+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zwe | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of BambL, a lectin from Burkholderia ambifaria, complexed with blood group B epitope | |||||||||
要素 | BAMBL LECTIN | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / CYSTIC FIBROSIS / B-PROPELLER / HUMAN HISTO-BLOOD GROUP | |||||||||
機能・相同性 | Lipocalin - #190 / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / alpha-L-fucopyranose / Fucose-binding lectin protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | BURKHOLDERIA AMBIFARIA (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Audfray, A. / Claudinon, J. / Abounit, S. / Ruvoen-Clouet, N. / Larson, G. / Wimmerova, M. / LePendu, J. / Romer, W. / Varrot, A. / Imberty, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Fucose-Binding Lectin from Opportunistic Pathogen Burkholderia Ambifaria Binds to Both Plant and Human Oligosaccharidic Epitopes. 著者: Audfray, A. / Claudinon, J. / Abounit, S. / Ruvoen-Clouet, N. / Larson, G. / Smith, D.F. / Wimmerova, M. / Le Pendu, J. / Romer, W. / Varrot, A. / Imberty, A. | |||||||||
履歴 |
| |||||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zwe.cif.gz | 71.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3zwe.ent.gz | 52.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zwe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3zwe_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3zwe_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3zwe_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3zwe_validation.cif.gz | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9387.166 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BURKHOLDERIA AMBIFARIA (バクテリア) 株: AMMD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0B4G1 #2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose | #3: 多糖 | #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.38 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9797 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→49.14 Å / Num. obs: 24165 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 21.315 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 79.9 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3WZ0 解像度: 1.75→44.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 3.828 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.215 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.33 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|