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- PDB-4a6d: Crystal structure of human N-acetylserotonin methyltransferase (A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a6d
タイトルCrystal structure of human N-acetylserotonin methyltransferase (ASMT) in complex with SAM
要素HYDROXYINDOLE O-METHYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / MELATONIN / CIRCADIAN CLOCK
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylserotonin O-methyltransferase / S-methyltransferase activity / indolalkylamine biosynthetic process / acetylserotonin O-methyltransferase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / melatonin biosynthetic process / O-methyltransferase activity / lipid metabolic process / methylation / translation ...acetylserotonin O-methyltransferase / S-methyltransferase activity / indolalkylamine biosynthetic process / acetylserotonin O-methyltransferase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / melatonin biosynthetic process / O-methyltransferase activity / lipid metabolic process / methylation / translation / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetylserotonin O-methyltransferase, dimerisation domain / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Acetylserotonin O-methyltransferase, dimerisation domain / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Acetylserotonin O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Legrand, P. / Haouz, A. / Shepard, W.
引用ジャーナル: J.Pineal Res. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure and Functional Mapping of Human Asmt, the Last Enzyme of the Melatonin Synthesis Pathway.
著者: Botros, H.G. / Legrand, P. / Pagan, C. / Bondet, V. / Weber, P. / Ben-Abdallah, M. / Lemiere, N. / Huguet, G. / Bellalou, J. / Maronde, E. / Beguin, P. / Haouz, A. / Shepard, W. / Bourgeron, T.
履歴
登録2011年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDROXYINDOLE O-METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4849
ポリマ－39,4791
非ポリマー1,0068
水1,20767
1
A: HYDROXYINDOLE O-METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: HYDROXYINDOLE O-METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,96918
ポリマ－78,9582
非ポリマー2,01116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
Buried area9000 Å2
ΔGint-202.1 kcal/mol
Surface area26790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.400, 170.400, 123.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 HYDROXYINDOLE O-METHYLTRANSFERASE / N-ACETYL SEROTONIN METHYLTRANSFERASE / HIOMT / ACETYLSEROTONIN O-METHYLTRANSFERASE / ASMT


分子量: 39478.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: LEISHMANIA TARENTOLAE (真核生物)
参照: UniProt: P46597, acetylserotonin O-methyltransferase

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非ポリマー , 5種, 75分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG400, 0.1M CACODYLATE PH6.5, 0.2M LISO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.072
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月19日 / 詳細: KB MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→41.4 Å / Num. obs: 26695 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.1 % / Biso Wilson estimate: 64.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→28.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9478 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ZN SAM SO4 GOL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2779. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ZN SAM SO4 GOL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2779. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=53. NUMBER TREATED BY BAD NON- BONDED CONTACTS=2.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2041 1157 4.33 %RANDOM
Rwork0.1759 ---
obs0.1771 26695 --
原子変位パラメータBiso mean: 86.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0759 Å20 Å20 Å2
2--2.0759 Å20 Å2
3----4.1519 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.371 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2692 0 55 67 2814
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012824HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.123829HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d973SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes64HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes414HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2824HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.75
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion349SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3243SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2803 130 4.6 %
Rwork0.2353 2697 -
all0.2373 2827 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.0264 Å / Origin y: 31.5862 Å / Origin z: 37.8066 Å
111213212223313233
T-0.6537 Å2-0.0254 Å2-0.0279 Å2--0.7112 Å20.074 Å2--0.1539 Å2
L0.4227 °20.898 °2-0.1575 °2-6.141 °2-0.9563 °2--0.4378 °2
S-0.1511 Å °0.1472 Å °0.0066 Å °-0.7416 Å °0.2333 Å °-0.0338 Å °0.0319 Å °-0.0808 Å °-0.0823 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A AND RESSEQ 1-1355

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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