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- PDB-3zw5: Crystal structure of the human Glyoxalase domain-containing protein 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zw5
タイトルCrystal structure of the human Glyoxalase domain-containing protein 5
要素GLYOXALASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 5
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glyoxalase domain-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Kiyani, W. / Froese, S. / Vollmar, M. / von Delft, F. / Burgess-Brown, N. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Yue, W.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human Glyoxalase Domain-Containing Protein 5
著者: Muniz, J.R.C. / Kiyani, W. / Vollmar, M. / von Delft, F. / Burgess-Brown, N. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Yue, W.W.
履歴
登録2011年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYOXALASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 5
B: GLYOXALASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1097
ポリマ－33,6872
非ポリマー4225
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-51.8 kcal/mol
Surface area11640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.490, 66.040, 76.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9761, -0.2172, 0.0074), (-0.217, 0.9718, -0.0925), (0.0129, -0.0919, -0.9957)
ベクター: 48.1859, 59.1339, 14.6192)

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要素

#1: タンパク質 GLYOXALASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 5


分子量: 16843.488 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 22-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: A6NK44
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.51 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 2M AMMONIUM SULFATE, 2.5W/V PEG 400, PH7 HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→51.49 Å / Num. obs: 35137 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3.8 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 18.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→50.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9579 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9354 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1994 1758 5.01 %RANDOM
Rwork0.1719 ---
obs0.1732 35084 --
原子変位パラメータBiso mean: 23.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1427 Å20 Å20 Å2
2--0.7766 Å20 Å2
3---2.3661 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.172 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2006 0 25 205 2236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092147HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.052910HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1045SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes50HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes316HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2147HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion288SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2730SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.65 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 130 4.72 %
Rwork0.1983 2626 -
all0.1991 2756 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.60191.64110.33371.45580.25840.5420.06070.00360.0639-0.0154-0.0397-0.012-0.1003-0.0654-0.0210.0269-0.01770.023-0.0713-0.0098-0.018345.491862.809212.7642
22.00960.714-1.47814.2390.8484.2089-0.10920.21810.143-0.32460.02710.4016-0.1399-0.44820.0821-0.0274-0.0031-0.05830.0367-0.0023-0.010325.30155.66197.6305
31.27770.048-0.19840.46150.41771.19090.01050.0746-0.0022-0.0793-0.00650.0208-0.0122-0.1086-0.004-0.0169-0.023-0.0046-0.0359-0.0058-0.046235.527552.29197.0456
40.49680.1584-0.261100.79761.32980.00590.00580.0595-0.06320.02960.0495-0.0881-0.2528-0.03540.00520.0140.013-0.0062-0.0139-0.016631.546161.409621.4632
52.7955-2.7104-1.68022.67620.34830.3084-0.04630.0338-0.11640.1844-0.0430.102-0.0646-0.23330.0893-0.02210.00640.01090.1605-0.04970.033218.989261.769826.503
60.1213-0.053-0.28231.71431.27732.11850.0549-0.040.02080.1381-0.12590.12940.126-0.21780.0709-0.0314-0.01580.0072-0.0128-0.0289-0.047630.138357.940526.8097
73.7067-1.63460.23751.7286-0.18261.74310.0787-0.0494-0.15460.0907-0.05280.0759-0.03010.0168-0.0258-0.0121-0.001-0.0051-0.0454-0.0018-0.048541.538557.498320.6921
82.76680.185-1.55963.458-1.82914.37680.0589-0.3143-0.0310.1691-0.0135-0.2583-0.26260.3665-0.0454-0.037-0.0435-0.0440.0025-0.029-0.042154.482759.788221.747
90-1.08531.36260-0.28941.2970.0094-0.25330.00310.2040.00420.02040.03010.037-0.01360.0976-0.01-0.00780.06530.0072-0.053447.804959.362130.585
102.75180.8681-0.39331.73850.0213.87830.02660.06020.1510-0.0617-0.0595-0.22060.03170.0351-0.0023-0.0055-0.0016-0.0083-0.0012-0.036245.151460.240722.5827
110.9361-0.0959-0.369800.51690.2891-0.0002-0.1795-0.05150.0959-0.0779-0.12670.00810.12830.07810.0187-0.0137-0.0107-0.00330.0129-0.030942.987453.363619.3056
121.92110.2831-1.90152.2483-1.0981.09480.01420.09140.092-0.05150.0521-0.2114-0.09660.1549-0.06630.0041-0.02430.0050.0607-0.01080.037858.417464.70984.828
131.23-0.3414-0.24620.6571-0.36221.19740.06650.10590.0215-0.0125-0.0129-0.07140.00260.0249-0.0536-0.00260.0056-0.0032-0.0205-0.0034-0.01948.436158.92194.9708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 14:35)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 36:57)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 58:87)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 88:98)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 99:108)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 109:145)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 23:35)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 36:54)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 55:62)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 63:72)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 73:98)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 99:108)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 109:145)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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