PDB-3zxj: Engineering the active site of a GH43 glycoside hydrolase generat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zxj

タイトル

Engineering the active site of a GH43 glycoside hydrolase generates a biotechnologically significant enzyme that displays both endo- xylanase and exo-arabinofuranosidase activity

要素

HIAXHD3

キーワード

HYDROLASE / ARABINOSIDASE / XYLOSIDASE

機能・相同性

Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Jelly Rolls - #200 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

HUMICOLA INSOLENS (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

McKee, L.S. / Pena, M.J. / Rogowski, A. / Jackson, A. / Lewis, R.J. / York, W.S. / Krogh, K.B.R.M. / Vikso-Nielsen, A. / Skjot, M. / Gilbert, H.J. / Marles-Wright, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Introducing Endo-Xylanase Activity Into an Exo-Acting Arabinofuranosidase that Targets Side Chains.
著者: Mckee, L.S. / Pena, M.J. / Rogowski, A. / Jackson, A. / Lewis, R.J. / York, W.S. / Krogh, K.B.R.M. / Vikso-Nielsen, A. / Skjot, M. / Gilbert, H.J. / Marles-Wright, J.

履歴

登録	2011年8月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月2日	Group: Other

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zxj.cif.gz	432.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zxj.ent.gz	366.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zxj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/3zxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/3zxj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zxkC 3zxlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zxl-2 3zxk-2 3sc7-d 3vo0-d 5egn-4 1hp4-d 4ffg-3 5fcz-d 3gnt-d 3zxk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HIAXHD3

B: HIAXHD3

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HIAXHD3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: HIAXHD3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.318, 78.260, 95.767
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	HIAXHD3 分子量: 61003.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HUMICOLA INSOLENS (菌類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase
#2: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 847 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	GENBANK CAL81199

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 22 % (W/V) PEG3350, 2 M AMMONIUM SULFATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日
放射	モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→47.75 Å / Num. obs: 80563 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.2 % / B_iso Wilson estimate: 16.09 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.85→47.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 5.214 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18923	4029	5 %	RANDOM
R_work	0.15461	-	-	-
obs	0.15638	76186	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.738 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0.05 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→47.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8356	0	66	847	9269

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	8719
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.386	1.937	11892
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.808	5	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.579	22.282	425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.457	15	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.069	15	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	6896
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	274	-
R_work	0.185	5488	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8772	-0.012	-0.5008	0.1551	0.0625	0.5564	-0.0343	0.0265	-0.0235	-0.0072	-0.045	0.0467	0.0482	-0.0563	0.0793	0.0771	-0.0055	-0.0088	0.0164	-0.0131	0.0875	-9.3702	-5.1914	-12.0774
2	0.6041	-0.192	-0.5231	0.3977	-0.0214	1.5879	0.0208	0.079	-0.0137	0.0235	-0.0458	-0.037	-0.1568	-0.2387	0.025	0.0383	0.0203	-0.0203	0.054	-0.0175	0.0661	-22.4257	3.5889	-9.5244
3	1.0924	-0.4217	-0.5844	0.2263	0.2467	1.3519	-0.1471	-0.0477	-0.1467	0.0851	-0.0313	0.0407	0.2012	-0.1461	0.1784	0.0747	-0.0327	0.0356	0.0591	-0.0006	0.0979	-19.0171	-11.0835	1.3095
4	0.6196	0.0004	-0.413	1.4973	0.1464	1.1471	-0.0337	0.126	-0.0619	-0.131	-0.0127	0.0762	0.0828	-0.0781	0.0463	0.0486	0.0019	-0.0146	0.0319	0.0007	0.0768	1.8087	-7.709	-25.106
5	0.8462	-0.0947	-0.2956	0.2688	0.041	0.8093	-0.0716	-0.0847	-0.0086	0.0166	0.0473	0.0143	0.0232	0.1604	0.0243	0.0532	0.0125	0.0001	0.0383	0.0083	0.051	13.672	-6.7724	-12.9247
6	1.4502	-0.0367	-0.986	0.3254	0.3888	1.0956	-0.1271	0.0605	-0.0705	0.0398	-0.0568	0.1021	0.131	-0.0817	0.1839	0.0842	0.0002	0.003	0.0298	0.0051	0.0973	-15.2732	-41.7365	-38.0305
7	0.8049	-0.2061	-0.5519	0.4543	0.3737	1.7088	-0.0277	0.1462	-0.0231	0.0109	-0.1879	0.0208	-0.1206	-0.3005	0.2155	0.0285	0.0141	-0.0321	0.1009	-0.0468	0.0813	-28.4428	-33.2163	-36.1569
8	1.3724	-0.2608	-1.0305	0.1257	0.503	2.2586	-0.4031	0.0247	-0.2684	0.1321	-0.0689	0.1027	0.501	-0.1605	0.472	0.1657	-0.0479	0.1261	0.0386	-0.0207	0.1531	-25.5114	-46.9617	-24.1062
9	0.7717	0.091	-0.3855	1.6434	0.624	0.9136	-0.0476	0.1244	-0.0579	-0.0756	0.0086	0.098	0.0097	-0.0902	0.039	0.0471	-0.0034	-0.0202	0.0492	0.0038	0.0582	-4.0901	-45.9859	-50.4419
10	1.4388	-0.4789	-0.5796	0.3973	0.2873	1.1104	-0.1307	-0.1797	0.0099	0.0348	0.1757	0.0159	0.0546	0.2424	-0.0449	0.0509	0.0188	-0.0128	0.0973	-0.0031	0.0332	7.7312	-43.8215	-38.5021

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	109 - 242
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	243 - 341
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	342 - 376
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	378 - 559
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	30 - 108
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	109 - 242
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	243 - 341
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	342 - 376
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	377 - 558

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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