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- PDB-3zvm: The structural basis for substrate recognition by mammalian polyn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zvm
タイトルThe structural basis for substrate recognition by mammalian polynucleotide kinase 3' phosphatase
要素
  • 5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP)-3'
  • BIFUNCTIONAL POLYNUCLEOTIDE PHOSPHATASE/KINASE
キーワードHYDROLASE/TRANSFERASE/DNA / HYDROLASE-TRANSFERASE-DNA COMPLEX / BASE EXCISION REPAIR / BER / NON-HOMOLOGOUS END-JOINING / NHEJ / DNA REPAIR / CANCER
機能・相同性
機能・相同性情報


polynucleotide 3'-phosphatase / polynucleotide 3'-phosphatase activity / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / SCF ubiquitin ligase complex / protein K63-linked ubiquitination / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...polynucleotide 3'-phosphatase / polynucleotide 3'-phosphatase activity / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / SCF ubiquitin ligase complex / protein K63-linked ubiquitination / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / DNA damage response / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bifunctional polynucleotide phosphatase/kinase PNKP / Polynucleotide 3'-phosphatase / Polynucleotide kinase 3 phosphatase / Polynucleotide kinase 3 phosphatase / PNK, FHA domain / FHA domain / HAD-superfamily hydrolase,subfamily IIIA / AAA domain / SMAD/FHA domain superfamily / HAD superfamily/HAD-like ...Bifunctional polynucleotide phosphatase/kinase PNKP / Polynucleotide 3'-phosphatase / Polynucleotide kinase 3 phosphatase / Polynucleotide kinase 3 phosphatase / PNK, FHA domain / FHA domain / HAD-superfamily hydrolase,subfamily IIIA / AAA domain / SMAD/FHA domain superfamily / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / Bifunctional polynucleotide phosphatase/kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Garces, F. / Pearl, L.H. / Oliver, A.W.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2011
タイトル: The structural basis for substrate recognition by mammalian polynucleotide kinase 3' phosphatase.
著者: Garces, F. / Pearl, L.H. / Oliver, A.W.
履歴
登録2011年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BIFUNCTIONAL POLYNUCLEOTIDE PHOSPHATASE/KINASE
B: BIFUNCTIONAL POLYNUCLEOTIDE PHOSPHATASE/KINASE
E: 5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP)-3'
F: 5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,10822
ポリマ－94,8244
非ポリマー2,28318
水21,5461196
1
B: BIFUNCTIONAL POLYNUCLEOTIDE PHOSPHATASE/KINASE
F: 5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,61312
ポリマ－47,4122
非ポリマー1,20110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: BIFUNCTIONAL POLYNUCLEOTIDE PHOSPHATASE/KINASE
E: 5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,49510
ポリマ－47,4122
非ポリマー1,0828
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.817, 75.243, 135.199
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 BIFUNCTIONAL POLYNUCLEOTIDE PHOSPHATASE/KINASE / DNA 5'-KINASE/3'-PHOSPHATASE / POLYNUCLEOTIDE KINASE-3'-PHOSPHATASE / PNKP


分子量: 45932.227 Da / 分子数: 2
断片: POLYNUCLEOTIDE 3'-PHOSPHATASE AND POLYNUCLEOTIDE 5'-HYDROXYL-KINASE DOMAINS, RESIDUES 111-522
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 PLYSS
参照: UniProt: Q9JLV6, polynucleotide 3'-phosphatase, polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP)-3'


分子量: 1480.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 1214分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M HEPES PH 7.0, 18% (W/V) PEG 12000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→38.5 Å / Num. obs: 60655 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.12 % / Biso Wilson estimate: 15.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.32
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PROTEUM2データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YJ5

1yj5


解像度: 1.997→38.49 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2006 3071 5.1 %
Rwork0.152 --
obs0.1545 60655 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.72 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3145 Å20 Å2-0.1286 Å2
2---0.3667 Å20 Å2
3---0.0522 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→38.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5920 116 144 1196 7376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076402
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0998718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6382395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067936
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051111
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9971-2.06840.24493010.1695618X-RAY DIFFRACTION98
2.0684-2.15130.21793030.16545782X-RAY DIFFRACTION100
2.1513-2.24920.23512880.16335753X-RAY DIFFRACTION100
2.2492-2.36770.21742860.15385786X-RAY DIFFRACTION100
2.3677-2.5160.2092990.15885707X-RAY DIFFRACTION100
2.516-2.71030.20472980.1535760X-RAY DIFFRACTION100
2.7103-2.98290.21223120.15695763X-RAY DIFFRACTION100
2.9829-3.41430.21733300.14525780X-RAY DIFFRACTION100
3.4143-4.30080.16113480.12875729X-RAY DIFFRACTION100
4.3008-38.49670.17093060.15045906X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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