PDB-4a25: X-ray structure Dps from Kineococcus radiotolerans in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a25

タイトル

X-ray structure Dps from Kineococcus radiotolerans in complex with Mn (II) ions.

要素

FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / DETOXIFICATION PROCESS

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis
類似検索 - 分子機能

生物種

KINEOCOCCUS RADIOTOLERANS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ilari, A. / Fiorillo, A. / Ardini, M. / Stefanini, S. / Chiancone, E.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Kineococcus Radiotolerans Dps Forms a Heteronuclear Mn-Fe Ferroxidase Center that May Explain the Mn-Dependent Protection Against Oxidative Stress.
著者: Ardini, M. / Fiorillo, A. / Fittipaldi, M. / Stefanini, S. / Gatteschi, D. / Llari, A. / Chiancone, E.

履歴

登録	2011年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月20日	Group: Database references
改定 1.2	2013年5月15日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a25.cif.gz	274.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a25.ent.gz	224.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a25.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4a25_validation.pdf.gz	455.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a25_full_validation.pdf.gz	463.7 KB	表示
XML形式データ	4a25_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	4a25_validation.cif.gz	39.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/4a25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/4a25	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2z90S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5xgo-d 6qvx-1 6zgl-d 6gcm-2 1vel-1 1l8i-d 1dps-d 6qvx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

B: FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

C: FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

D: FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

74.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

B: FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

C: FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

D: FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

A: FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

B: FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

C: FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

D: FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

A: FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

B: FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

C: FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

D: FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
225 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	150.474, 150.474, 86.618
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1172- MN
2	1	A-1174- CL
3	1	D-1170- MN
4	1	D-1171- MN
5	1	A-2030- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	2 - 168
2	1	1	4	B	2 - 168
3	1	1	4	C	2 - 168
4	1	1	4	D	2 - 168

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.36418, 0.66985, 0.64705), (0.66341, -0.30103, 0.68503), (0.65365, 0.67873, -0.33476)	18.79828, 20.00192, -38.93121
2	given	(0.75932, -0.01426, 0.65056), (-0.59199, -0.43018, 0.68153), (0.27014, -0.90263, -0.33509)	18.93197, 19.85516, -38.78126
3	given	(0.13825, 0.95357, 0.26756), (0.3774, 0.19905, -0.9044), (-0.91567, 0.22602, -0.33236)	7.85285, -26.32122, -38.74152

#1: タンパク質	FERRITIN DPS FAMILY PROTEIN / DPS 分子量: 18519.654 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-170 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) KINEOCOCCUS RADIOTOLERANS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6WG04
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.36 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 詳細: MPD (2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL) 45 %, TRIS-HCL 0.1 M, PH 8.0.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 49300 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 40.94
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 14.6 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0072	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z90

2z90

解像度: 2→75.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 8.849 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23226	2491	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1942	-	-	-
obs	0.19608	46797	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.74 Å²	-0.37 Å²	0 Å²
2-	-	-0.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→75.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5149	0	16	305	5470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	5273
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.151	1.939	7193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.86	5	679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.303	23.75	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.767	15	860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.35	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	848
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4056
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.386	1.5	3349
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.595	2	5403
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.167	3	1924
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.814	4.5	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1234 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.22	0.5
2	B	medium positional	0.21	0.5
3	C	medium positional	0.19	0.5
4	D	medium positional	0.26	0.5
1	A	medium thermal	0.75	2
2	B	medium thermal	0.57	2
3	C	medium thermal	0.61	2
4	D	medium thermal	0.64	2

