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- PDB-462d: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HIV-1 GENOMIC RNA DIMERIZATION INITIATIO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 462d
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HIV-1 GENOMIC RNA DIMERIZATION INITIATION SITE
要素RNA (5'-R(*CP*UP*UP*GP*CP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*AP*G) -3')
キーワードRNA / HIV / RNA DUPLEX / MISMATCH / BULGES / MAGNESIUM BINDING
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ennifar, E. / Yusupov, M. / Walter, P. / Marquet, R. / Ehresmann, C. / Ehresmann, B. / Dumas, P.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of the dimerization initiation site of genomic HIV-1 RNA reveals an extended duplex with two adenine bulges.
著者: Ennifar, E. / Yusupov, M. / Walter, P. / Marquet, R. / Ehresmann, B. / Ehresmann, C. / Dumas, P.
履歴
登録1999年3月18日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*CP*UP*UP*GP*CP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*AP*G) -3')
B: RNA (5'-R(*CP*UP*UP*GP*CP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*AP*G) -3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,99910
ポリマ－14,8052
非ポリマー1948
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.100, 59.100, 64.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-555-

HOH

21A-557-

HOH

31A-635-

HOH

41B-585-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9998, 0.0196, 0.0093), (-0.006, -0.6622, 0.7493), (0.0209, 0.749, 0.6622)
ベクター: 127.6, 7.4, -4.6)

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*UP*UP*GP*CP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*AP*G) -3') / HIV-1(MAL) GENOMIC RNA DIMERIZATION INITIATION SITE / DIS


分子量: 7402.472 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: DROP: CACODYLATE 25MM PH 7.0, MGCL2 5MM, KCL 150MM, MPD 1%, SPERMINE 5MM; RESERVOIR: CACODYLATE 50MM PH 7.0, MGCL2 100MM, KCL 300MM, MPD 50%, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 310K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1CACODYLATE11
2MGCL211
3KCL11
4MPD11
5SPERMINE11
6CACODYLATE12
7MGCL212
8KCL12
9MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 37 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 mg/mlRNA1drop
2150 mM1dropKCl
320 mMNa cacodylate1drop
45 mM1dropMgCl2
510 %MPD1drop
650 mMspermine1drop
750 %MPD1reservoir
8300 mM1reservoirKCl
950 mMNa cacodylate1reservoir
10100 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11201
21201
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)波長
シンクロトロンESRF D2AM11.020, 1.5418
回転陽極ENRAF-NONIUS FR59121.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
CUSTOM-MADE1CCD1998年2月25日
MAC Science DIP-2000B2IMAGE PLATE1998年3月7日MIRRORS
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2MIRRORS
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.021
21.54181
反射解像度: 2.3→15 Å / Num. all: 5842 / Num. obs: 5842 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.25 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS0.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1942623.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: DERIVATIVE TO NATIVE SCALING AND HEAVY ATOM SEARCH DONE WITH PROGRAM LOCHVAT ( DUMAS, 1994, ACTA. CRYST. A50, 526-534, 537-546)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 745 12.8 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 5832 98.5 %-
all-5832 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.97 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å2-0.27 Å20 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3---0.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.32 Å
Luzzati d res low-10 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1048 8 240 1296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d8.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.54
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 120 13.7 %
Rwork0.346 759 -
obs--90.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA-RNA-MULTI-END.PARADNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg8.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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