PDB-4a35: Crystal structure of human Mitochondrial enolase superfamily memb...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a35

タイトル

Crystal structure of human Mitochondrial enolase superfamily member 1 (ENOSF1)

要素

MITOCHONDRIAL ENOLASE SUPERFAMILY MEMBER 1

キーワード

ISOMERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

: / L-fuconate dehydratase / L-fuconate dehydratase activity / amino acid catabolic process / hydro-lyase activity / carbohydrate catabolic process / isomerase activity / magnesium ion binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Muniz, J.R.C. / Froese, D.S. / Krojer, T. / Vollmar, M. / Canning, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Enzymatic and structural characterization of rTS gamma provides insights into the function of rTS beta.
著者: Wichelecki, D.J. / Froese, D.S. / Kopec, J. / Muniz, J.R. / Yue, W.W. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2011年9月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月23日	Group: Database references
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a35.cif.gz	199.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a35.ent.gz	160.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a35.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4a35_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a35_full_validation.pdf.gz	433 KB	表示
XML形式データ	4a35_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	4a35_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/4a35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/4a35	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1yey-6 2hne-2 4h5n-d 2hxt-1 4h5r-d 2hne-1 1yey-5 5txr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: MITOCHONDRIAL ENOLASE SUPERFAMILY MEMBER 1

ヘテロ分子

50.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MITOCHONDRIAL ENOLASE SUPERFAMILY MEMBER 1

ヘテロ分子

A: MITOCHONDRIAL ENOLASE SUPERFAMILY MEMBER 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.770, 84.770, 316.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	MITOCHONDRIAL ENOLASE SUPERFAMILY MEMBER 1 / ENOLASE SUPERFAMILY MEMBER 1 分子量: 49567.141 Da / 分子数: 1 / 断片: RTSBETA, RESIDUES 1-440 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q7L5Y1, 異性化酵素
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 594 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.97 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS 5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97625, 0.9762

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97625	1
2	0.9762	1

反射

解像度: 1.74→19.99 Å / Num. obs: 69165 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 10.4 % / B_iso Wilson estimate: 25.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 12.6

反射シェル

解像度: 1.74→1.84 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.74→19.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9668 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9603 / SU R Cruickshank DPI: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.082 / SU R_free Blow DPI: 0.08 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.075

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1756	3460	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1523	-	-	-
obs	0.1535	69027	98.45 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6298 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.6298 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.2596 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.171 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→19.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3468	0	30	594	4092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.015	3640	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.11	4933	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1716	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		91	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		530	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3640	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.51
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.78
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		464	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4938	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.74→1.78 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2879	217	5.44 %
R_work	0.24	3770	-
all	0.2425	3987	-
obs	-	-	98.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.3325	-0.1779	-1.3316	1.9224	-1.582	0.639	0.0122	-0.0876	-0.0615	0.0768	-0.0232	-0.0367	0.0784	0.1424	0.011	0.0753	-0.028	-0.0898	-0.0775	0.0158	0.0344	66.8106	8.6352	-15.2341
2	0.8337	0.1734	-0.0041	-0.0776	0.0208	0.7926	0.0515	-0.0643	-0.1058	0.0444	0.0101	0.0698	0.1355	-0.107	-0.0616	-0.0381	-0.0325	-0.0051	-0.0315	0.0435	-0.0217	58.1223	28.264	-14.7007
3	0.4557	0.1387	0.1138	0.1762	0.0675	0.4014	0.0296	-0.0181	-0.1518	0.018	0.0264	-0.0392	0.1528	0.0739	-0.0561	-0.0146	0.0054	-0.0346	-0.0166	0.011	0.0239	75.7803	23.3622	-19.6636
4	-0.1574	0.1255	0.5328	0.5409	-0.6534	0.0029	0.0373	-0.0055	0.0042	-0.0796	0.0185	-0.0155	-0.0092	0.1058	-0.0558	-0.0379	0.0576	-0.0483	0.0701	-0.0051	0.0156	93.0276	26.5968	-11.2814
5	1.2944	-0.7159	-0.066	1.532	0.0764	0.3587	0.0873	-0.217	-0.1097	0.2263	0.0128	0.1273	0.0235	0.019	-0.1001	-0.0168	-0.0293	0.0153	0.0251	0.0127	-0.0604	71.93	40.2876	4.312
6	0.6893	0.1589	-0.1773	1.1047	-0.2425	1.1659	0.0724	-0.1168	0.1718	0.1188	0.0056	0.0069	-0.2173	0.0926	-0.078	-0.0122	-0.0376	0.0181	-0.0228	-0.0293	-0.0024	72.9153	54.7837	-8.015
7	0.2956	-0.0453	0.2204	0.3807	0.0231	0.6098	0.0423	-0.1214	-0.0501	0.0565	0.028	0.017	0.0649	0.0264	-0.0703	-0.0469	-0.0145	-0.0197	-0.0004	0.0261	-0.0176	73.6408	33.2559	-7.2682
8	4.245	-1.1889	-0.8079	4.3376	2.161	0	0.0193	-0.0466	-0.1391	0.0322	-0.127	-0.0387	0.0039	-0.2579	0.1077	-0.0391	-0.032	0.0184	0.0839	0.0421	-0.0171	43.643	31.8422	-9.688

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 4:12)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 13:84)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 85:169)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 170:174)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 175:224)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 225:310)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 311:427)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 428:444)

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