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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 435d | ||||||
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タイトル | 5'-R(*UP*AP*GP*CP*CP*CP*C)-3', 5'-R(*GP*GP*GP*GP*CP*UP*A)-3' | ||||||
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![]() | RNA / 7 BASE-PAIR TRNA ALA ACCEPTOR STEM C70 MUTANT / DOUBLE HELIX | ||||||
機能・相同性 | RNA![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mueller, U. / Schuebel, H. / Sprinzl, M. / Heinemann, U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of acceptor stem of tRNA(Ala) from Escherichia coli shows unique G.U wobble base pair at 1.16 A resolution. 著者: Mueller, U. / Schubel, H. / Sprinzl, M. / Heinemann, U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 399.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 404.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2156.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: RNA鎖 | 分子量: 2276.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→15 Å / Num. all: 13834 / Num. obs: 13834 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.288 / % possible all: 80.7 |
反射 | *PLUS % possible obs: 89.5 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 80.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: CANONICAL A-FORM RNA DUPLEX 解像度: 1.4→15 Å / Num. parameters: 6493 / Num. restraintsaints: 20551 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: PARKINSON, G. ET AL.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER,J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 721 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.218 / Rfactor Rwork: 0.158 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |