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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 401d | ||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF A DNA IN LOW SALT CONDITIONS D(GACCGCGGTC) | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / DNA DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Luo, M. / Finley, J.B. | ![]() ![]() タイトル: X-ray crystal structures of half the human papilloma virus E2 binding site: d(GACCGCGGTC). 著者: Finley, J.B. / Luo, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 16 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 9.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 360.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 360.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 詳細: This particular structure is not described in this paper. | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR |
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放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 1811 / % possible obs: 82.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.039 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→5 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 3 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→5 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM_NDBX_HIGH.DNA / Topol file: TOP_NDBX.DNA |