PDB-4a59: Crystal structure of Toxoplasma gondii nucleoside triphosphate di...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a59

タイトル

Crystal structure of Toxoplasma gondii nucleoside triphosphate diphosphohydrolase 3 (NTPDase3) in complex with AMP

要素

NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

キーワード

HYDROLASE / NTPDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-containing vacuole / nucleoside diphosphate catabolic process / nucleoside diphosphate phosphatase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Krug, U. / Zebisch, M. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Insight Into the Activation Mechanism of Toxoplasma Gondii Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases by Disulfide Reduction.
著者: Krug, U. / Zebisch, M. / Krauss, M. / Straeter, N.

履歴

登録	2011年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月18日	Group: Other
改定 1.2	2012年2月15日	Group: Other
改定 1.3	2013年12月25日	Group: Structure summary
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a59.cif.gz	931.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a59.ent.gz	776.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a59.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/4a59 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/4a59	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a57SC 4a5aC 4a5bC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4a57-d 4jep-1 2xwj-2 2xwj-1 3agr-1 2xwj-3 2xwb-3 22420 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

B: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

C: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

D: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

ヘテロ分子

272 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.170, 166.030, 97.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.148347, -0.182129, 0.97202), (-0.171908, -0.963182, -0.206709), (0.973879, -0.197763, 0.111575)	-25.7277, 12.32325, 22.635
2	given	(0.058623, 0.569961, -0.819578), (0.539846, -0.708689, -0.454231), (-0.83972, -0.415817, -0.349237)	51.73873, 12.45954, 73.40094
3	given	(-0.934217, -0.338744, -0.11176), (-0.334881, 0.724997, 0.601858), (-0.12285, 0.599693, -0.790744)	33.89645, -21.48132, 80.75194

#1: タンパク質	NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1 / NTPDASE3 / NTPASE-I / NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE HYDROLASE 1 / NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE I 分子量: 67657.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q27893, apyrase
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 884 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.52 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→43.4 Å / Num. obs: 142618 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 37.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.8.0	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A57

