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- PDB-3zx2: NTPDase1 in complex with Decavanadate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zx2
タイトルNTPDase1 in complex with Decavanadate
要素ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
キーワードHYDROLASE / DOMAIN ROTATION / POLYOXOMETALLATE / METAL CLUSTER / PURINERGIC SIGNALING N
機能・相同性
機能・相同性情報


response to proline / CDP phosphatase activity / apyrase / apyrase activity / ITPase activity / nucleoside diphosphate catabolic process / purine ribonucleoside diphosphate catabolic process / Phosphate bond hydrolysis by NTPDase proteins / UDP phosphatase activity / nucleoside diphosphate phosphatase activity ...response to proline / CDP phosphatase activity / apyrase / apyrase activity / ITPase activity / nucleoside diphosphate catabolic process / purine ribonucleoside diphosphate catabolic process / Phosphate bond hydrolysis by NTPDase proteins / UDP phosphatase activity / nucleoside diphosphate phosphatase activity / IDP phosphatase activity / cellular response to aluminum ion / ADP phosphatase activity / CTPase activity / GDP phosphatase activity / cellular response to interferon-alpha / ADP catabolic process / response to L-arginine / negative regulation of dopamine secretion / negative regulation of ATP biosynthetic process / response to auditory stimulus / response to caffeine / response to ATP / basement membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / response to gamma radiation / synaptic membrane / caveola / platelet activation / platelet aggregation / synaptic vesicle / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / basolateral plasma membrane / response to lipopolysaccharide / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / GTPase activity / neuronal cell body / cell surface / ATP hydrolysis activity / extracellular space / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GDA1/CD39 family of nucleoside phosphatases signature. / Exopolyphosphatase. Domain 2 / Nucleoside phosphatase GDA1/CD39 / GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / DECAVANADATE / Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Zebisch, M. / Schaefer, P. / Straeter, N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystallographic Evidence for a Domain Motion in Rat Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolase (Ntpdase) 1.
著者: Zebisch, M. / Krauss, M. / Schafer, P. / Strater, N.
履歴
登録2011年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Other
改定 1.22018年1月31日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 2.02024年10月9日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
B: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
C: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
D: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,57544
ポリマ－202,3724
非ポリマー5,20340
水12,755708
1
A: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
B: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,65818
ポリマ－101,1862
非ポリマー2,47216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
D: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,91726
ポリマ－101,1862
非ポリマー2,73124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.920, 80.985, 165.517
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.931, 0.354, 0.088), (0.33, 0.715, 0.617), (0.155, 0.604, -0.782)33.012, -46.697, 142.05
2given(-0.995, 0.073, 0.074), (-0.103, -0.782, -0.614), (0.013, -0.619, 0.786)40.613, 47.104, 95.93
3given(0.961, -0.215, -0.176), (-0.212, -0.977, 0.039), (-0.181, -0.001, -0.984)9.55, 48.779, 98.508

-
要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1 / NTPDASE 1 / ECTO-ATP DIPHOSPHOHYDROLASE 1 / ECTO-ATPDASE 1 / ECTO-ATPASE 1 / ECTO-APYRASE / ...NTPDASE 1 / ECTO-ATP DIPHOSPHOHYDROLASE 1 / ECTO-ATPDASE 1 / ECTO-ATPASE 1 / ECTO-APYRASE / LYMPHOID CELL ACTIVATION ANTIGEN / CD39


分子量: 50592.953 Da / 分子数: 4 / 断片: ECTODOMAIN, RESIDUES 38-189,206-477 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A PUTATIVE MEMBRANE INTERACTION LOOP 190TQEQSWLNFISDSQKQA206 WAS REPLACED BY A SHORTER LINKER KTPGGS
由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PET45B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P97687, apyrase

-
非ポリマー , 5種, 748分子

#2: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物
ChemComp-DVT / DECAVANADATE


