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万見
- PDB-3zpp: Structure of the Streptococcus pneumoniae surface protein and adh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zpp
タイトルStructure of the Streptococcus pneumoniae surface protein and adhesin PfbA
要素CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN
キーワードCELL ADHESION / PFBA / SURFACE ADHESIN / SP1833 / MSCRAMM
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / YSIRK type signal peptide / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like ...: / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / YSIRK type signal peptide / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / YSIRK Gram-positive signal peptide / 3 Solenoid / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell wall surface anchor family protein / Cell wall surface anchor family protein
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者L Suits, M.D. / Boraston, A.B.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structure of the Streptococcus Pneumoniae Surface Protein and Adhesin Pfba.
著者: Suits, M.D. / Boraston, A.B.
履歴
登録2013年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4442
ポリマ－48,4041
非ポリマー401
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.840, 140.650, 128.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN / SP_1833


分子量: 48404.105 Da / 分子数: 1 / 断片: CORE-DOMAIN, RESIDUES 139-560 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97P11, UniProt: A0A0H2URN9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS IS A TRUNCATED FORM OF THE PROTEIN SPANNING RESIDUES 139-560.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
解説: STRUCTURE WAS SOLVED VIA MR FROM A SAD SELENOMETHIONINE DERIVATIVE.
結晶化pH: 5.5
詳細: 12% (W/V) 10K POLYETHYLENE GLYCOL, 80 MM MG DIFORMATE (C2H2MGO4) AND BIS-TRIS-HCL (PH 5.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月15日 / 詳細: VERTICAL COLLIMATING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR (DCM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→38 Å / Num. obs: 26446 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.28→2.4 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→57.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 7.253 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY N-TERMINAL IMAC AFFINITY TAG IS PRESENT IN THE CONSTRUCT BUT ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY N-TERMINAL IMAC AFFINITY TAG IS PRESENT IN THE CONSTRUCT BUT NOT MODELED INTO THE COORDINATES DUE TO THE ABSENCE OF CLEAR ELECTRON DENSITY FOR THIS REGION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2551 1340 5.1 %RANDOM
Rwork0.20804 ---
obs0.21045 25097 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.156 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.26 Å20 Å20 Å2
2--1.04 Å20 Å2
3----6.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→57.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3236 0 1 59 3296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193311
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6661.9484481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.795428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.60326.346156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.50515587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.727158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 85 -
Rwork0.306 1859 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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