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- PDB-485d: A SULFATE POCKET FORMED BY THREE GOU PAIRS IN THE STRUCTURE OF A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 485d
タイトルA SULFATE POCKET FORMED BY THREE GOU PAIRS IN THE STRUCTURE OF A NONAMERIC RNA
要素RNA/DNA(5'-R(*CP*GP*UP*GP*AP*UP*CP*GP)-D(*C)-3')
キーワードDNA-RNA HYBRID / RNA / DNA/RNA HYBRID / SULFATE ION / DNA-RNA HYBRID complex
機能・相同性DNA/RNA hybrid
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Masquida, B. / Sauter, C. / Westhof, E.
引用ジャーナル: RNA / 年: 1999
タイトル: A sulfate pocket formed by three GoU pairs in the 0.97 A resolution X-ray structure of a nonameric RNA.
著者: Masquida, B. / Sauter, C. / Westhof, E.
履歴
登録1999年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_keywords / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_keywords.text / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA/DNA(5'-R(*CP*GP*UP*GP*AP*UP*CP*GP)-D(*C)-3')
B: RNA/DNA(5'-R(*CP*GP*UP*GP*AP*UP*CP*GP)-D(*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7283
ポリマ－5,6312
非ポリマー961
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.958, 39.958, 67.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Cell settingtrigonal
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-19-

SO4

21A-101-

HOH

31A-123-

HOH

41A-133-

HOH

51A-153-

HOH

61B-102-

HOH

71B-104-

HOH

81B-107-

HOH

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド RNA/DNA(5'-R(*CP*GP*UP*GP*AP*UP*CP*GP)-D(*C)-3')


分子量: 2815.743 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.15 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2.2-2.6 M AMMONIUM SULFATE, 5-50 MM MAGNESIUM SULFATE, 50 MM SODIUM CACODYLATE, 1MM SPERMINE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2MGSO411
3SODIUM CACODYLATE,11
4SPERMINE11
5(NH4)2SO412
6MGSO412
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlRNA1drop
25 mM1dropMgCl2
310 mMsodium cacodylate1drop
42.2-2.6 Mammonium sulfate1reservoir
550 mMsodium cacodylate1reservoir
61 mMspermine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9343
検出器検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9343 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.97→20 Å / Num. all: 23838 / Num. obs: 23838 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.91 % / Rmerge(I) obs: 0.041
反射 シェル解像度: 0.97→0.99 Å / 冗長度: 2.63 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 140902
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.97→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1954 1292 5 %THIN SHELLS
Rwork0.1487 ---
all0.1503 23838 --
obs0.1503 23838 99.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 342 5 84 431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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