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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 420d | ||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A 16-MER RNA DUPLEX WITH NON-ADJACENT A(ANTI).G(SYN) MISMATCHES | ||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / A-RNA STRUCTURE / MISMATCH A RNA | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() Pan, B. / Mitra, S.N. / Sundaralingam, M. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structure of an RNA 16-mer duplex R(GCAGAGUUAAAUCUGC)2 with nonadjacent G(syn).A+(anti) mispairs. 著者: Pan, B. / Mitra, S.N. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 28.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 18.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 332.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 332.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5122.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.47 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月27日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→21.27 Å / Num. obs: 7377 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.82 Å / 最低解像度: 21.27 Å / Num. obs: 5521 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 2.8 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.99 Å / % possible obs: 52.5 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→8 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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