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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 419d | ||||||||||||||||||
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タイトル | OCTAMER 5'-R(*GP*UP*AP*UP*AP*CP*A)-D(P*C)-3' WITH SIX WATSON-CRICK BASE-PAIRS AND TWO 3' OVERHANG RESIDUES | ||||||||||||||||||
要素 | DNA/RNA (5'-R(*キーワード | DNA-RNA HYBRID / HIGHLY BENT RNA / SUPERHELICES / DNA-RNA COMPLEX | 機能・相同性 | DNA/RNA hybrid | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | データ登録者 | Mitra, S.M. / Shi, K. / Biswas, R. / Sundaralingam, M. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 | タイトル: The crystal structure of the octamer [r(guauaca)dC]2 with six Watson-Crick base-pairs and two 3' overhang residues. 著者: Shi, K. / Biswas, R. / Mitra, S.N. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 419d.cif.gz | 26.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb419d.ent.gz | 17.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 419d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 419d_validation.pdf.gz | 367.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 419d_full_validation.pdf.gz | 367.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 419d_validation.xml.gz | 3.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 419d_validation.cif.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/19/419d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/19/419d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 2494.561 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.93 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.00 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→14.7 Å / Num. obs: 3661 / % possible obs: 81.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.037 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 3592 / % possible obs: 83.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: R(GUGCACA)DC 解像度: 2.2→8 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.183 / Rfactor Rfree: 0.256 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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