PDB-3zwj: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PORE-FORMING TOXIN FRAC FROM ACTINIA FRA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zwj

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE PORE-FORMING TOXIN FRAC FROM ACTINIA FRAGACEA (Form 3)

要素

FRAGACEATOXIN C

キーワード

TOXIN / MEMBRANE PROTEINS / PORE-FORMING TOXINS / ACTINOPORINS

機能・相同性

機能・相同性情報

nematocyst / pore complex assembly / cytolysis in another organism / other organism cell membrane / pore complex / monoatomic cation transport / channel activity / toxin activity / lipid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ACTINIA FRAGACEA (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Mechaly, A.E. / Bellomioa, A. / Morantea, K. / Gonzalez-Manas, J.M. / Guerin, D.M.A.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Pores of the Toxin Frac Assemble Into 2D Hexagonal Clusters in Both Crystal Structures and Model Membranes.
著者: Mechaly, A.E. / Bellomio, A. / Morante, K. / Agirre, J. / Gil-Carton, D. / Valle, M. / Gonzalez-Manas, J.M. / Guerin, D.M.A.

履歴

登録	2011年8月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zwj.cif.gz	321.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zwj.ent.gz	266.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zwj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3zwj_validation.pdf.gz	489.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zwj_full_validation.pdf.gz	515 KB	表示
XML形式データ	3zwj_validation.xml.gz	58.4 KB	表示
CIF形式データ	3zwj_validation.cif.gz	80 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3zwgC 3limS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5bpg-1 3zwg-5 3zwg-9 5bpg-2 3i1h-d 5gwf-4 7bf5-2 3vwi-4 3zwg-13 3vwi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FRAGACEATOXIN C

B: FRAGACEATOXIN C

C: FRAGACEATOXIN C

D: FRAGACEATOXIN C

E: FRAGACEATOXIN C

F: FRAGACEATOXIN C

G: FRAGACEATOXIN C

H: FRAGACEATOXIN C

I: FRAGACEATOXIN C

178 kDa, 9 ポリマー
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1

A: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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4

D: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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5

E: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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6

F: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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7

G: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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8

H: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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9

I: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.969, 117.969, 256.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	I-2007- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1
9	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 3:179 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 3:179 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 3:179 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 3:179 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 3:179 )
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 3:179 )
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 3:179 )
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 3:179 )
9	1	1	CHAIN I AND (RESSEQ 3:179 )

#1: タンパク質	FRAGACEATOXIN C 分子量: 19746.303 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ACTINIA FRAGACEA (イソギンチャク) / 参照: UniProt: B9W5G6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.68 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 4 M SODIUM FORMATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9762
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.499
反射	解像度: 2.37→65.49 Å / Num. obs: 78787 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.37→2.5 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LIM

3lim

解像度: 2.37→57.48 Å / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.6 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	4165	5.3 %
R_work	0.192	-	-
obs	0.206	78787	93.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.83 Å² / k_sol: 0.46 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.5191 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.5191 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.064 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→57.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12456	0	0	338	12794

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	12771
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.025	17289
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.157	4509
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1800
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2214

