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- PDB-3zph: Bacterial chalcone isomerase in closed conformation from Eubacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zph
タイトルBacterial chalcone isomerase in closed conformation from Eubacterium ramulus at 2.8 A resolution
要素CHALCONE ISOMERASE
キーワードISOMERASE / FLAVONOID DEGRADATION
機能・相同性Chalcone isomerase, N-terminal / Chalcone isomerase N-terminal domain / Chalcone isomerase N-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種EUBACTERIUM RAMULUS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Thomsen, M. / Palm, G.J. / Hinrichs, W.
引用
ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Enzymatic conversion of flavonoids using bacterial chalcone isomerase and enoate reductase.
著者: Gall, M. / Thomsen, M. / Peters, C. / Pavlidis, I.V. / Jonczyk, P. / Grunert, P.P. / Beutel, S. / Scheper, T. / Gross, E. / Backes, M. / Geissler, T. / Ley, J.P. / Hilmer, J.M. / Krammer, G. ...著者: Gall, M. / Thomsen, M. / Peters, C. / Pavlidis, I.V. / Jonczyk, P. / Grunert, P.P. / Beutel, S. / Scheper, T. / Gross, E. / Backes, M. / Geissler, T. / Ley, J.P. / Hilmer, J.M. / Krammer, G. / Palm, G.J. / Hinrichs, W. / Bornscheuer, U.T.
#1: ジャーナル: Arch.Microbiol. / 年: 2004
タイトル: First Bacterial Chalcone Isomerase Isolated from Eubacterium Ramulus.
著者: Herles, C. / Braune, A. / Blaut, M.
履歴
登録2013年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22015年3月25日Group: Database references
改定 1.32019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHALCONE ISOMERASE
B: CHALCONE ISOMERASE
C: CHALCONE ISOMERASE
D: CHALCONE ISOMERASE
E: CHALCONE ISOMERASE
F: CHALCONE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,04315
ポリマ－194,4406
非ポリマー6029
水19,1141061
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29870 Å2
ΔGint-171.6 kcal/mol
Surface area52050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.730, 203.120, 206.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2031-

HOH

21B-2091-

HOH

31E-2072-

HOH

41F-2017-

HOH

51F-2139-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9886, 0.09846, -0.11391), (0.08525, -0.25759, -0.96249), (-0.12411, -0.96122, 0.24626)31.87341, 46.79527, 39.07657
2given(0.07543, 0.10299, 0.99182), (0.99674, 0.02092, -0.07798), (-0.02878, 0.99446, -0.10107)-9.6819, 6.66119, 3.93938
3given(0.07981, 0.99628, -0.03249), (0.1033, 0.02416, 0.99436), (0.99144, -0.08272, -0.10099)-5.83395, -3.20805, 10.60501
4given(0.02627, -0.21608, -0.97602), (-0.22767, -0.95199, 0.20463), (-0.97338, 0.21683, -0.0742)41.78625, 40.27099, 34.80331
5given(-0.18738, -0.97206, 0.14138), (-0.97194, 0.16265, -0.16992), (0.14218, -0.16926, -0.97526)36.26998, 36.82818, 45.39044

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要素

#1: タンパク質
CHALCONE ISOMERASE


分子量: 32406.736 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) EUBACTERIUM RAMULUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: U2Q8X2*PLUS, chalcone isomerase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1061 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 %
解説: SELENOMET STRUCTURE UNDER REFINEMENT. TO BE PUBLISHED
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 M NACL, 1.8 M AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月15日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20.1 Å / Num. obs: 91147 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0027精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C9S

4c9s


解像度: 2.8→20.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.86 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.819 / SU B: 27.522 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.484 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29661 4539 5 %RANDOM
Rwork0.24794 ---
obs0.25038 86192 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.13 Å20 Å20 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3---1.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12907 0 34 1061 14002
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213383
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4941.94318204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.784328447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9651573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.38923.982653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.387152152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.341567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02115045
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.472 368 -
Rwork0.411 6370 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47920.08890.16470.3347-0.04631.04330.0028-0.06070.0330.0717-0.01620.0553-0.0584-0.04570.01350.490.04740.00690.020.00920.04339.03334.38446.399
20.28420.14340.00530.9144-0.22360.3559-0.00850.0525-0.0896-0.11180.0261-0.02070.1610.0549-0.01760.57130.03010.05920.10070.00250.042321.167-5.66915.186
30.4904-0.06320.04630.7208-0.22630.4913-0.00760.05820.1143-0.0861-0.0316-0.0805-0.06310.1070.03930.45810.00080.04690.06460.02590.038327.78944.71412.165
40.98770.03080.05110.70970.02060.4223-0.0354-0.0646-0.04140.02990.0366-0.10550.01440.2011-0.00120.46120.04190.01320.16910.03820.041140.54412.84333.217
50.8289-0.17540.13780.41140.22480.4778-0.01470.0168-0.03110.0024-0.01090.14420.0578-0.11150.02570.4693-0.02430.01020.05570.03790.0925-10.79415.22629.852
60.93050.1925-0.03460.76340.11791.1478-0.0350.18510.0455-0.18080.00790.10650.0211-0.08270.0270.55580.0349-0.01950.14230.03860.02737.68125.809-4.401
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 282
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 282
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 282
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 282
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 282
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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