[日本語] English
万見
- PDB-4a2m: Structure of the periplasmic domain of the heparin and heparan su... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a2m
タイトルStructure of the periplasmic domain of the heparin and heparan sulphate sensing hybrid two component system BT4663 in apo and ligand bound forms
要素TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
キーワードTRANSCRIPTION / BETA-PROPELLER
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Two component regulator propeller / Two component regulator three Y / Two component regulator propeller / Y_Y_Y domain / Protein of unknown function DUF5074 / Domain of unknown function (DUF5074) / DNA binding HTH domain, AraC-type / Helix-turn-helix domain / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein ...Two component regulator propeller / Two component regulator three Y / Two component regulator propeller / Y_Y_Y domain / Protein of unknown function DUF5074 / Domain of unknown function (DUF5074) / DNA binding HTH domain, AraC-type / Helix-turn-helix domain / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / CheY-like superfamily / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Homeobox-like domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lowe, E.C. / Basle, A. / Czjzek, M. / Firbank, S.J. / Bolam, D.N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: A Scissor Blade-Like Closing Mechanism Implicated in Transmembrane Signaling in a Bacteroides Hybrid Two-Component System.
著者: Lowe, E.C. / Basle, A. / Czjzek, M. / Firbank, S.J. / Bolam, D.N.
履歴
登録2011年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Other
改定 1.22014年12月3日Group: Data collection
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
B: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
C: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
D: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)363,9398
ポリマ－362,1014
非ポリマー1,8384
水00
1
A: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
B: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,9694
ポリマ－181,0512
非ポリマー9192
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
D: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,9694
ポリマ－181,0512
非ポリマー9192
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.120, 80.830, 228.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D
13A
23B
33C
43D
14A
24B
34C
44D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A28 - 341
2114B28 - 341
3114C28 - 341
4114D28 - 341
1124A342 - 661
2124B342 - 661
3124C342 - 661
4124D342 - 661
1134A662 - 999
2134B662 - 999
3134C662 - 999
4134D662 - 999
1144A1784 - 1785
2144B1784 - 1785
3144C1784 - 1785
4144D1784 - 1785

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.890706, -0.159282, 0.42576), (-0.179925, -0.736583, -0.651976), (0.417456, -0.657324, 0.62742)25.73926, 37.07381, 7.82694
3given(0.880356, -0.043399, -0.472324), (-0.031465, -0.998955, 0.03314), (-0.473269, -0.014313, -0.880802)11.687, 10.91262, 124.35867
4given(-0.980081, 0.198381, -0.009302), (0.146083, 0.751857, 0.642939), (0.134541, 0.628774, -0.765861)70.60918, -52.78065, 80.97154

-
要素

#1: タンパク質
TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE / BT_4663


分子量: 90525.250 Da / 分子数: 4 / 断片: PERIPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 1-787 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
株: VPI-5482 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q89YR8
#2: 多糖
4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 459.380 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a21eEA-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc6SO3]{[(4+1)][b-D-4-deoxy-GlcpA]{}}LINUCSPDB-CARE

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M BIS TRIS PROPANE PH 7.5, 25% PEG 1500.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9798
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→65.97 Å / Num. obs: 55102 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 53.985 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: APO FORM SEE PAPER

解像度: 3.4→55.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.85 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.819 / SU B: 118.275 / SU ML: 0.817 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.665 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED WERE REMOVED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28606 2544 4.6 %RANDOM
Rwork0.26784 ---
obs0.26875 52483 97.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 131.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.44 Å20 Å20.05 Å2
2--1.37 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→55.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23250 0 120 0 23370
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0223914
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7721.93832606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.68252967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.11424.721159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.739153638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.17215108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.23642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.02118540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: medium positional / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A23560.2
12B23560.2
13C23560.18
14D23560.18
21A23420.19
22B23420.22
23C23420.17
24D23420.16
31A9660.21
32B9660.23
33C9660.2
34D9660.2
41A300.35
42B300.37
43C300.38
44D300.62
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.358 3791 -
Rfree-0 -
obs--94.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6874-0.8862-0.25332.00570.38691.6565-0.3905-0.1090.08071.38610.14960.3067-0.34860.06860.24091.26650.0383-0.00660.69870.00070.917128.134220.71625.6882
21.5799-1.27330.72672.7489-0.08820.8326-0.3603-0.2827-0.49071.28750.25691.3365-0.0286-0.12760.10340.73140.05650.4860.67160.11871.49749.1834-0.142822.8343
31.24720.29720.88760.53820.09791.39040.22170.0473-0.10590.045-0.0303-0.1380.34870.2305-0.19142.50180.16110.21610.8664-0.04520.898260.3307-9.225678.8105
40.6903-0.11080.20550.64140.00471.35370.08560.11050.09990.1827-0.04470.06380.1512-0.0983-0.04092.292-0.00330.2540.8462-0.01670.815945.639612.353889.6478
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 783
2X-RAY DIFFRACTION2B28 - 783
3X-RAY DIFFRACTION3C28 - 783
4X-RAY DIFFRACTION4D28 - 783

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る