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1384	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1384	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	3	C	1384	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	4	D	1384	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	5	E	1384	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	6	F	1384	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056
1	7	G	1384	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	8	H	1384	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
1	9	I	1384	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3744-2.4153	0.3044	184	0.2429	3765	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4153-2.4592	0.2841	195	0.2371	3941	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4592-2.5065	0.245	192	0.2423	3901	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5065-2.5577	0.273	188	0.2193	3948	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5577-2.6133	0.2857	194	0.2332	3893	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6133-2.6741	0.243	190	0.2266	3878	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6741-2.741	0.2476	203	0.2249	3890	X-RAY DIFFRACTION	93
2.741-2.8151	0.2238	213	0.2175	3859	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8151-2.8979	0.2221	213	0.203	3828	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8979-2.9914	0.2209	224	0.197	3840	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9914-3.0983	0.2171	213	0.1865	3841	X-RAY DIFFRACTION	91
3.0983-3.2223	0.1967	197	0.1779	3757	X-RAY DIFFRACTION	91
3.2223-3.3689	0.2218	209	0.1827	3767	X-RAY DIFFRACTION	89
3.3689-3.5465	0.1741	189	0.1595	3723	X-RAY DIFFRACTION	89
3.5465-3.7686	0.2282	200	0.16	3642	X-RAY DIFFRACTION	86
3.7686-4.0594	0.1724	193	0.1591	3537	X-RAY DIFFRACTION	84
4.0594-4.4676	0.1887	190	0.1663	3485	X-RAY DIFFRACTION	82
4.4676-5.1133	0.2231	182	0.1825	3458	X-RAY DIFFRACTION	80
5.1133-6.4394	0.2881	183	0.2439	3351	X-RAY DIFFRACTION	78
6.4394-45.7834	0.3678	200	0.3541	3503	X-RAY DIFFRACTION	78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2973	0.1443	2.474	1.1957	-0.187	5.7864	0.0836	-0.0057	-0.2876	-0.017	-0.1062	-0.4523	0.2973	0.6149	0.0394	0.2209	0.0718	0.0167	0.413	0.0562	0.3575	-29.0698	-0.9144	-70.7317
2	1.1817	-0.0866	-0.2494	2.0415	-0.2652	2.6485	0.0131	-0.2033	0.0376	0.1631	0.0251	-0.24	0.0069	0.2399	-0.0125	0.1064	-0.0034	-0.0232	0.1348	0.0088	0.1502	-37.9945	5.885	-68.5583
3	1.8605	-0.5943	0.5423	3.2198	-1.7329	4.5809	-0.0088	-0.3295	0.1389	0.3594	-0.0511	0.1637	-0.1027	-0.0364	0.0488	0.1543	0.0059	0.0563	0.1871	-0.0401	0.1416	-45.2061	3.4051	-61.8429
4	4.6456	4.8983	-1.3691	7.6951	3.1955	2.0015	0.0412	-0.1222	0.1768	0.1127	-0.006	0.5631	-0.301	-0.5452	-0.0287	0.2782	0.1686	0.0484	0.3683	0.0455	0.2081	-52.896	5.1026	-59.1267
5	2.1093	-0.3434	1.1672	1.8655	-0.9859	2.8407	-0.1849	-0.1557	-0.1129	0.0046	0.049	0.303	0.004	-0.0866	0.1152	0.1912	0.0241	0.0521	0.1175	-0.028	0.2009	-45.5607	-5.9472	-68.9755
6	1.7668	-0.1202	1.8183	1.6885	1.7076	6.3536	0.0461	0.0736	0.1774	0.1872	-0.0013	-0.5435	-0.1112	0.5218	-0.0508	0.164	-0.0492	-0.0295	0.2829	-0.029	0.3696	-22.2925	-19.0107	-70.9013
7	1.5279	-0.5393	-0.0315	1.6898	-0.4369	2.7528	0.0551	-0.1033	0.0492	0.0911	-0.0138	-0.0703	-0.1878	0.1106	-0.0134	0.178	-0.0005	0.0213	0.1208	0.0173	0.1599	-33.4389	-19.8882	-68.5454
8	2.755	-0.7939	1.6509	1.7927	-0.6742	4.8272	0.0205	-0.4264	0.0525	0.2344	0.1084	0.1252	-0.0986	-0.1085	-0.078	0.1935	-0	0.0853	0.1901	0.017	0.1847	-37.0441	-26.4665	-61.685
9	0.7788	-0.8968	-0.8073	8.3082	-0.9004	9.9056	-0.0296	-0.2683	-0.4108	0.2434	0.0062	0.4871	0.2075	-0.4214	0.0067	0.2942	-0.1346	0.109	0.2928	0.0272	0.2214	-43.8503	-30.3111	-58.807
