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- PDB-3zx7: Complex of lysenin with phosphocholine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zx7
タイトルComplex of lysenin with phosphocholine
要素LYSENIN
キーワードTOXIN / PORE FORMING TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / monoatomic ion transport / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #980 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOCHOLINE / PHOSPHATE ION / Lysenin
類似検索 - 構成要素
生物種EISENIA FETIDA (シマミミズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者De Colibus, L. / Sonnen, A.F.P. / Morris, K.J. / Siebert, C.A. / Abrusci, P. / Plitzko, J. / Hodnik, V. / Leippe, M. / Volpi, E. / Anderluh, G. / Gilbert, R.J.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structures of Lysenin Reveal a Shared Evolutionary Origin for Pore-Forming Proteins and its Mode of Sphingomyelin Recognition.
著者: De Colibus, L. / Sonnen, A.F.P. / Morris, K.J. / Siebert, C.A. / Abrusci, P. / Plitzko, J. / Hodnik, V. / Leippe, M. / Volpi, E. / Anderluh, G. / Gilbert, R.J.C.
履歴
登録2011年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSENIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,40813
ポリマ－35,1271
非ポリマー1,28012
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.110, 98.110, 184.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 LYSENIN


分子量: 35127.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) EISENIA FETIDA (シマミミズ) / 組織: COELOMIC FLUID / プラスミド: PTETLYS1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O18423
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-PC / PHOSPHOCHOLINE / [りん酸水素2-(トリメチルアミニオ)エチル]アニオン


分子量: 184.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H15NO4P
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.61 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5
詳細: 1.8 M AMMONIUM DI-HYDROGEN PHOSPHATE, 1.0 M SODIUM ACETATE PH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97867
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月18日 / 詳細: BENT COLLIMATING MIRROR AND TOROID
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97867 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→32.1 Å / Num. obs: 12994 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 22.1 % / Biso Wilson estimate: 72.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 23 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.84→23.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8532 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.628 / SU Rfree Blow DPI: 0.33
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=PO4 PC. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=4713. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=58. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=PO4 PC. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=4713. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=58. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=6.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 630 4.87 %RANDOM
Rwork0.2235 ---
obs0.2255 12930 99.57 %-
原子変位パラメータBiso mean: 75.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3721 Å20 Å20 Å2
2---3.3721 Å20 Å2
3---6.7443 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.499 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→23.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2355 0 72 24 2451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094770HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.118576HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1037SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes57HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes698HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4770HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.06
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion323SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5048SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.84→3.07 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3229 133 5.18 %
Rwork0.2286 2435 -
all0.2335 2568 -
obs--99.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.83212.4157-0.13971.2612-2.01320-0.2110.0907-0.21620.10330.3763-1.60830.0050.6495-0.1653-0.1330.0349-0.1579-0.4334-0.29360.348436.991310.908415.2861
2-0.11550.49140.37960.6059-1.57380-0.22870.29490.0611-0.03990.101-0.53920.2048-0.11440.1277-0.3839-0.09190.0744-0.0269-0.45290.635258.613221.79524.3616
36.77623.97922.20748.24726.82569.0139-0.11560.9431-0.3629-0.07870.1539-1.2146-0.0118-0.5225-0.0383-0.42420.1324-0.1354-0.2475-0.1105-0.000930.728713.957110.881
46.8949-0.0401-1.06410.3761.75312.9648-0.22120.2427-0.3622-0.261-0.2602-0.0240.1980.19320.4815-0.25450.227-0.0545-0.2229-0.2960.639952.512216.396512.8242
5-2.760.743-1.952513.4924-5.36951.45810.03840.0624-0.3023-0.13590.32020.3283-0.13740.1293-0.3586-0.19180.45020.29710.34130.11110.547163.71729.866910.4798
6-2.92853.28373.21476.68836.32710.36730.05660.0516-0.0405-0.1242-0.1538-0.02810.249-0.03370.09730.30110.1539-0.4426-0.1409-0.14530.729442.4526.480819.0233
71.752-0.14451.55692.71070.16555.6395-0.0354-0.19590.33840.4458-0.33010.0561-0.2518-0.60240.36550.08350.0443-0.039-0.1338-0.1257-0.26825.274114.38949.0919
82.65071.99632.49646.86640.51385.9942-0.20720.17560.7188-0.0906-0.1854-0.2316-1.2995-0.33170.39260.08750.1041-0.1652-0.1687-0.0214-0.26624.368622.3767-2.2726
92.239-1.97960.46140.14050.08370.1119-0.1670.09060.29980.2492-0.1408-0.00990.1744-0.21780.30780.29760.0114-0.1044-0.169-0.0426-0.118911.830817.967813.1992
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 6:22
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 23:48
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 49:75
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 76:131
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESID 132:147
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND RESID 148:154
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND RESID 155:267
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND RESID 268:286
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND RESID 287:992

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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