PDB-4a1k: Ykud L,D-transpeptidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a1k

タイトル

Ykud L,D-transpeptidase

要素

PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

キーワード

TRANSFERASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

spore wall / 転移酵素 / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / glycosyltransferase activity / cell wall organization / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Blaise, M. / Fuglsang Midtgaard, S. / Roi Midtgaard, S. / Boesen, T. / Thirup, S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structures of Three New Crystal Forms of the Ykud L,D-Transpeptidase from B. Subtilis.
著者: Blaise, M. / Fuglsang Midtgaard, S. / Roi Midtgaard, S. / Boesen, T. / Thirup, S.

履歴

登録	2011年9月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月17日	Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a1k.cif.gz	83 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a1k.ent.gz	63.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a1k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4a1k_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a1k_full_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示
XML形式データ	4a1k_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	4a1k_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/4a1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/4a1k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a1iC 1y7mS 3zqd 4a1j S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nnq-d 3pwf-d 3qvd-2 1gjy-2 2hr5-d 3qvd-4 3pza-d 3mps-2 3iad-4 5mra-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

ヘテロ分子

17.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

ヘテロ分子

A: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.900, 59.900, 117.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2027- HOH

#1: タンパク質	PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD / YKUD L\ / D TRANSPEPTIDASE / SPORE PROTEIN YKUD 分子量: 17680.348 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O34816, 転移酵素
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 117 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 118 TO ALA
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.82 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 100 MM BIS-TRIS PH 6.5, 3 M NACL AND 2MM MURNAC MONOSACCHARIDE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03
検出器	タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→53 Å / Num. obs: 22287 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15.96 % / B_iso Wilson estimate: 27.65 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 29.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 15.01 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Y7M

1y7m

解像度: 1.75→28.789 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.75 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2122	1999	9 %
R_work	0.1858	-	-
obs	0.1883	22270	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.382 Å² / k_sol: 0.375 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.5735 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	8.5735 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.1249 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→28.789 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1243	0	5	211	1459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1299
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.052	1775
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.517	476
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	208
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	228

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7938	0.303	138	0.2891	1397	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7938-1.8423	0.3441	141	0.3002	1432	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8423-1.8965	0.275	140	0.2569	1415	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8965-1.9577	0.2882	140	0.2149	1420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9577-2.0276	0.2463	141	0.2001	1441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0276-2.1088	0.2262	140	0.1901	1414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1088-2.2048	0.2494	143	0.177	1453	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2048-2.3209	0.2283	142	0.1803	1438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3209-2.4663	0.2379	141	0.191	1431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4663-2.6566	0.2554	144	0.2028	1458	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6566-2.9237	0.2277	144	0.1977	1461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9237-3.3462	0.2331	146	0.1945	1480	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3462-4.2138	0.1887	147	0.1553	1501	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2138-28.7932	0.1424	152	0.1664	1530	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2862	-1.254	-2.2815	1.4395	0.2814	2.8583	0.0522	0.3181	0.0929	-0.1166	0.0162	-0.0026	-0.1404	-0.3199	0.0096	0.1052	0.0508	0.0579	0.3077	0.049	0.1132	17.3004	20.0887	-17.5526
2	0.6542	0.5264	0.0671	5.6994	-1.6482	2.2205	0.3116	-0.0587	0.4894	0.3982	-0.0862	-0.0263	-0.448	0.0972	-0.0033	0.2669	-0.0363	0.1336	0.1214	0.0017	0.217	17.063	23.9562	-8.3766
3	3.8087	2.6578	4.5024	1.9624	2.9884	5.5399	-0.3357	-0.2739	0.8306	-0.4308	-0.0784	0.5912	-1.0654	-0.7026	0.45	0.3945	0.16	0.1164	0.2976	0.12	0.5607	17.6232	29.8352	-18.1509
4	2.0832	-2.5286	0.0112	4.9163	-0.7738	0.3123	0.2309	0.2695	0.2001	-0.07	-0.2029	-0.0715	-0.132	-0.0697	-0.0285	0.1315	-0.0136	0.0506	0.1708	0.0233	0.1149	26.5678	16.0329	-15.3478
5	4.4924	2.6594	1.1766	3.3483	0.5025	1.9587	-0.3412	0.4511	0.1138	-0.5926	0.1306	0.1904	0.042	-0.0339	0.1741	0.2605	-0.0303	-0.026	0.1729	-0.0354	0.1032	16.6524	-1.0578	-15.3025
6	4.8282	0.8187	-0.5179	2.8741	0.2171	1.8229	-0.0452	0.3969	-0.0946	-0.5309	0.106	-0.4048	-0.0671	0.1987	-0.0791	0.2025	-0.0323	0.0753	0.1031	-0.0727	0.1518	24.0585	-4.9702	-15.5959
7	5.0231	-0.6445	1.2857	0.3082	0.1212	0.6927	-0.0188	-0.0931	0.039	-0.1199	0.0564	0.1966	0.0439	-0.0933	-0.0222	0.1631	-0.0777	-0.0785	0.1419	0.0477	0.1736	4.7006	2.6929	-9.8141
8	2.1898	0.7794	0.5047	2.4828	-1.3876	5.2984	0.0278	0.0654	-0.057	-0.0904	-0.0897	-0.1339	0.1279	0.2642	0.0487	0.0773	-0.0156	0.024	0.0983	0.0219	0.0692	20.9362	8.8189	-7.3758
9	0.3842	-0.1007	-0.6273	0.6525	-0.2348	1.2801	0.0434	-0.155	-0.256	-0.0709	0.0383	0.2004	0.1765	-0.0784	-0.0401	0.1168	-0.0343	-0.0333	0.1159	0.0557	0.1353	12.9805	1.6082	-2.0196
10	4.9713	0.4146	-0.8989	4.2672	-2.7068	6.0651	-0.0103	0.0206	-0.8067	-0.0933	-0.1548	-0.2512	0.5885	0.0121	0.1335	0.1762	0.0083	-0.0077	0.0879	0.006	0.1506	24.0273	-3.8413	-3.6817
11	7.3633	0.8857	0.7081	4.7292	-0.6733	5.6838	0.0082	0.3246	0.1385	-0.3548	-0.147	0.2318	0.0994	-0.0734	0.1435	0.1494	-0.0118	0.0252	0.0673	-0.0126	0.0593	19.2285	5.2137	-14.6441

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:12)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 13:29)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 30:42)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 43:56)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 57:66)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 67:81)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 82:93)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 94:103)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESSEQ 104:144)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESSEQ 145:154)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN A AND (RESSEQ 155:165)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)