分子量: 957.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O28V10
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE LOOP T190 TO A206 WAS REPLACED WITH THE SEQUENCE KTPGGS OF GB EDL94186.1. THE RESIDUES 80, 220, ...THE LOOP T190 TO A206 WAS REPLACED WITH THE SEQUENCE KTPGGS OF GB EDL94186.1. THE RESIDUES 80, 220, AND 227 MATCH THE GENBANK SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4 / 詳細: 3.7M NACL, 100MM NAACETAT PH 4.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→39 Å / Num. obs: 127469 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.809→1.856 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.81→146.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 7.641 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22387 1270 1 %RANDOM
Rwork0.17547 ---
obs0.17597 126089 73.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8 Å20 Å2-0.25 Å2
2--1.27 Å20 Å2
3----3.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→146.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12518 0 209 708 13435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0213271
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1571.99118330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.02751618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.14824.661575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.084152217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.0971531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.21870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0219885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.809→1.856 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 7 -
Rwork0.258 380 -
obs--3.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.77521.0569-1.02324.0715-2.21884.7373-0.13370.0507-0.4235-0.2578-0.0523-0.28150.93730.33260.1860.36030.1126-0.01050.2151-0.0140.16831.5343-10.653697.9506
27.73970.0944-0.02765.5582-2.97867.7355-0.01960.4593-0.6113-0.0976-0.03980.19571.0622-0.540.05940.2586-0.0876-0.02630.2292-0.03940.165115.1216-5.719497.1501
31.93040.3481.40630.75680.68363.9086-0.05360.110.0978-0.03550.04540.08-0.1172-0.2350.00820.16510.0438-0.0360.15180.03950.142723.622714.4695104.3404
43.31580.5208-0.29052.51330.77236.9974-0.14240.0587-0.3088-0.18520.04850.01140.7613-0.82610.09390.2575-0.13570.05140.20430.08040.18415.9923-0.535856.7481
58.3355-0.9742-1.39624.05060.66318.1541-0.2342-0.0997-0.9385-0.24760.1306-0.08921.2130.2740.10360.38290.07840.07210.12170.04360.298523.0436-5.110759.3286
60.9602-0.73-0.2482.7754-0.20253.92720.0293-0.19910.0162-0.18160.0287-0.283-0.20780.2908-0.0580.13830.02310.02240.19180.01540.171223.296717.581766.152
72.62330.03220.30391.63440.91445.73550.0163-0.06130.38170.50530.04590.1898-0.9119-0.628-0.06220.62040.19070.17250.14140.04790.242713.958342.574336.4236
86.9244-0.4089-0.08354.28761.6337.3460.1743-0.0180.73020.72150.0012-0.3614-0.84580.22-0.17550.5632-0.02170.06640.0094-0.00690.214530.870239.774730.8782
92.06450.5956-1.55551.6056-1.20153.9757-0.07160.2331-0.01830.20670.10840.11460.1359-0.5315-0.03680.1710.00930.0340.10310.00560.103920.441219.037225.3404
101.29820.3567-0.3054.1393-1.31022.2178-0.0166-0.1110.0630.0328-0.0412-0.0743-0.15970.10740.05780.0224-0.0201-0.03130.1640.02430.08434.276952.6498-6.0836
117.8934-0.9816-2.04275.16-1.61724.44560.1175-0.06530.44520.10720.07710.3496-0.5522-0.4529-0.19460.09290.04930.01010.23590.04270.176217.485152.2847-1.1864
120.8742-0.3878-0.7881.78250.19284.7467-0.03920.0118-0.0649-0.14330.01450.23470.3699-0.38730.02470.0578-0.0816-0.03760.20180.05430.170619.459330.6044-9.7875
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A46 - 171
2X-RAY DIFFRACTION2A172 - 190
3X-RAY DIFFRACTION2A442 - 462
4X-RAY DIFFRACTION3A205 - 441
5X-RAY DIFFRACTION4B46 - 171
6X-RAY DIFFRACTION5B172 - 190
7X-RAY DIFFRACTION5B442 - 466
8X-RAY DIFFRACTION6B205 - 441
9X-RAY DIFFRACTION7C47 - 171
10X-RAY DIFFRACTION8C172 - 190
11X-RAY DIFFRACTION8C442 - 465
12X-RAY DIFFRACTION9C205 - 441
13X-RAY DIFFRACTION10D46 - 171
14X-RAY DIFFRACTION11D172 - 190
15X-RAY DIFFRACTION11D442 - 463
16X-RAY DIFFRACTION12D205 - 441

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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