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- PDB-4a1j: Ykud L,D-transpeptidase from B.subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a1j
タイトルYkud L,D-transpeptidase from B.subtilis
要素PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


spore wall / 転移酵素 / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / glycosyltransferase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Membrane-bound Lytic Murein Transglycosylase D; Chain A / LysM domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Lysin motif / LysM domain superfamily ...Membrane-bound Lytic Murein Transglycosylase D; Chain A / LysM domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative L,D-transpeptidase YkuD
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Blaise, M. / Fuglsang Midtgaard, S. / Roi Midtgaard, S. / Boesen, T. / Thirup, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Ykud
著者: Blaise, M. / Fuglsang Midtgaard, S. / Roi Midtgaard, S. / Boesen, T. / Thirup, S.
履歴
登録2011年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD
B: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7858
ポリマ－35,2082
非ポリマー5766
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-111.6 kcal/mol
Surface area15310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.240, 86.280, 74.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD / YKUD L\ / D TRANSPEPTIDASE / SPORE PROTEIN YKUD


分子量: 17604.230 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O34816, 転移酵素
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 117 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 118 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 117 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 118 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 117 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLN 118 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM BIS-TRIS PH 5.5, 200 MM AMSO4, 25 % PEG 3350 AND 2 MM MURNAC MONOSACCHARIDE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.28
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→74.4 Å / Num. obs: 18649 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 20.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Y7M

1y7m


解像度: 2.2→47.115 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.26 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 1862 10 %
Rwork0.1922 --
obs0.1974 18627 98.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.704 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0528 Å20 Å20 Å2
2--2.5823 Å20 Å2
3---1.7376 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.115 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2477 0 30 166 2673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0723486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.917922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072406
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.25960.48921360.43631218X-RAY DIFFRACTION94
2.2596-2.32610.53511250.42791123X-RAY DIFFRACTION88
2.3261-2.40120.2591420.20521286X-RAY DIFFRACTION100
2.4012-2.4870.25541430.18531285X-RAY DIFFRACTION100
2.487-2.58650.30621430.18881295X-RAY DIFFRACTION100
2.5865-2.70420.26331440.19981290X-RAY DIFFRACTION100
2.7042-2.84680.25851430.20291292X-RAY DIFFRACTION100
2.8468-3.02510.24741450.19541300X-RAY DIFFRACTION100
3.0251-3.25870.24881450.18411310X-RAY DIFFRACTION100
3.2587-3.58650.21551460.16921304X-RAY DIFFRACTION100
3.5865-4.10520.21441450.16021310X-RAY DIFFRACTION98
4.1052-5.17110.15961480.12561338X-RAY DIFFRACTION100
5.1711-47.12540.17711570.1581414X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.91340.8044-0.3731.3226-0.00681.9347-0.21890.0913-0.2328-0.1164-0.0301-0.14810.0527-0.095-0.01090.095-0.0185-0.00190.0740.01280.0853-12.537816.4547-1.8673
21.06880.6157-0.72790.7048-0.16180.6852-0.0646-0.0591-0.22310.1813-0.2083-0.4196-0.01210.3185-0.42920.14990.0363-0.06380.14030.04110.1846-8.797614.63066.6728
30.48240.1580.65910.10990.28360.99230.0213-0.16920.0133-0.0371-0.0149-0.051-0.0805-0.3750.10230.0899-0.00540.03260.10.0150.0667-26.58215.3025-5.5686
41.8723-0.5517-0.62291.11460.29771.788-0.03830.0397-0.181-0.10130.00790.03040.0806-0.12010.06990.08140.00470.03950.0747-0.02290.0938-27.16828.1999-20.7412
51.2927-0.12520.46491.04080.64571.56280.0940.17240.2318-0.26010.0569-0.0799-0.38570.039-0.05950.10850.00220.06420.09980.02280.1443-19.898417.1001-22.0451
63.6393-0.7212-3.50671.57640.59293.38730.06710.4574-0.0727-0.2727-0.19390.01930.0522-0.283-0.29050.25620.04350.01860.14380.06690.1469-30.583921.1605-23.0132
72.0564-0.8081-0.33095.81021.01743.5507-0.0731-0.3482-0.27490.0725-0.095-0.04770.3320.051-0.17180.0456-0.00720.0090.19750.04350.112-25.809511.042-12.6694
84.3482-0.81861.94191.3332-0.75062.2463-0.10220.16840.3249-0.14470.03520.1288-0.0698-0.12530.07160.16320.0189-0.14680.15510.0240.2281-6.087138.8615-16.1261
90.9373-0.1595-0.79040.68180.84551.5633-0.03490.02050.10830.2031-0.00470.19540.0236-0.14670.02860.07940.089-0.00330.0189-0.05780.083-11.758333.0601-9.9616
101.3036-0.2597-0.54670.8298-0.10570.859-0.0999-0.00180.24080.120.0832-0.0435-0.04520.0076-0.04850.0863-0.00840.00280.11560.01980.05071.220933.3634-15.9256
113.7663.76112.54485.58382.86752.58860.06040.20680.5084-0.0619-0.051-0.13020.15030.1994-0.1220.1697-0.0068-0.02490.2685-0.04170.226415.585423.1038-21.4974
122.42291.12990.38742.62240.56890.6188-0.22090.6102-0.0218-0.75590.22820.6843-0.1477-0.37910.11240.2922-0.0122-0.06950.3580.01530.2506-4.47321.5728-31.3368
132.04730.4466-0.02182.85940.66761.56960.18120.0072-0.15910.1648-0.2167-0.0180.062-0.3169-0.01710.11410.0008-0.00520.1379-0.02790.1358-2.632419.9753-15.9359
140.85210.02470.04641.87080.06891.1716-0.02790.1918-0.2283-0.0658-0.0495-0.210.0832-0.1518-0.01840.12250.02370.01950.1545-0.07520.15112.875917.3258-22.2084
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 0:29)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 30:41)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 42:61)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 62:92)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 93:143)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 144:153)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 154:164)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 0:11)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 12:29)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 30:71)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 72:80)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESSEQ 81:92)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESSEQ 93:120)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESSEQ 121:164)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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