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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 482d | ||||||||||||||||||
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タイトル | RELEASE OF THE CYANO MOIETY IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF N-CYANOMETHYL-N-(2-METHOXYETHYL)-DAUNOMYCIN COMPLEXED WITH D(CGATCG) | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / DEOXYRIBONUCLEIC ACID | 機能・相同性 | N-HYDROXYMETHYL-N-(2-METHOXYETHYL)-DAUNOMYCIN / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å | データ登録者 | Saminadin, P. / Dautant, A. / Mondon, M. / Langlois D'Estaintot, B. / Courseille, C. / Precigoux, G. | 引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2000 タイトル: Release of the cyano moiety in the crystal structure of N-cyanomethyl-N-(2-methoxyethyl)-daunomycin complexed with d(CGATCG). 著者: Saminadin, P. / Dautant, A. / Mondon, M. / Langlois D'estaintot, B. / Courseille, C. / Precigoux, G. #1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998 タイトル: Degradation of the Morpholino Ring in the Crystal Structure of Cyanomorpholinodoxorubicin 著者: Ettorre, A. / Cirilli, M. / Ughetto, G. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990 タイトル: Structural Comparison of Anticancer Drug-DNA Complexes. Adriamycin and Daunomycin 著者: Frederick, C.A. / Williams, L.D. / Ughetto, G. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Rich, A. / Wang, A.H.-J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 482d.cif.gz | 15 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb482d.ent.gz | 8.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 482d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 482d_validation.pdf.gz | 721.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 482d_full_validation.pdf.gz | 723.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 482d_validation.xml.gz | 3.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 482d_validation.cif.gz | 3.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/82/482d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/82/482d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: COMPLEXED WITH (2-METHOXYETHYL)-DAUNOMYCIN |
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#2: 化合物 | ChemComp-DM9 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | N-CYANOMETHYL-N-(2-METHOXYETHYL)-DAUNOMYCIN WAS USED IN CRYSTALLIZATION SET-UP. DEGRADATION OF THIS ...N-CYANOMETHY |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED FROM A SOLUTION THAT CONTAINED MPD, LICL, MGCL2, SODIUM CACODYLATE, COBALT HEXAMINE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月15日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.54→12.6 Å / Num. obs: 3327 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.158 / % possible all: 92.3 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: SEE REMARK 1 REFERENCE 2 解像度: 1.54→12.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.54→12.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 15
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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