PDB-438d: STRUCTURE OF AN RNA DUPLEX R(GGGCGCUCC)2 WITH NON-ADJACENT G.U BA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 438d

タイトル

STRUCTURE OF AN RNA DUPLEX R(GGGCGCUCC)2 WITH NON-ADJACENT G.U BASE PAIRS

要素

RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*CP*UP*CP*C)-3')

キーワード

RNA / A-RNA / DOUBLE HELIX / MISMATCHED

機能・相同性

RNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Shi, K. / Wahl, M.C. / Sundaralingam, M.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of an RNA duplex r(G GCGC CC)2 with non-adjacent G*U base pairs.
著者: Shi, K. / Wahl, M. / Sundaralingam, M.

履歴

登録	1998年12月28日	登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1999年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	438d.cif.gz	17.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb438d.ent.gz	11.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	438d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	438d_validation.pdf.gz	363 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	438d_full_validation.pdf.gz	363 KB	表示
XML形式データ	438d_validation.xml.gz	1.9 KB	表示
CIF形式データ	438d_validation.cif.gz	2.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/38/438d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/38/438d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2gpm-2 2gq4-2 2gq6-2 2g32-2 2gq7-2 5dek-2 7nej-d 2gq5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*CP*UP*CP*C)-3')

B: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*CP*UP*CP*C)-3')

5.73 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.68, 45.68, 59.95
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Cell setting	hexagonal
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- HOH
2	1	A-203- HOH
3	1	A-205- HOH
4	1	B-202- HOH

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(GPGPGPCPGPCPUPCPC)-3') 分子量: 2862.759 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.5 %

結晶化

*PLUS

pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	1 mM	RNA	1	drop	single strand
2	25 mM	sodium cacodylate	1	drop
3	1 mM		1	drop		CaCl2
4	0.5 mM	spermine tetrachloride	1	drop
5	40 %	MPD	1	reservoir

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→10 Å / Num. all: 1521 / Num. obs: 1403 / % possible obs: 83.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 37 % / R_merge(I) obs: 0.043

-
解析

ソフトウェア

名称:

X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.5→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	-	-	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.186	1403	83.8 %	-
all	-	1521	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	346	0	34	380

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 3.1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.24 / R_factor R_work: 0.175 / R_factor obs: 0.196

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_deg	6.7
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_deg	1.4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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