LS精密化シェル

解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	203	-
R_work	0.239	3411	-
obs	-	-	99.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.0082	3.6579	-0.6473	20.1927	4.9278	1.3732	0.5938	-1.3793	-0.0587	1.2236	-0.4879	-0.2929	0.254	-0.0187	-0.106	0.2981	-0.0575	0.0319	0.5604	0.1063	0.3224	-35.4059	-16.3626	-7.011
2	3.1442	0.7178	-1.7644	5.9269	-3.3365	2.4922	-0.0809	-0.0304	-0.0893	0.1413	0.3226	0.5177	-0.0166	-0.1998	-0.2418	0.1859	-0.0472	0.0202	0.3471	0.0101	0.4062	-39.6673	-11.5911	-16.3435
3	4.6732	-0.9183	-3.7073	4.6587	5.5437	9.217	-0.0577	0.0735	0.137	0.0534	-0.1379	0.5835	-0.0809	-0.6051	0.1956	0.1934	0.0304	0.003	0.2469	0.0826	0.2737	-37.34	-9.2039	-40.5344
4	1.7775	0.0034	-0.8026	1.0496	0.078	1.2133	-0.0329	0.2794	-0.0805	-0.2637	0.0413	0.1556	0.0626	-0.0761	-0.0085	0.1091	-0.0064	-0.0715	0.1088	-0.0166	0.054	-17.5706	-11.5574	-48.5352
5	3.2387	-2.0226	-0.3392	1.5574	0.5455	0.4508	-0.0037	0.0797	-0.1755	-0.1669	0.0213	0.0992	-0.0921	0.0496	-0.0177	0.3782	-0.0323	-0.0636	0.2932	-0.0385	0.069	-11.4279	-12.9018	-62.8055
6	7.0654	-1.6007	-4.5229	1.017	0.8162	3.6155	0.1569	0.3867	0.158	-0.3124	-0.0522	0.225	-0.209	-0.1963	-0.1047	0.212	-0.0007	-0.1149	0.2347	-0.013	0.1412	-26.1705	-3.4516	-54.1328
7	6.4842	1.1127	-5.2786	1.6233	-0.965	5.7825	0.0268	0.1734	0.0888	-0.1711	0.02	0.1575	-0.0409	0.0169	-0.0468	0.1395	0.0114	-0.1017	0.1451	0.0174	0.0878	-22.2247	1.3371	-48.0542
8	0.6911	2.3748	-0.645	8.1957	-1.9957	5.639	0.0872	0.0176	0.2209	0.347	-0.0017	0.7239	-0.5347	-0.6719	-0.0855	0.2839	0.0045	-0.0195	0.2901	0.0017	0.2229	-13.1219	7.6812	-66.0162
9	0.1933	0.1966	-0.3501	15.8267	2.8184	15.1301	-0.1081	0.4225	-0.3099	-1.208	0.4571	-0.7392	0.8504	0.6833	-0.349	0.4253	-0.0856	0.1059	1.1505	-0.6393	0.7915	15.8896	-4.1725	-70.9166
10	5.6013	4.6348	-2.7802	7.5286	-5.2706	3.7706	-0.526	0.7098	-0.1642	-1.1152	0.1911	-0.4191	0.8145	-0.0534	0.3349	0.6117	-0.0165	0.0274	0.5642	-0.0937	0.3887	15.9298	-12.3064	-67.8943
11	3.2894	0.7312	-0.7325	1.8534	1.8609	2.5896	-0.2555	1.0013	0.8625	-0.6911	0.4654	0.1893	-0.672	0.092	-0.2099	0.5459	-0.0603	-0.066	0.5471	0.0779	0.4299	8.1009	-24.5051	-61.5915
12	1.7731	-0.1915	-0.9975	1.0624	0.3337	2.4163	-0.0004	0.2342	-0.236	-0.238	0.0189	0.0878	0.1149	-0.0266	-0.0185	0.1158	-0.0226	-0.0649	0.06	-0.0366	0.11	-12.7963	-22.0239	-43.0131
13	8.4453	-2.7774	-1.1435	4.3205	-0.0324	2.1993	0.0004	0.2452	-0.2873	-0.1255	-0.0883	0.2017	0.2466	-0.4347	0.0879	0.1052	-0.0633	-0.0676	0.0924	-0.0108	0.2366	-25.4357	-27.515	-36.0725
14	5.4973	-1.6709	-4.7125	2.1815	0.9799	4.6115	-0.1738	0.0915	-0.4471	-0.161	0.0238	0.0396	0.3115	0.0575	0.15	0.145	-0.0312	-0.0572	0.0996	-0.0756	0.2008	-10.6229	-33.3029	-39.2388
15	3.2603	0.2692	-3.5586	1.2858	-0.2759	5.8713	0.0392	0.0977	-0.1478	-0.1935	0.0398	-0.0872	0.0627	0.1489	-0.0791	0.0969	-0.0077	-0.0528	0.0571	-0.0362	0.1451	-3.0759	-28.7959	-37.1093
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30	4.1502	-2.112	-2.0906	3.203	1.5899	2.5295	-0.1578	-0.53	0.1999	0.6493	0.1814	-0.0837	0.0605	-0.0203	-0.0236	0.3201	0.0142	0.0186	0.2757	0.0015	0.0616	-9.1438	-0.4153	8.0553
31	0.8673	-0.0153	-0.0515	6.357	-1.1167	0.591	0.0126	-0.0675	0.0204	0.0583	-0.0357	-0.0659	-0.0025	0.0347	0.0231	0.1215	0.0011	0.0068	0.1424	-0.0202	0.105	-6.6593	13.0888	-4.5679
32	6.486	3.1115	3.1799	3.5142	0.8769	2.3091	0.0618	-0.6646	-0.3992	0.5152	-0.0971	-0.353	-0.0106	-0.0912	0.0353	0.368	0.0732	-0.011	0.3573	-0.0159	0.3278	-4.337	29.7882	-3.0799

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 31
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	32 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	100 - 111
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	112 - 137
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	138 - 163
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	164 - 168
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	2 - 6
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	7 - 14
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	15 - 24
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	25 - 98
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	99 - 111
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	112 - 134
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	135 - 164
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	165 - 170
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	2 - 9
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	10 - 21
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	22 - 67
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	68 - 84
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	85 - 105
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	106 - 119
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	120 - 164
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	165 - 170
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	3 - 7
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	8 - 19
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	20 - 27
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	28 - 70
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	71 - 129
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	130 - 144
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	145 - 163
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	164 - 168

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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