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Yorodumi- PDB-3zw5: Crystal structure of the human Glyoxalase domain-containing protein 5 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3zw5 | ||||||
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Title | Crystal structure of the human Glyoxalase domain-containing protein 5 | ||||||
Components | GLYOXALASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 5 | ||||||
Keywords | LYASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Muniz, J.R.C. / Kiyani, W. / Froese, S. / Vollmar, M. / von Delft, F. / Burgess-Brown, N. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Yue, W.W. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of the Human Glyoxalase Domain-Containing Protein 5 Authors: Muniz, J.R.C. / Kiyani, W. / Vollmar, M. / von Delft, F. / Burgess-Brown, N. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Yue, W.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3zw5.cif.gz | 119.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3zw5.ent.gz | 94.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3zw5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3zw5_validation.pdf.gz | 465.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3zw5_full_validation.pdf.gz | 466.3 KB | Display | |
Data in XML | 3zw5_validation.xml.gz | 14.1 KB | Display | |
Data in CIF | 3zw5_validation.cif.gz | 19.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zw5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9761, -0.2172, 0.0074), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 16843.488 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RESIDUES 22-145 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): R3-PRARE2 / References: UniProt: A6NK44 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.94 Å3/Da / Density % sol: 36.51 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 2M AMMONIUM SULFATE, 2.5W/V PEG 400, PH7 HEPES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Jul 4, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→51.49 Å / Num. obs: 35137 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3.8 / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 18.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.69 Å / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6→50.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9579 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9354 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Displacement parameters | Biso mean: 23.22 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.172 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→50.09 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.65 Å / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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