10	2.2003	-0.1856	1.6916	1.6152	0.1972	2.3094	0.109	-0.1803	-0.193	0.0558	0.0017	0.0851	0.2387	-0.1599	-0.0589	0.1908	-0.0231	0.0591	0.1842	0.0137	0.2045	-31.167	-33.7441	-68.8227
11	7.1762	-2.1734	-2.5378	0.6612	0.6656	4.6471	0.1425	-0.1068	0.636	-0.0711	0.0262	-0.3255	-0.6969	0.1986	-0.1757	0.2481	-0.0984	0.0035	0.138	0.0029	0.3076	-7.4785	-29.6176	-75.9011
12	1.8632	0.903	0.2765	2.3071	0.3968	4.1078	-0.0185	-0.1859	0.2857	0.2436	0.0421	-0.1347	-0.6389	0.4169	-0.0303	0.2136	0.0012	-0.051	0.2265	-0.0441	0.2555	-4.3931	-30.7589	-65.1293
13	1.1554	0.1787	-0.1463	0.7527	-0.3875	2.6289	0.0847	-0.0557	0.1323	0.0795	-0.0295	-0.0617	-0.1841	-0.0457	-0.0202	0.1193	0.0544	-0.0148	0.0864	-0.0123	0.2786	-15.1105	-37.1229	-70.0335
14	2.7297	0.4396	2.0987	1.5293	0.6571	5.1035	0.1067	-0.5044	0.1409	0.4803	-0.0302	0.1537	-0.2771	-0.086	-0.0759	0.3002	-0.0387	0.071	0.2747	0.0212	0.104	-9.9937	-41.2651	-59.0994
15	4.1344	0.8137	0.6098	0.8807	0.4569	1.0368	0.058	0.1061	-0.4573	-0.1081	0.044	-0.0253	0.271	-0.1115	-0.1049	0.2203	-0.0869	-0.0304	0.1958	0.0432	0.2782	-13.8418	-49.1555	-67.7778
16	4.5416	-4.4384	-0.8096	4.8226	-1.5735	2.0007	0.0136	-0.2483	-0.5469	0.2488	-0.0093	0.1839	0.5644	-0.2257	0.0052	0.344	-0.0372	0.0119	0.2605	0.0527	0.1508	-13.8513	-50.9936	-58.8928
17	1.6172	0.495	1.0968	1.9489	1.0754	2.4472	0.1049	-0.1317	-0.0985	0.1251	-0.045	0.0227	0.1498	-0.0182	-0.0356	0.1805	-0.0191	0.0205	0.0758	0.1233	0.2506	-1.9554	-45.296	-68.8646
18	1.2647	-0.0848	-1.2869	1.443	-2.6819	6.8771	0.0269	0.0515	0.3835	0.1028	0.0061	-0.0207	-0.7407	-0.0587	-0.0259	0.3322	-0.0081	0.0165	0.1633	0.0004	0.3693	-15.4019	-24.7455	-100.6271
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精密化 TLSグループ

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33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN F AND (RESSEQ 130:138)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN F AND (RESSEQ 139:179)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN G AND (RESSEQ 3:26)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN G AND (RESSEQ 27:76)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN G AND (RESSEQ 77:115)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN G AND (RESSEQ 116:129)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN G AND (RESSEQ 130:138)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	CHAIN G AND (RESSEQ 139:179)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN H AND (RESSEQ 3:26)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN H AND (RESSEQ 27:76)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	CHAIN H AND (RESSEQ 77:115)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	CHAIN H AND (RESSEQ 116:129)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN H AND (RESSEQ 130:138)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	CHAIN H AND (RESSEQ 139:179)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	CHAIN I AND (RESSEQ 3:26)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	CHAIN I AND (RESSEQ 27:52)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	CHAIN I AND (RESSEQ 53:76)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	CHAIN I AND (RESSEQ 77:94)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	CHAIN I AND (RESSEQ 95:115)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	CHAIN I AND (RESSEQ 116:129)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	CHAIN I AND (RESSEQ 130:138)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	CHAIN I AND (RESSEQ 139:155)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	CHAIN I AND (RESSEQ 156:179)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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