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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zzv | |||||||||
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タイトル | BambL complexed with Htype2 tetrasaccharide | |||||||||
![]() | BAMBL LECTIN | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / CYSTIC FIBROSIS / BETA-PROPELLER / HUMAN HISTO-BLOOD GROUP | |||||||||
機能・相同性 | Lipocalin - #190 / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / H type 2 antigen, beta anomer / alpha-L-fucopyranose / Fucose-binding lectin protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Audfray, A. / Claudinon, J. / Abounit, S. / Ruvoen-Clouet, N. / Larson, G. / Wimmerova, M. / LePendu, J. / Romer, W. / Varrot, A. / Imberty, A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Fucose-Binding Lectin from Opportunistic Pathogen Burkholderia Ambifaria Binds to Both Plant and Human Oligosaccharidic Epitopes. 著者: Audfray, A. / Claudinon, J. / Abounit, S. / Ruvoen-Clouet, N. / Larson, G. / Smith, D.F. / Wimmerova, M. / Le Pendu, J. / Romer, W. / Varrot, A. / Imberty, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9387.166 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: AMMD / プラスミド: PET25 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / H type 2 antigen / beta anomer #3: 糖 | ChemComp-FUC / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→73.28 Å / Num. obs: 26045 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.68→1.77 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 81.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3WZ0 解像度: 1.68→73.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.751 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.817 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.68→73.28 Å
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拘束条件 |
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