1162
9,116506
1
A: LIN28 COLD SHOCK DOMAIN
B: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7813
ポリマ-11,7222
非ポリマー581
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: LIN28 COLD SHOCK DOMAIN
D: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7222
ポリマ-11,7222
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-10.1 kcal/mol
Surface area5800 Å2
手法PISA
3
E: LIN28 COLD SHOCK DOMAIN
F: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7813
ポリマ-11,7222
非ポリマー581
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-11.3 kcal/mol
Surface area5880 Å2
手法PISA
4
G: LIN28 COLD SHOCK DOMAIN
H: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7222
ポリマ-11,7222
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-12.3 kcal/mol
Surface area5740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.799, 81.822, 99.819
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
LIN28 COLD SHOCK DOMAIN


分子量: 9942.231 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) XENOPUS (SILURANA) TROPICALIS (ネッタイツメガエル)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: B4F6I0
#2: DNA鎖
5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3' / HEXATHYMIDINE


分子量: 1780.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : CNS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.75 mM protein-DNA complex (in 20 mM Tris/HCl, pH 7.5, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2 and 1 mM DTT) and 0.1 mM Bis-Tris, pH 5.5, 15% (w/v) PEG 3350 and 0.1  ...詳細: 0.75 mM protein-DNA complex (in 20 mM Tris/HCl, pH 7.5, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2 and 1 mM DTT) and 0.1 mM Bis-Tris, pH 5.5, 15% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M sodium thiocyanate as reservoir buffer

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: BL14-1 / タイプ: BESSY / 波長: 0.98141
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98141 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→32.91 Å / Num. obs: 39188 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rrim(I) all: 0.39 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.75→32.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.836 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19801 2110 5 %RANDOM
Rwork0.17105 ---
obs0.17239 40088 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→32.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2734 400 6 506 3646
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223302
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4762.1144515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98335539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2925368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.17223.125128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.96315495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2951520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.73151773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4765740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7172842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5991529
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.778111666
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.748→1.793 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 145 -
Rwork0.222 2761 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.13930.5199-1.04697.19521.48394.11320.0412-0.4585-0.02410.438-0.028-0.39690.11010.2832-0.01320.1049-0.00220.01240.09240.00720.079116.7233-3.8768-0.2401
20.89870.79-1.7991.8451-0.57896.1538-0.0260.0704-0.0058-0.0229-0.0062-0.10260.02870.06720.03220.01460.0017-0.00580.0580.00380.06665.6102-8.94-19.7828
32.0727-0.2172-1.04491.1064-0.08492.14110.0129-0.1168-0.04380.1382-0.0020.0832-0.016-0.0324-0.01090.0474-0.0111-0.01670.0317-0.01050.05345.6526-8.4854-10.9256
49.63371.4031-4.67772.1968-0.2066.2417-0.02570.259-0.2099-0.12710.01460.04860.165-0.03140.01110.1053-0.0051-0.01820.0358-0.01230.07299.286-16.2911-21.3619
51.9057-0.8243-0.01923.84371.02081.24530.00580.03190.1184-0.0243-0.0082-0.0744-0.07160.01150.00230.0567-0.00340.00020.07840.00330.04510.8871-6.2152-9.745
62.30591.0957-1.1952.54090.38027.95290.11230.0811-0.1261-0.19840.030.12860.4072-0.047-0.14230.11230.0001-0.00740.0761-0.010.12179.9179-20.7951-16.2057
77.27586.28311.18917.25621.67483.07530.2324-0.31580.01470.3533-0.24730.29570.1531-0.28540.01490.10520.0387-0.00870.08690.01620.089928.5784-13.3005-4.4528
81.5666-0.45220.31961.1968-0.11812.78840.0253-0.0599-0.09190.022-0.0173-0.01570.12370.0631-0.00790.0611-0.0157-0.00160.0521-0.01710.09332.86-10.0333-9.7578
92.8751-0.14312.82893.7756-2.25198.0213-0.06970.11370.18150.01320.0370.0126-0.2428-0.01320.03270.06650.00280.01630.0309-0.02460.074530.9859-0.5925-11.0497
102.91430.0138-0.18853.98280.14632.7273-0.01890.1707-0.2344-0.1690.0247-0.12390.20510.1106-0.00570.0416-0.0007-0.01070.1070.01520.043327.1579-9.8148-8.7538
113.0292-3.0317-2.78343.35472.11744.35350.21880.09740.1954-0.2442-0.0718-0.1963-0.24130.0382-0.1470.0602-0.029-0.02720.0868-0.00590.089833.96836.96934.5287
121.9773-1.90472.51133.1444-6.225316.2738-0.0009-0.1755-0.19760.11660.03260.17640.0035-0.2577-0.03170.1099-0.0570.01380.1314-0.02090.095833.21967.11823.5151
132.26330.15070.92661.0763-0.12231.60260.02220.13990.0269-0.1767-0.00940.11710.0529-0.089-0.01270.06620.00750.01450.0459-0.01010.07230.92746.93066.9155
144.097-0.39550.66143.4129-0.67727.14230.0828-0.28010.43570.1212-0.0703-0.0009-0.26660.1916-0.01250.11070.00910.00220.0432-0.02060.085937.783515.701217.4714
151.9584-0.3811-0.76152.93041.14671.6924-0.0117-0.0346-0.1060.01550.0217-0.12450.09380.0505-0.01010.0509-0.0044-0.01710.08460.00410.045234.68185.11356.336
161.1474-0.08940.25722.5478-0.3392.08630.0241-0.08850.15240.076-0.020.1035-0.2045-0.1042-0.00410.0559-0.0066-0.00640.07870.0010.077437.615116.186210.102
172.7844-0.4882-0.51143.28130.86753.43590.08960.0171-0.0663-0.15390.00490.14720.0205-0.1233-0.09450.0645-0.05570.03040.0652-0.01540.09485.51959.81195.9178
181.59180.2325-0.4561.4446-0.73973.8883-0.01870.0445-0.0095-0.08170.01430.00090.0069-0.01220.00450.0270.0177-0.0060.0298-0.01870.06515.40847.35215.5844
195.5662-4.2983-0.03610.5084-0.20271.8708-0.0655-0.0867-0.07660.04060.04510.2624-0.0519-0.06070.02040.0608-0.02480.0140.08910.01040.01473.95638.15962.5463
201.83-0.2291-0.32483.9435-0.25381.1819-0.0135-0.14060.07670.28760.0319-0.1208-0.03490.0951-0.01840.05360.00330.00320.09740.01230.0421.64386.56375.4769
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2A32 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3A46 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4A74 - 85
5X-RAY DIFFRACTION5A86 - 103
6X-RAY DIFFRACTION6A104 - 113
7X-RAY DIFFRACTION7C28 - 38
8X-RAY DIFFRACTION8C39 - 74
9X-RAY DIFFRACTION9C75 - 87
10X-RAY DIFFRACTION10C88 - 113
11X-RAY DIFFRACTION11E27 - 39
12X-RAY DIFFRACTION12E40 - 44
13X-RAY DIFFRACTION13E45 - 72
14X-RAY DIFFRACTION14E73 - 82
15X-RAY DIFFRACTION15E83 - 98
16X-RAY DIFFRACTION16E99 - 113
17X-RAY DIFFRACTION17G27 - 43
18X-RAY DIFFRACTION18G44 - 81
19X-RAY DIFFRACTION19G82 - 92
20X-RAY DIFFRACTION20G93 - 113

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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