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- PDB-3zpj: Crystal structure of Ton1535 from Thermococcus onnurineus NA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zpj
タイトルCrystal structure of Ton1535 from Thermococcus onnurineus NA1
要素TON_1535
キーワードUNKNOWN FUNCTION / SOLENOID PROTEIN / HYPOTHETICAL PROTEIN / RIGHT-HANDED COILED COIL / LEFT-HANDED HELIX TURN
機能・相同性Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha / TRP-repeat-containing protein
機能・相同性情報
生物種THERMOCOCCUS ONNURINEUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.304 Å
データ登録者Jeong, J.H. / kim, Y.G.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structure of the Hypothetical Protein Ton1535 from Thermococcus Onnurineus Na1 Reveals Unique Structural Properties by a Left-Handed Helical Turn in Normal Alpha-Solenoid Protein.
著者: Jeong, J. / Kim, Y. / Rojvirija, C. / Cha, H.J. / Kim, Y. / Ha, S.C.
履歴
登録2013年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22014年5月28日Group: Database references
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TON_1535


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9541
ポリマ－40,9541
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.954, 117.954, 208.232
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 TON_1535


分子量: 40954.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THERMOCOCCUS ONNURINEUS (古細菌) / 株: NA1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) RIL / 参照: UniProt: B6YTT4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.1 M BIS-TRIS PROPANE (PH7.0), 1.2 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE TETRAHYDRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 24870 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 41.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 45.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.304→29.911 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2459 1268 5.1 %
Rwork0.1943 --
obs0.1969 24870 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.304→29.911 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2850 0 0 8 2858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082898
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1393911
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4191106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005498
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3036-2.39580.30711370.26352572X-RAY DIFFRACTION100
2.3958-2.50480.31571330.25192623X-RAY DIFFRACTION99
2.5048-2.63680.2841310.23712584X-RAY DIFFRACTION100
2.6368-2.80190.30251500.22562596X-RAY DIFFRACTION100
2.8019-3.0180.2771440.2322595X-RAY DIFFRACTION100
3.018-3.32140.28581470.22262597X-RAY DIFFRACTION100
3.3214-3.80110.24021520.19032622X-RAY DIFFRACTION100
3.8011-4.78590.19341300.16072659X-RAY DIFFRACTION100
4.7859-29.91330.21381440.16412754X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.2702 Å / Origin y: 12.7587 Å / Origin z: 41.1984 Å
111213212223313233
T0.2255 Å2-0.0215 Å2-0.0219 Å2-0.2541 Å20.0347 Å2--0.3032 Å2
L1.7618 °2-0.4047 °2-0.7312 °2-1.7948 °20.6512 °2--1.6618 °2
S0.0016 Å °0.1655 Å °0.2353 Å °-0.1739 Å °-0.019 Å °-0.2529 Å °-0.055 Å °-0.0095 Å °0.021 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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