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- PDB-464d: DISORDER AND TWIN REFINEMENT OF RNA HEPTAMER DOUBLE HELIX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 464d
タイトルDISORDER AND TWIN REFINEMENT OF RNA HEPTAMER DOUBLE HELIX
要素
  • RNA (5'-R(*GP*GP*GP*GP*CP*(IU)P*A)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*AP*GP*CP*UP*CP*C)-3')
キーワードRNA / 7 BASE-PAIR TRNA ALA ACCEPTOR STEM / DOUBLE HELIX / RIBONUCLEIC ACID / DISORDERED MODEL
機能・相同性STRONTIUM ION / RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Mueller, U. / Muller, Y.A. / Herbst-Irmer, R. / Sprinzl, M. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Disorder and twin refinement of RNA heptamer double helices.
著者: Mueller, U. / Muller, Y.A. / Herbst-Irmer, R. / Sprinzl, M. / Heinemann, U.
履歴
登録1999年4月14日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*UP*AP*GP*CP*UP*CP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*GP*CP*(IU)P*A)-3')
C: RNA (5'-R(*UP*AP*GP*CP*UP*CP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*GP*CP*(IU)P*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2306
ポリマ－9,1194
非ポリマー1112
水2,792155
1
A: RNA (5'-R(*UP*AP*GP*CP*UP*CP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*GP*CP*(IU)P*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6704
ポリマ－4,5602
非ポリマー1112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA (5'-R(*UP*AP*GP*CP*UP*CP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*GP*CP*(IU)P*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5602
ポリマ－4,5602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)26.375, 28.995, 28.995
Angle α, β, γ (deg.)110.37, 96.62, 96.62
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*AP*GP*CP*UP*CP*C)-3')


分子量: 2157.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE FROM TRNA(ALA) OF ESCHERICHIA COLI
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*GP*GP*CP*(IU)P*A)-3')


分子量: 2402.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE FROM TRNA(ALA) OF ESCHERICHIA COLI
#3: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.5 MM RNA DUPLEX, 12 MM SPERMINE, 40 MM NA-CACODYLATE PH 6.0, 80 MM SRCL2,40 MM LICL, 10 % (V/V) MPD AGAINST 0.5 ML 35 % (V/V) MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SPERMINE11
2SODIUM CACODYLATE11
3SRCL211
4LICL11
5MPD11
6MPD12
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.5 mMprotein1drop
240 mMsodium cacodylate1reservoir
312 mMspermine tetra-HCl1reservoir
480 mM1reservoirSrCl2
540 mM1reservoirLiCl
610 %(v/v)1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9049
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9049 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.23→15 Å / Num. all: 64180 / Num. obs: 64180 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル解像度: 1.23→1.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.308 / % possible all: 32.1
反射
*PLUS
Num. obs: 18837 / Num. measured all: 64180
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 32.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.23→15 Å / Num. parameters: 6709 / Num. restraintsaints: 21012 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: PARKINSON ET AL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1933 955 5.1 %THIN RESOLUTION SHELLS
Rwork0.127 ---
all0.129 18337 --
obs0.129 18337 96.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL. 91 (1973) 201-228
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.23→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 586 4 155 745
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.041
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.092
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor obs: 0.127 / Rfactor Rwork: 0.129
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.032

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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