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- PDB-4a5v: Solution structure ensemble of the two N-terminal apple domains (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a5v
タイトルSolution structure ensemble of the two N-terminal apple domains (residues 58-231) of Toxoplasma gondii microneme protein 4
要素MICRONEMAL PROTEIN 4
キーワードADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


microneme / cytoplasmic vesicle / cell adhesion / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
PAN domain / divergent subfamily of APPLE domains / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Micronemal protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)
手法溶液NMR / ARIA
データ登録者Marchant, J. / Cowper, B. / Liu, Y. / Lai, L. / Pinzan, C. / Marq, J.B. / Friedrich, N. / Sawmynaden, K. / Chai, W. / Childs, R.A. ...Marchant, J. / Cowper, B. / Liu, Y. / Lai, L. / Pinzan, C. / Marq, J.B. / Friedrich, N. / Sawmynaden, K. / Chai, W. / Childs, R.A. / Saouros, S. / Simpson, P. / Barreira, M.C.R. / Feizi, T. / Soldati-Favre, D. / Matthews, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Galactose Recognition by the Apicomplexan Parasite Toxoplasma Gondii.
著者: Marchant, J. / Cowper, B. / Liu, Y. / Lai, L. / Pinzan, C. / Marq, J.B. / Friedrich, N. / Sawmynaden, K. / Liew, L. / Chai, W. / Childs, R.A. / Saouros, S. / Simpson, P. / Roque Barreira, M.C. ...著者: Marchant, J. / Cowper, B. / Liu, Y. / Lai, L. / Pinzan, C. / Marq, J.B. / Friedrich, N. / Sawmynaden, K. / Liew, L. / Chai, W. / Childs, R.A. / Saouros, S. / Simpson, P. / Roque Barreira, M.C. / Feizi, T. / Soldati-Favre, D. / Matthews, S.
履歴
登録2011年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Other
改定 1.22021年6月23日Group: Data collection / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MICRONEMAL PROTEIN 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2431
ポリマ－17,2431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 40LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 MICRONEMAL PROTEIN 4 / MIC4


分子量: 17243.074 Da / 分子数: 1 / 断片: APPLE DOMAINS 1 AND 2, RESIDUES 58-218 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)
株: RH / プラスミド: PET32 XA/LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9XZH7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111CBCA(CO)NH
221HN(CA)CB
331HNCO
441HN(CA)CO
551(H)CC(CO)NH-TOCSY
661H(C) CH-TOCSY
771(H)CCH-TOCSY
881C-NOESY- HSQC
991N-NOESY- HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED MIC4 APPLE DOMAINS 1 AND 2

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
190 % WATER / 10 % D2O
2100 % D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM6.5 1.0 atm303.0 K
2100 mM6.5 1.0 atm303.0 K
3100 mM6.5 1.0 atm303.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Varian8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-精密化
NMRView構造決定
TALOS構造決定
ARIA構造決定
CNS構造決定
精密化手法: ARIA / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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