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- PDB-3zqq: Crystal structure of the full-length small terminase from a SPP1-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zqq
タイトルCrystal structure of the full-length small terminase from a SPP1-like bacteriophage
要素TERMINASE SMALL SUBUNIT
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA-BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA PACKAGING (染色体)
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome organization / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Terminase, small subunit, N-terminal DNA-binding domain, HTH motif / Helix Hairpins - #2160 / Terminase small subunit / Terminase small subunit, N-terminal DNA-binding domain, HTH motif superfamily / Terminase small subunit / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Terminase small subunit / Terminase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS PHAGE SF6 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Buttner, C.R. / Chechik, M. / Ortiz-Lombardia, M. / Smits, C. / Chechik, V. / Jeschke, G. / Dykeman, E. / Benini, S. / Alonso, J.C. / Antson, A.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for DNA Recognition and Loading Into a Viral Packaging Motor.
著者: Buttner, C.R. / Chechik, M. / Ortiz-Lombardia, M. / Smits, C. / Ebong, I.O. / Chechik, V. / Jeschke, G. / Dykeman, E. / Benini, S. / Robinson, C.V. / Alonso, J.C. / Antson, A.A.
履歴
登録2011年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Other
改定 1.22012年2月15日Group: Other
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TERMINASE SMALL SUBUNIT
B: TERMINASE SMALL SUBUNIT
C: TERMINASE SMALL SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2093
ポリマ－54,2093
非ポリマー00
水0
1
A: TERMINASE SMALL SUBUNIT
B: TERMINASE SMALL SUBUNIT
C: TERMINASE SMALL SUBUNIT

A: TERMINASE SMALL SUBUNIT
B: TERMINASE SMALL SUBUNIT
C: TERMINASE SMALL SUBUNIT

A: TERMINASE SMALL SUBUNIT
B: TERMINASE SMALL SUBUNIT
C: TERMINASE SMALL SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,6269
ポリマ－162,6269
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area40320 Å2
ΔGint-219.3 kcal/mol
Surface area47990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.184, 98.184, 323.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 TERMINASE SMALL SUBUNIT / SF6 SMALL TERMINASE G1P


分子量: 18069.576 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS PHAGE SF6 (ファージ) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1EJR8, UniProt: P68928*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: MR WAS PERFORMED USING THREE NEIGHBORING SUBUNITS
結晶化詳細: 0.2 M MGCL2, 8 % PEG 2000, 8 % PEG 550MME, 0.1 M TRIS PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.01→107 Å / Num. obs: 3308 / % possible obs: 62 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 4.01→4.23 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2CMP AND 3ZQP

2cmp

3zqp


解像度: 4→107 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE THIRD DNA-BINDING DOMAIN (DBD OF CHAIN B) IS NOT SUFFICIENTLY DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY AND WAS NOT MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2822 482 9 %RANDOM
Rwork0.1996 ---
obs0.1996 3308 61.5 %-
溶媒の処理Bsol: 207.145 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 220 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--86.76 Å20 Å20 Å2
2---86.76 Å20 Å2
3---173.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→107 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2646 0 0 0 2646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00201
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.65967
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 4.01→4.23 Å / Rfactor Rfree: 0.2011 / Rfactor Rwork: 0.2026 / Total num. of bins used: 10
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5CARBOHYDRATE.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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