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- PDB-3zpy: Crystal structure of the marine PL7 alginate lyase AlyA1 from Zob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zpy
タイトルCrystal structure of the marine PL7 alginate lyase AlyA1 from Zobellia galactanivorans
要素ALGINATE LYASE, FAMILY PL7
キーワードLYASE / POLYSACCHARIDASES / MARINE BACTERIAL ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


mannuronate-specific alginate lyase / poly(beta-D-mannuronate) lyase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Jelly Rolls - #200 / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alginate lyase, family PL7
類似検索 - 構成要素
生物種ZOBELLIA GALACTANIVORANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Thomas, F. / Jeudy, A. / Michel, G. / Czjzek, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Comparative Characterization of Two Marine Alginate Lyases from Zobellia Galactanivorans Reveals Distinct Modes of Action and Exquisite Adaptation to Their Natural Substrate.
著者: Thomas, F. / Lundqvist, L.C.E. / Jam, M. / Jeudy, A. / Barbeyron, T. / Sandstrom, C. / Michel, G. / Czjzek, M.
履歴
登録2013年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22013年8月28日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALGINATE LYASE, FAMILY PL7
B: ALGINATE LYASE, FAMILY PL7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2114
ポリマ－54,1652
非ポリマー462
水11,385632
1
A: ALGINATE LYASE, FAMILY PL7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1052
ポリマ－27,0821
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ALGINATE LYASE, FAMILY PL7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1052
ポリマ－27,0821
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.860, 50.390, 55.520
Angle α, β, γ (deg.)69.14, 90.02, 84.92
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 210 - 440 / Label seq-ID: 12 - 242

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999991, -0.004242, 0.000898), (0.003756, -0.743863, 0.668322), (-0.002167, 0.668319, 0.743872)79.25528, 61.61369, -13.06502

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要素

#1: タンパク質 ALGINATE LYASE, FAMILY PL7


分子量: 27082.391 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 199-446 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ZOBELLIA GALACTANIVORANS (バクテリア)
解説: INHOUSE ISOLATE OF ROSCOFF MARINE INSTITUTE AND DSM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: G0LAE1, mannuronate-specific alginate lyase, guluronate-specific alginate lyase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CRYSTAL STRUCTURE CONTAINS THE C-TERMINAL CATALYTIC DOMAIN ONLY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.2 M KSCN AND 28% PEG-MME 2000, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→43.48 Å / Num. obs: 78881 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0.1 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.43→1.47 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UAI

1uai


解像度: 1.43→43.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.005 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20451 3944 5 %RANDOM
Rwork0.1596 ---
obs0.16186 74936 96.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å2-0.2 Å2-0.2 Å2
2--0.75 Å2-0.04 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→43.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3810 0 2 632 4444
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.023926
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1021.9325335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.695506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.51725.337193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.05115615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4461512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1860.2565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.023082
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.84833926
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.25453839
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A919medium positional0.080.5
2B919medium positional0.080.5
1A853loose positional0.275
2B853loose positional0.275
1A919medium thermal1.982
2B919medium thermal1.982
1A853loose thermal2.7410
2B853loose thermal2.7410
LS精密化 シェル解像度: 1.429→1.466 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 287 -
Rwork0.137 5455 -
obs--94.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.14560.0871-0.02340.1690.06350.1855-0.00530.00080.0117-0.01930.00650.0099-0.0274-0.014-0.00110.01510.0046-0.00070.00370.00130.009829.326.20418.752
20.12140.0676-0.04790.0808-0.00770.2784-0.00580.0046-0.0160.010.0053-0.0230.0265-0.00480.00050.01380.00360.00060.00210.00150.013849.71547.7970.001
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A200 - 440
2X-RAY DIFFRACTION2B200 - 440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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