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万見
- PDB-479d: CRYSTAL STRUCTURE A DNA:RNA HYBRID DUPLEX, A DYNAMIC MODEL FOR RN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 479d
タイトルCRYSTAL STRUCTURE A DNA:RNA HYBRID DUPLEX, A DYNAMIC MODEL FOR RNASE H RECOGNITION
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
キーワードDNA-RNA HYBRID / A-T-RNA / DOUBLE HELIX / DNA/RNA HYBRID / DNA-RNA HYBRID complex
機能・相同性DNA / RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Xiong, Y. / Sundaralingam, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of a DNA.RNA hybrid duplex with a polypurine RNA r(gaagaagag) and a complementary polypyrimidine DNA d(CTCTTCTTC).
著者: Xiong, Y. / Sundaralingam, M.
履歴
登録1999年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: software / struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6152
ポリマ－5,6152
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.15, 49.15, 46.13
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.00
Int Tables number169
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP61

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*C)-3')


分子量: 2632.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 2981.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.06 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: DROP: 1 MM HYBID (DOUBLE STRAND), 400 MM MGCL2, 0.10 M SODIUM CACODYLATE (PH 6.0), 2MM SPERMINE TETRACHLORIDE, 5% MPD; RESERVOIR: 40 % MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MGCL211
2SODIUM CACODYLATE11
3SPERMINE TETRACHLORIDE11
4MPD11
5MPD12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11 mMprotein1drop
2400 mM1dropMgCl2
32 mMspermine tetrachloride1drop
4100 mMsodium cacodylate1drop
55 %(v/v)1drop
640 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 263 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→31.38 Å / Num. obs: 4443 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 5382 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge(I) obs: 0.067

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.9→10 Å / 交差検証法: LUZZATI PLOT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 208 5 %
Rwork0.199 --
obs0.199 4373 87.84 %
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 372 0 37 409
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.179 / Rfactor Rfree: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.26
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg8.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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