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- PDB-3zu4: Structure of the enoyl-ACP reductase FabV from Yersinia pestis wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zu4
タイトルStructure of the enoyl-ACP reductase FabV from Yersinia pestis with the cofactor NADH and the 2-pyridone inhibitor PT172
要素PUTATIVE REDUCTASE YPO4104/Y4119/YP_4011
キーワードOXIDOREDUCTASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS II / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE REDUCTASE SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能
Trans-2-enoyl-CoA reductase / Enoyl reductase FAD binding domain / Trans-2-enoyl-CoA reductase catalytic domain, putative / Enoyl reductase FAD binding domain / Trans-2-enoyl-CoA reductase catalytic region / NAD(P)H binding domain of trans-2-enoyl-CoA reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / 1-(2-CHLOROBENZYL)-4-HEXYLPYRIDIN-2(1H)-ONE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種YERSINIA PESTIS (ペスト菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Hirschbeck, M.W. / Kuper, J. / Tonge, P.J. / Kisker, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structure of the Yersinia Pestis Fabv Enoyl-Acp Reductase and its Interaction with Two 2-Pyridone Inhibitors
著者: Hirschbeck, M.W. / Kuper, J. / Lu, H. / Liu, N. / Neckles, C. / Shah, S. / Wagner, S. / Sotriffer, C.A. / Tonge, P.J. / Kisker, C.
履歴
登録2011年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Other
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE REDUCTASE YPO4104/Y4119/YP_4011
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0254
ポリマ－44,0331
非ポリマー9923
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.840, 101.840, 84.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE REDUCTASE YPO4104/Y4119/YP_4011 / ENOYL-ACP REDUCTASE


分子量: 44032.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) YERSINIA PESTIS (ペスト菌) / 株: CO92 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q8Z9U1
#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 化合物 ChemComp-ZU4 / 1-(2-CHLOROBENZYL)-4-HEXYLPYRIDIN-2(1H)-ONE


分子量: 303.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22ClNO
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細1-(2-CHLOROBENZYL)-4-HEXYLPYRIDIN-2(1H)-ONE (ZU4): INHIBITOR PT172 (PETER TONGE) 1,4- ...1-(2-CHLOROBENZYL)-4-HEXYLPYRIDIN-2(1H)-ONE (ZU4): INHIBITOR PT172 (PETER TONGE) 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE (NAI): NADH

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 35% PEG 4000, 150 MM AMMONIUM SULFATE, 100 MM MES PH 5.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.1 Å / Num. obs: 34293 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→88.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 8.822 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22058 1733 5.1 %RANDOM
Rwork0.1759 ---
obs0.17809 32533 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.589 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.25 Å20.62 Å20 Å2
2--1.25 Å20 Å2
3----1.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→88.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3091 0 66 236 3393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223447
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.9834696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8965448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.39625.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.28415573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.2471515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7581.52144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4223446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.31931303
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8154.51240
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.008→2.06 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 129 -
Rwork0.232 2384 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.0454 Å / Origin y: -14.0109 Å / Origin z: 7.1471 Å
111213212223313233
T0.0956 Å20.0012 Å2-0.015 Å2-0.0051 Å2-0.0053 Å2--0.0775 Å2
L0.2326 °20.1067 °20.1536 °2-2.4323 °20.8348 °2--1.6359 °2
S-0.0633 Å °-0.0301 Å °0.0065 Å °-0.2315 Å °-0.0207 Å °0.1401 Å °-0.1993 Å °-0.0084 Å °0.084 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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