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- PDB-3zue: Rabbit Hemorrhagic Disease Virus (RHDV)capsid protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zue
タイトルRabbit Hemorrhagic Disease Virus (RHDV)capsid protein
要素CAPSID STRUCTURAL PROTEIN VP60
キーワードVIRUS / CAGE DESIGN / MOLECULAR SWITCH / PROTEIN ENGINEERING / STRUCTURAL POLYMORPHISM / VIRUS ASSEMBLY
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / host cell endoplasmic reticulum / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity ...calicivirin / host cell endoplasmic reticulum / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Viral genome-linked protein / Peptidase C24, Calicivirus polyprotein Orf1 / 2C endopeptidase (C24) cysteine protease family / Caliciviridae (CV) 3C-like protein profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. ...: / Viral genome-linked protein / Peptidase C24, Calicivirus polyprotein Orf1 / 2C endopeptidase (C24) cysteine protease family / Caliciviridae (CV) 3C-like protein profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Capsid structural protein VP60
類似検索 - 構成要素
生物種RABBIT HEMORRHAGIC DISEASE VIRUS (ウサギ出血病ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.3 Å
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN A, B, C
データ登録者Luque, D. / Gonzalez, J.M. / Gomez-Blanco, J. / Marabini, R. / Chichon, J. / Mena, I. / Angulo, I. / Carrascosa, J.L. / Verdaguer, N. / Trus, B.L. ...Luque, D. / Gonzalez, J.M. / Gomez-Blanco, J. / Marabini, R. / Chichon, J. / Mena, I. / Angulo, I. / Carrascosa, J.L. / Verdaguer, N. / Trus, B.L. / Barcena, J. / Caston, J.R.
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2012
タイトル: Epitope insertion at the N-terminal molecular switch of the rabbit hemorrhagic disease virus T = 3 capsid protein leads to larger T = 4 capsids.
著者: Daniel Luque / José M González / Josué Gómez-Blanco / Roberto Marabini / Javier Chichón / Ignacio Mena / Iván Angulo / José L Carrascosa / Nuria Verdaguer / Benes L Trus / Juan ...著者: Daniel Luque / José M González / Josué Gómez-Blanco / Roberto Marabini / Javier Chichón / Ignacio Mena / Iván Angulo / José L Carrascosa / Nuria Verdaguer / Benes L Trus / Juan Bárcena / José R Castón /
要旨: Viruses need only one or a few structural capsid proteins to build an infectious particle. This is possible through the extensive use of symmetry and the conformational polymorphism of the structural ...Viruses need only one or a few structural capsid proteins to build an infectious particle. This is possible through the extensive use of symmetry and the conformational polymorphism of the structural proteins. Using virus-like particles (VLP) from rabbit hemorrhagic disease virus (RHDV) as a model, we addressed the basis of calicivirus capsid assembly and their application in vaccine design. The RHDV capsid is based on a T=3 lattice containing 180 identical subunits (VP1). We determined the structure of RHDV VLP to 8.0-Å resolution by three-dimensional cryoelectron microscopy; in addition, we used San Miguel sea lion virus (SMSV) and feline calicivirus (FCV) capsid subunit structures to establish the backbone structure of VP1 by homology modeling and flexible docking analysis. Based on the three-domain VP1 model, several insertion mutants were designed to validate the VP1 pseudoatomic model, and foreign epitopes were placed at the N- or C-terminal end, as well as in an exposed loop on the capsid surface. We selected a set of T and B cell epitopes of various lengths derived from viral and eukaryotic origins. Structural analysis of these chimeric capsids further validates the VP1 model to design new chimeras. Whereas most insertions are well tolerated, VP1 with an FCV capsid protein-neutralizing epitope at the N terminus assembled into mixtures of T=3 and larger T=4 capsids. The calicivirus capsid protein, and perhaps that of many other viruses, thus can encode polymorphism modulators that are not anticipated from the plane sequence, with important implications for understanding virus assembly and evolution.
履歴
登録2011年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Other
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / em_software
Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1933
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1933
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAPSID STRUCTURAL PROTEIN VP60
B: CAPSID STRUCTURAL PROTEIN VP60
C: CAPSID STRUCTURAL PROTEIN VP60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,7943
ポリマ－180,7943
非ポリマー00
水00
1
A: CAPSID STRUCTURAL PROTEIN VP60
B: CAPSID STRUCTURAL PROTEIN VP60
C: CAPSID STRUCTURAL PROTEIN VP60
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,847,661180
ポリマ－10,847,661180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: CAPSID STRUCTURAL PROTEIN VP60
B: CAPSID STRUCTURAL PROTEIN VP60
C: CAPSID STRUCTURAL PROTEIN VP60
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 904 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)903,97215
ポリマ－903,97215
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: CAPSID STRUCTURAL PROTEIN VP60
B: CAPSID STRUCTURAL PROTEIN VP60
C: CAPSID STRUCTURAL PROTEIN VP60
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.08 MDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,084,76618
ポリマ－1,084,76618
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 CAPSID STRUCTURAL PROTEIN VP60 / VP1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 60264.785 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RABBIT HEMORRHAGIC DISEASE VIRUS (ウサギ出血病ウイルス)
株: AST89 / 細胞株 (発現宿主): H5
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9YND5, UniProt: Q86119*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: WT RABBIT HEMORRHAGIC DISEASE VIRUS VLP / タイプ: VIRUS
緩衝液名称: 200 MM NA2HPO4, 200 MM NACL / pH: 6 / 詳細: 200 MM NA2HPO4, 200 MM NACL
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 50000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.26 mm
撮影電子線照射量: 10 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 116

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解析

EMソフトウェア名称: Xmipp / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE DECAY
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 10.3 Å / 粒子像の数: 5011 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.8 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.8 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1933 (DEPOSITION ID: 10153).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: METHOD--CORRELATION
精密化最高解像度: 10.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 10.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1637 0 0 0 1637

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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