4a57

解像度: 2.2→42.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9433 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2277	1399	0.98 %	RANDOM
R_work	0.1797	-	-	-
obs	0.1802	142579	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.617 Å²	0 Å²	2.5628 Å²
2-	-	-2.4929 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.8758 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.284 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18381	0	115	884	19380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	18997	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.14	25764	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		6732	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		520	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2768	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		18997	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.53
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion		20	HARMONIC	0
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		2427	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		21623	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2965	100	0.96 %
R_work	0.2121	10366	-
all	0.2129	10466	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2879	-1.9014	-1.1293	2.0589	-3.1717	-0.2879	-0.0379	-0.2843	0.1835	-0.1212	0.0631	0.0968	0.0015	-0.0845	-0.0253	-0.1668	-0.0511	-0.0283	0.2217	0.05	-0.0879	9.1734	14.9579	82.2599
2	1.559	-0.017	0.4586	0.9854	-0.2755	1.1646	-0.0506	-0.0644	0.1397	-0.0315	-0.012	0.0501	-0.1578	-0.0921	0.0626	-0.0711	0.0339	-0.0423	-0.0919	0.0004	-0.0757	-4.7362	26.6089	39.8057
3	0.238	0.1453	-0.9337	0.2453	0.2022	-0.238	-0.008	0.003	0.0029	0.0223	0.0084	0.0033	-0.023	-0.0013	-0.0004	-0.0064	0.0996	0.0683	0.0031	0.0556	0.2169	-4.4828	-12.3726	41.7553
4	0.7608	-0.0343	0.1116	0.6941	-0.032	0.5751	0.0478	0.0528	-0.1284	-0.0359	-0.0472	-0.0068	-0.0173	-0.0302	-0.0007	-0.0303	0.015	-0.0174	-0.0524	-0.0217	-0.0614	-28.4858	15.0133	26.8398
5	2.8149	-1.4027	-0.159	3.676	0.1137	1.8709	0.0098	0.0704	-0.0896	-0.1204	0.0067	-0.1471	-0.0596	0.2193	-0.0165	0.0288	0.0399	0.0085	0.0605	0.0075	-0.1018	-14.3069	17.9997	9.0499
6	1.2778	2.9321	-1.5315	0.9702	0.0089	-0.3291	-0.0125	0.0807	0.0556	-0.231	0.0664	-0.0872	0.0042	0.2175	-0.0538	-0.1129	-0.0123	0.0526	0.136	0.0813	-0.1163	53.18	-19.7968	39.9815
7	1.4882	-0.4421	0.8003	1.4796	-1.4366	2.1695	0.2396	0.1311	-0.3379	-0.3577	0.0293	0.2925	0.5466	0.1591	-0.2689	-0.0284	0.0792	-0.1442	-0.1765	-0.0201	-0.1	11.2459	-21.0801	19.3666
8	0.2476	0.1236	-0.9911	0	0.1726	0.0694	-0.0038	-0.0104	0.0076	-0.0097	0.0098	-0.0156	0.0142	0.0075	-0.006	0.0792	-0.0519	0.0779	0.0562	-0.0167	-0.0407	19.3989	16.4848	27.1843
9	1.3512	0.3999	0.1909	1.024	0.1512	1.7208	-0.1046	0.1161	-0.1214	-0.062	0.1086	-0.0181	0.0744	0.0481	-0.004	-0.1068	0.0258	0.0104	-0.1418	0.0038	-0.0462	4.2139	-3.6908	-2.4612
10	2.3366	-0.0878	-1.827	0	2.8744	-0.4951	0.0044	-0.07	0.1299	0.0434	-0.0179	0.0066	0.0595	-0.0584	0.0135	0.0804	0.1365	0.1602	-0.0549	0.1329	0.0542	-17.4673	-5.2542	7.3708
11	2.0972	-2.584	-1.0547	0.8114	-2.7841	-0.2947	-0.0307	-0.0862	0.064	0.0518	0.0417	-0.0501	0.1249	-0.0034	-0.0109	-0.1427	-0.0934	-0.1895	0.0197	0.1415	0.1175	-6.7694	-28.9536	31.5894
12	1.3234	-0.2535	0.0126	0.7315	-0.064	1.1484	0.0653	0.0783	-0.0688	-0.0221	-0.0226	0.0358	0.0378	0.0124	-0.0427	-0.0347	0.0063	-0.0277	-0.1123	0.0177	-0.0425	32.4243	-28.3243	51.7532
13	0.1901	1.0346	-0.7457	0.5705	0.5283	-0.1901	0.0139	-0.0034	-0.023	-0.0138	-0.0012	0.0079	-0.0481	0.0329	-0.0126	0.0164	-0.0092	0.091	-0.0618	0.1083	0.1909	9.9485	-0.4688	68.1333
14	0.9417	0.074	0.3037	0.8301	-0.0828	0.9722	0.0373	-0.0496	0.0027	0.2433	-0.0223	-0.0793	-0.1032	-0.0184	-0.015	0.0252	-0.0593	-0.0285	-0.1185	-0.0111	-0.1026	35.8562	-28.2513	80.2791
15	2.9449	-1.4546	-2.4195	1.3912	1.8537	0.144	0.0562	0.1986	0.2517	-0.0509	0.0795	-0.0893	-0.0961	-0.0459	-0.1357	-0.0976	-0.0783	-0.0786	0.0201	0.0902	0.0814	53.2213	-14.2308	74.1768
16	-0.0773	-0.5304	0.1226	0	-0.383	2.9578	0.0231	0.1109	0.3141	-0.0278	-0.0034	-0.0606	0.0237	-0.001	-0.0197	-0.159	0.0013	0.0118	0.082	0.1532	0.0573	10.894	37.297	22.9342
17	1.2083	-0.1518	0.2115	0.3613	-0.3559	1.2425	-0.0344	-0.106	0.1711	0.0576	0.0005	-0.0212	-0.175	0.0958	0.0338	-0.0437	-0.0262	-0.0226	-0.0566	-0.0236	-0.0638	24.9589	23.4735	65.633
18	-0.1054	-0.202	0.4049	0.2451	0.3423	0.2424	0.0037	-0.0444	-0.0034	-0.0033	-0.0071	0.0002	-0.0581	-0.0163	0.0034	0.1123	-0.0184	-0.0294	-0.0268	-0.0884	0.0811	39.2005	-3.2478	40.5541
19	1.0069	0.0138	0.5252	0.7211	0.3194	3.8557	-0.0417	-0.1672	0.0015	0.0385	-0.1275	0.0082	-0.3682	0.5275	0.1691	-0.1861	-0.07	-0.0083	0.0567	0.0978	-0.2145	51.7065	15.9485	71.6358
20	-0.5662	0.2508	2.1839	4.487	-1.3767	1.1628	-0.0061	-0.0537	-0.0355	0.0666	-0.0432	-0.2007	0.1481	-0.0228	0.0493	-0.047	-0.0464	-0.0568	-0.1125	0.0239	0.1155	41.2383	1.3904	87.3499

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 37:58)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 59:256, 586:628)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 257:268)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 269:394, 425:585)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 395:424)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 36:58)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 59:256, 586:628)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 257:268)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 269:394, 425:585)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 395:424)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESSEQ 40:58)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESSEQ 59:256, 586:628)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESSEQ 257:268)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESSEQ 269:394, 425:585)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESSEQ 395:424)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESSEQ 35:58)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN D AND (RESSEQ 59:256, 586:628)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN D AND (RESSEQ 257:268)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN D AND (RESSEQ 269:394, 425:585)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN D AND (RESSEQ 395 :424)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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