PDB-401d: STRUCTURE OF A DNA IN LOW SALT CONDITIONS D(GACCGCGGTC)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 401d

タイトル

STRUCTURE OF A DNA IN LOW SALT CONDITIONS D(GACCGCGGTC)

要素

DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*C)-3')

キーワード

DNA / DNA DOUBLE HELIX

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Luo, M. / Finley, J.B.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1998
タイトル: X-ray crystal structures of half the human papilloma virus E2 binding site: d(GACCGCGGTC).
著者: Finley, J.B. / Luo, M.

履歴

登録	1998年6月2日	登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1998年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	401d.cif.gz	16 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb401d.ent.gz	9.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	401d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	401d_validation.pdf.gz	360.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	401d_full_validation.pdf.gz	360.2 KB	表示
XML形式データ	401d_validation.xml.gz	2.5 KB	表示
CIF形式データ	401d_validation.cif.gz	3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/01/401d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/01/401d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	348dC 349dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	138d-1 327d-1 5fhl-1 220d-1 1g4q-d 1fix-d 396d-1 1d88-d 1wv6-d 3ey2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*C)-3')

3.05 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*C)-3')

登録者が定義した集合体
6.09 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.444, 38.444, 80.175
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPAPCPCPGPCPGPGPTPC)-3') 分子量: 3045.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	SPERMINE_HCL	1	1
4	NA CACODYLATE	1	1
5	WATER	1	2
6	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

詳細: This particular structure is not described in this paper.

溶液の組成

*PLUS

ID	Crystal-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

-
データ収集

検出器	タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR
放射	単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 1811 / % possible obs: 82.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.039

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	精密化
SAINT	データ削減
SAINT	データスケーリング

精密化

解像度: 2.2→5 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 3 /

	R_factor	反射数
R_free	0.285	-
R_work	0.219	-
obs	0.219	1779

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	227	0	102	329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	0.81
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

Xplor file

Serial no: 1 / Param file: PARAM_NDBX_HIGH.DNA / Topol file: TOP_NDBX.DNA

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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