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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4a3s | ||||||
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Title | Crystal structure of PFK from Bacillus subtilis | ||||||
![]() | 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / GLYCOLYSIS / DEGRADOSOME | ||||||
Function / homology | ![]() 6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / glucose catabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / monosaccharide binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / AMP binding ...6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / glucose catabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / monosaccharide binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / AMP binding / protein homotetramerization / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Newman, J.A. / Hewitt, L. / Rodrigues, C. / Solovyova, A.S. / Harwood, C.R. / Lewis, R.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Dissection of the Network of Interactions that Links RNA Processing with Glycolysis in the Bacillus Subtilis Degradosome. Authors: Newman, J.A. / Hewitt, L. / Rodrigues, C. / Solovyova, A.S. / Harwood, C.R. / Lewis, R.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 200.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 437.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 448.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4a3rC ![]() 6pfkS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||||||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9943, -0.104, -0.02233), Vector: |
-
Components
#1: Protein | Mass: 34303.188 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 58 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7 / Details: 100 MM NA HEPES PH 7.0, 12% (W/V) PEG 6000. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: May 30, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9804 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→45 Å / Num. obs: 35387 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 25.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.42 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 84.2 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 6PFK Resolution: 2.3→45.736 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.14 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.657 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→45.736 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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